Une étude sur le pangolin révèle de nouvelles souches de coronavirus et soulève des inquiétudes quant à leur origine

Au cours du siècle dernier, différentes régions du monde ont connu des épidémies virales causées par des coronavirus pathogènes humains (CoV) qui ont entraîné des épidémies et des pandémies. Plus récemment, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a provoqué la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en cours, tandis que le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) était l’agent causal de l’épidémie de MERS .

Dans de nombreux cas, les débordements zoonotiques sont responsables de l’émergence de nouveaux virus, comme l’a démontré le MERS-CoV, qui a été transmis à l’homme par des chameaux. Les chauves-souris sont considérées comme les hôtes réservoirs naturels des SRAS-CoV et des MERS-CoV.

Étude: Identification d’un nouveau coronavirus lié à HKU4 dans des ensembles de données unicellulaires et analyse d’hôtes viraux de clade. Crédit d’image : Foto Mous / Shutterstock.com

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.

Une étude récente publiée sur bioRxiv* Le serveur de préimpression identifie de nouveaux CoV liés à HKU4 dans un ensemble de données de séquençage unicellulaire de pangolin.

Arrière-plan

Il existe deux hypothèses concernant l’origine du SRAS-CoV-2, dont la première stipule que le virus s’est propagé à partir d’animaux sur un marché de fruits de mer à Wuhan, en Chine. La deuxième hypothèse est la libération accidentelle du virus par un laboratoire de Wuhan effectuant des recherches sur les CoV liés au SRAS.

Les CoV liés à HKU4 appartiennent au genre bétacoronavirus des coronavirus et au sous-genre Merbecovirus. Le MERS-CoV et le HKU4-CoV utilisent le récepteur dipeptidyl peptidase 4 (DPP4) de la cellule hôte pour l’invasion.

Un génome partiel lié au SRAS-CoV-2 a été identifié dans les ensembles de données de séquençage des tissus de pangolin fin 2019. Deux souches liées au SRAS-CoV-2, dont Guangdong (GD) et Guangxi (GX), ont été identifiées dans des échantillons de tissus de pangolin après le Épidémie de covid-19.

La souche de coronavirus pangolin GD présentait une similitude de 97 % avec le domaine de liaison au récepteur (RBD) du SRAS-CoV-2. De plus, une affinité de liaison dix fois plus élevée du CoV lié au pangolin GD (PCoV) pour l’humain enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) a été observé par rapport au pangolin ACE2.

Les coronavirus du pangolin GX ont été identifiés pour la première fois chez le pangolin malais (Javanica douce) des échantillons de tissus. GD et GX semblaient tous deux rares, sans infection identifiée dans la nature.

Des CoV liés à HKU4, y compris MjHKU4r-CoV-1 et ses variantes, ont été identifiés dans quatre des quatre-vingt-six pangolins saisis par les douanes du Guangxi. Bien que les pangolins aient été déterminés comme étant peu sensibles au CoV lié au SRAS, leurs cellules de tubules proximaux rénaux ont déduit une sensibilité.

À propos de l’étude

La présente étude a identifié un nouveau CoV HKU4r-BGI-2020 à partir de sept ensembles de données de séquençage unicellulaire de l’acide ribonucléique (RNA-Seq) de pangolins. Phylogénétiquement, HKU4-BGI-2020 appartient au clade b, qui contient les coronavirus pangolins MjHKU4r-CoV-1, PCoV HKU4-P251T et Tylonycteris robustula bat CoV 162275 au niveau du génome complet, ainsi que l’ARN polymérase dépendante de l’ARN (RdRp) et les gènes de la pointe (S) et de la nucléocapside (N).

HKU4r-BGI-2020 présentait une similitude nucléotidique de 97,34 % avec MjHKU4r-CoV-1, un coronavirus récemment identifié lié aux pangolins, une similitude 97,23 % avec HKU4-P251T et une similitude nucléotidique de 92,86 % avec la chauve-souris Tylonycteris robustula Isolat de CoV. MjHKU4r-CoV-1, MjHKU4r-CoV-2, MjHKU4r-CoV-3 et MjHKU4rCoV-4 ont été détectés dans quatre ensembles de données de séquençage de nouvelle génération (NGS) générés à partir de Javanica douce pangolins saisis par les douanes du Guangxi.

Fait intéressant, la découverte d’un CoV partiel lié à HKU4 avec une similitude de 97,48 % avec PCoV HKU4-P251T n’avait que 25 lectures correspondantes dans l’ensemble de données NGS. En raison du faible nombre de lectures, il n’est pas clair si le CoV provient d’une contamination accidentelle.

Les ensembles de données NGS développés à partir des échantillons HKU4-GX, PPeV-GX et GX19-89 dans BioProject PRJNA901878 contenaient presque entièrement Cochon truie contenu génomique et non de M. javanica ou Rhizomys pruinosus.

Compte tenu des résultats, il n’est pas plausible que le CoV identifié soit lié à M. javanica échantillons.

Sur la base de la génomique médico-légale, le rapport entre le virus et les lectures animales peut être utilisé pour déterminer si un animal particulier est un hôte probable ou non. La présence de l’isolat de Pangolin hunnivirus GX/HKU4-GX/2020 dans le S. scrofa L’ensemble de données NGS et leur similitude avec le pangolin CoV MjHKU4r-CoV-1 indiquent qu’ils sont liés à la recherche en laboratoire.

Environ 98% des lectures liées à HKU4 ont été trouvées dans un ensemble de données ARN-Seq de noyaux unicellulaires du gros intestin. Une corrélation globale modérée entre le contenu bactérien et le contenu de lecture virale a été trouvée. Des ensembles de données d’échantillons d’estomac, de poumon, de foie, de duodénum et de cœur ont également montré la présence du virus à l’état de traces.

Aucune lecture CoV liée à HKU4 n’a été détectée dans la rate et les reins, indiquant ainsi que les animaux n’étaient pas infectés naturellement, mais, à la place, les séquences ont été acquises en laboratoire lors du traitement des échantillons d’organes. L’étude actuelle en déduit que les pangolins sont peu susceptibles d’être des hôtes intermédiaires du bétacoronavirus.

conclusion

Le nouveau CoV a été identifié à l’aide d’ensembles de données d’ARN-Seq unicellulaires obtenus à partir d’un seul pangolin décédé de causes naturelles.

HKU4-BGI-2020 représente le quatrième CoV lié à HKU4 qui a été désigné pour le « clade b » nouvellement identifié. Ce clade est phylogénétiquement distinct des CoV connus liés à HKU4. MjHKU4r-CoV-2 et MjHKU4rCoV-4 ont été déterminés comme étant des variantes proches de cet isolat.

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.