Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont cherché à savoir si les infections par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) pendant la grossesse (au stade initial ou tardif) ou une infection active à l’accouchement pouvaient altérer le microbiome oral, intestinal et vaginal et si infantile les microbiomes sont modifiés en conséquence.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué les altérations du microbiote oral, intestinal et vaginal dues à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) pendant la grossesse et si les changements microbiens étaient transférés verticalement aux nourrissons.
L’étude comprenait 99 femmes enceintes SARS-CoV-2-positives (SP) et 38 femmes enceintes en bonne santé (témoins), respectivement. La diversité microbienne SP a été comparée à celle des témoins, en fonction du trimestre de grossesse au cours duquel le COVID-19 a été diagnostiqué, c’est-à-dire précoce (premier et deuxième trimestres), tardif (troisième trimestre) et actif (pendant l’accouchement). Des échantillons ont été prélevés sur des femmes enceintes lors des admissions pour accouchement.
L’équipe a effectué une analyse RFC (classification forestière aléatoire) et des évaluations de la diversité alpha et de la diversité bêta, y compris des facteurs de confusion probables tels que l’utilisation d’antibiotiques, la race, l’âge des mères, le diabète gestationnel et l’indice de masse corporelle (IMC) avant la grossesse. Des échantillons de selles ont été obtenus à partir de 46 et 23 SP et témoins, respectivement, un à deux jours après l’accouchement, et RFC a été appliqué pour sélectionner les variables d’estimation COVID-19.
Pour évaluer le microbiome vaginal, 43 et 21 SP et témoins, respectivement, ont été échantillonnés. L’équipe a également étudié si le moment de COVID-19 pendant la grossesse influençait la composition du microbiome vaginal. Les nourrissons ont été stratifiés en fonction des modes d’accouchement, et les titres d’immunoglobuline G (IgG) de la protéine nucléocapside (NP) anti-SARS-CoV-2 dans le sang du cordon ont été mesurés pour déterminer la présence d’anticorps maternels dans le sang du nourrisson. En outre, les niveaux de calprotectine fécale (FCP) dans des échantillons de selles de nourrissons ont été mesurés et l’association entre les niveaux de FCP et l’abondance des taxons a été explorée.
Résultats
La diversité microbienne SP orale, intestinale et vaginale a été réduite, et les femmes atteintes de COVID-19 précoce ont montré des microbiomes vaginaux altérés et des microbiomes oraux dominés par Streptococcus par rapport aux témoins à l’accouchement. Le COVID-19 pendant la grossesse était associé à une moindre richesse microbienne intestinale, quel que soit le moment de l’infection.
Le COVID-19 a été estimé par une plus grande abondance de Dialister et une plus faible abondance de Phascolarctobacterium faecium, Anaerostipes, Prevotella buccalis, Porphyromonas uenonis et Bacteroides. Les SP ont montré une richesse microbienne vaginale plus faible et une variabilité interindividuelle du microbiome vaginal plus élevée que les témoins, ce qui était le moins parmi ceux avec un COVID-19 précoce.
La composition microbienne parmi les SP différait de celle des témoins, et les modifications de la composition étaient largement basées sur des taxons microbiens rares. L’utilisation d’antibiotiques a eu un impact significatif sur la diversité du microbiome vaginal parmi les PS. Parmi les échantillons vaginaux, le COVID-19 a été estimé par une plus grande abondance de Varibaculum et des quantités moindres d’Anaerococcus sp., P. bennonis, P. buccalis, Peptoniphilus sp., D. invisus, B. longum, Arcanobacterium, P. acnes, S. agalacties.
Au début de la période de gestation, une proportion plus élevée de L. iners, Streptococcus et C. ureolyticus a été estimée ; Parmi les SP, le COVID-19 actif a été estimé par une plus grande proportion de P. bivia, Varibaculum et A. muciniphila ;
Le microbiome oral des SP a été estimé par une plus grande proportion du taxon oral 308 de l’espèce Prevotella avec une proportion plus faible de H. parainfluenzae, Campylobacter, F. nucleatum et P. pleuritidis. Le COVID-19 actif a été estimé par une plus grande proportion de H. parainfluenzae, P. melaninogenica, P. nanceiensis et B. ovatus, et une proportion moindre de Veillonella parvula.
Il n’y avait aucune association significative entre COVID-19 pendant la gestation et la diversité alpha ou bêta dans les microbiomes intestinaux des nourrissons en général. Cependant, le microbiome intestinal des nourrissons porteurs de SP a été estimé par une abondance plus élevée et plus faible d’Enterococcus et Haemophilus parainfluenzae, respectivement. L’IMC avant la grossesse a montré une association négative avec la proportion de diversité Alpha parmi les échantillons.
Les nourrissons nés de PS avec COVID-19 actif ont montré des niveaux de FCP légèrement plus élevés que les nourrissons témoins. Plusieurs taxons dans le COVID-19 actif étaient associés positivement au FCP, et les nourrissons portés par SP ont montré une composition bactérienne significativement différente de celle des enfants témoins. Les nourrissons porteurs de SP ont été estimés par une plus grande proportion de Prevotella timonensis et une moindre proportion de Lactobacillus jensenii et Streptococcus. L’équipe a trouvé des titres d’IgG significativement plus élevés dans le sang de cordon chez les femmes enceintes atteintes de COVID-19 précoce et tardif par rapport aux témoins.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que le COVID-19 pendant la grossesse, en particulier au cours des premier et deuxième trimestres de grossesse, était associé à des altérations à long terme du microbiome chez les femmes enceintes compromettant le microbiome initial de leurs nourrissons.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
