La faune britannique trouvée exempte de SRAS-CoV-2, mais un nouveau virus découvert dans les hermines

Des scientifiques du Royaume-Uni ont effectué un dépistage à grande échelle des sarbecovirus et des pan-coronavirus dans la faune britannique pour enquêter sur la survenue d’événements de débordement généralisés. Ils ont identifié un nouveau minacovirus chez des hermines récemment introduites dans les îles Orcades.

L’étude est actuellement disponible sur le bioRxiv* serveur de préimpression.

Étude : Absence de détection du SRAS-CoV-2 dans la faune britannique 2020-21 et première description d’un Minacovirus de l’hermine (Mustela erminea). Crédit d’image : Stephan Morris/Shutterstock

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.

Arrière-plan

Les coronavirus sont un groupe diversifié de virus à ARN enveloppés trouvés dans un large éventail d’hôtes vertébrés, y compris les humains et les chiens domestiques. Parmi les différents genres, les alpha et bêta-coronavirus sont principalement responsables de l’infection chez les mammifères.

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent pathogène responsable de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un bêta-coronavirus qui aurait été transmis à l’homme par les chauves-souris fer à cheval (les hôtes naturels de la bêta-coronavirus sous-genre sarbecovirus) via un hôte intermittent, tel que le chien viverrin ou le pangolin malais.

La transmission interspécifique des coronavirus est significativement associée à des événements de débordement répétés du SRAS-CoV-2 dans de nouveaux hôtes. L’un des principaux résultats des événements de débordement est l’établissement de nouveaux réservoirs viraux. Une sensibilité plus élevée au débordement du SRAS-CoV-2 a été observée chez de nombreux animaux, notamment les visons, les furets et les hamsters.

Compte tenu de ces prédispositions, les scientifiques ont conçu cette étude pour détecter la présence d’infections à coronavirus chez les animaux sauvages présents en Grande-Bretagne. Les animaux inclus dans l’étude sont connus pour avoir une sensibilité plus élevée à l’infection par le SRAS-CoV-2.

Étudier le design

L’étude a été menée sur un total de 402 animaux appartenant à 14 espèces, principalement des mustélidés et des rongeurs cricétidés. Des échantillons oraux, pulmonaires, rectaux ou fécaux prélevés sur les animaux pendant la pandémie de COVID-19 ont été soumis à une réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour la détection de l’ARN viral. Une PCR quantitative spécifique au Sarbecovirus et un test PCR pan-coronavirus pour le SARS-CoV-2 ont été menés dans l’étude.

Un séquençage à haut débit et une analyse du génome d’échantillons positifs pour le virus ont été effectués pour l’identification de souches virales spécifiques. De plus, une analyse phylogénétique a été menée pour comprendre les changements génétiques présents dans les séquences virales identifiées.

Observations importantes

L’infection à Sarbecovirus n’a été détectée dans aucun des échantillons collectés. Cependant, une infection à coronavirus a été détectée dans 57% des échantillons rectaux prélevés sur les hermines. Tous les échantillons d’hermine analysés dans l’étude provenaient de la même population récemment introduite dans les îles Orcades.

Le séquençage génomique et l’analyse phylogénétique des séquences d’hermines identifiées ont révélé que le nouveau virus est un membre du sous-groupe des minacovirus du genre alpha-coronavirus, qui se regroupe étroitement avec les coronavirus du vison et du vison et du furet.

L’annotation du génome et l’organisation de la séquence ont révélé un génome typique d’alpha-coronavirus contenant des UTR 3′ et 5′, un grand cadre de lecture ouvert (ORF1ab) codant pour 16 protéines non structurelles et des gènes codant pour quatre protéines structurelles (spike, membrane, enveloppe, et protéines de nucléocapside).

Les ORF codant pour les protéines accessoires ont montré une homologie étroite avec les ORF 3c et 7b du coronavirus félin. Dans ces régions, un certain nombre d’ORF potentiels plus petits ont été identifiés, qui étaient éventuellement associés à d’autres protéines accessoires présentant une homologie avec l’ORF3 ou 7 d’autres minacovirus et tegacovirus.

Importance de l’étude

L’étude identifie un nouveau minacovirus lié aux alpha-coronavirus du vison et du furet dans la faune britannique pendant la pandémie de COVID-19. Cependant, aucune trace de SARS-CoV-2 largement circulant n’a été trouvée chez ces animaux sauvages. De plus, l’étude ne comprend qu’un type limité d’échantillons pour la plupart des espèces animales testées. Ainsi, si l’infection par le SRAS-CoV-2 est limitée à certains tissus spécifiques, il est possible que l’étude n’ait pas réussi à détecter une faible circulation du virus chez les animaux testés.

Une forte prévalence de ce nouveau virus a été observée chez les hermines récemment introduites dans les îles Orcades. Les alpha-coronavirus du vison et du furet sont connus pour provoquer diverses maladies, notamment la diarrhée et une inflammation systémique similaire à la péritonite infectieuse féline causée par un coronavirus félin chez le chat.

Comme mentionné par les scientifiques, des études futures sont nécessaires pour comprendre la pathogénicité de ce nouveau virus chez les hermines. Par conséquent, ils ont déposé la séquence de minacovirus assemblée dans la base de données NCBI GenBank.

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.