L’épidémiologie moléculaire du SRAS-CoV-2 dans les îles Pityusic montre de multiples introductions et des remplacements rapides de variantes dans un point chaud touristique mondial

L’épidémie liée au SRAS-CoV-2 a été déclarée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme une urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier 2020, en raison d’une augmentation du nombre de cas importés dans le monde.¹¹. Les premiers cas dans les îles Baléares ont été détectés fin mars 2020, lorsque des initiatives de surveillance de la diversité génétique et des caractéristiques des variantes en circulation, principalement basées sur la surveillance génomique, ont été mises en place par le système de santé espagnol.¹².

La première étude portant sur l’évolution des infections par le SRAS-CoV-2 dans les Îles Baléares a conclu que sa taille relativement petite et l’organisation des systèmes de surveillance sanitaire et épidémiologique rendaient les récits officiels des cas signalés plus fiables que dans d’autres régions.². Cependant, en raison de l’impossibilité de réaliser un séquençage génomique approfondi dans la plupart des établissements hospitaliers de l’île, la surveillance et le suivi des variants en circulation ont dû s’appuyer sur d’autres stratégies basées sur la PCR, telles que la détection de la signature génomique SGTF et/ou méthodes de génotypage à haut débit.

La signature génomique SGTF pour la détection des variants Alpha et Omicron (B.1.1.529, BA.1, BA.4 et BA.5) fournit un proxy très rapide et précis pour leur identification. En effet, au sommet de leur vague correspondante, la valeur prédictive positive du SGTF était de 98 % pour Alpha et de 100 % pour Omicron.¹³. D’autre part, les méthodes de génotypage RT-qPCR ont montré une sensibilité accrue par rapport aux approches basées sur les séquences, permettant leur quantification et fournissant des résultats facilement interprétables en quelques heures. Cependant, la conception de tests pour les COV est un processus nécessitant une adaptation et une validation continues, car les COV émergents peuvent posséder des mutations uniques qui nécessitent le développement de nouveaux tests.⁵. Plus précisément, les tests de génotypage moléculaire sur panel de mutations TaqMan SARS-CoV-2 permettent la détection et la différenciation des variantes les plus courantes qui ont été utilisées pour la surveillance, le contrôle et la prévention des épidémies : B.1.1.529 (Omicron), B.1.617.2 ( Delta), B.1.1.7 (Alpha), B.1.526 (Iota), B.1.351 (Bêta), P.1 (Gamma), P.2 (Zêta), B.1.617.1 (Kappa) et B.1.427/B.1.429 (Epsilon)¹⁴.

Ces stratégies nous ont permis de détecter les lignées prédominantes et les COV dans chaque période pandémique, ainsi que l’émergence et l’extinction des différentes lignées au fil du temps. Plus précisément, la dynamique des variantes du SRAS-CoV-2 dans notre zone de santé a été caractérisée principalement par la visualisation des modèles d’amplification et le génotypage du SNP, alors que le séquençage n’a été effectué que sur des échantillons hebdomadaires sélectionnés au hasard.

Dans l’ensemble, la variante la plus répandue au cours du premier semestre 2021 était le VOC Alpha, qui a été détecté pour la première fois dans l’ASEF le 29 décembre 2020 et fortement associé à une augmentation de l’incidence. Il est intéressant de noter qu’au cours de cette période, d’autres lignées porteuses de multiples mutations dans le Spike et considérées comme des COV par l’OMS et le Centre européen de contrôle des maladies (ECDC) ont émergé dans notre région, à savoir les COV Beta et Gamma, même si leur prévalence est restée faible. Le remplacement de ces COV et d’autres lignées non-COV s’est fait progressivement, et le VOC Alpha n’est devenu majoritaire qu’en mars 2021, où il représentait plus de 50 % du nombre total de positifs détectés. Il convient de noter que le VOC Alpha n’a pas déclenché une charge hospitalière élevée en Espagne ni aux Baléares, mais il a probablement contribué à des taux de transmission communautaire élevés en raison de sa transmissibilité accrue et des interactions sociales croissantes au cours de cette période. Les mesures restrictives établies dans les Pityusics en 2020 pour contrôler la circulation des voyageurs dans les ports et aéroports ont été progressivement assouplies au cours de 2021, rétablissant en partie les interactions sociales, les rassemblements familiaux et de masse, et la possibilité de voyager vers et depuis les îles.

Au cours du second semestre 2021, alors que la campagne de vaccination était à un stade avancé, avec environ 80 % de la population de l’ASEF immunisée, le Delta COV était de loin le prédominant (voir Tableau 2 et Fig. 2A). Depuis sa première détection fin mai 2021, sa prévalence a rapidement augmenté, dépassant les lignées préexistantes et devenant la variante la plus courante (presque la totalité des cas détectés de juillet à fin novembre), comme cela s’est produit dans de nombreuses autres localités espagnoles. et dans d’autres pays^15,16. L’émergence du VOC Delta a été associée à une augmentation rapide des cas de COVID-19 dans la région, provoquant les quatrième et cinquième vagues et le plus grand nombre de cas positifs détectés en 2021. On sait désormais que l’avantage concurrentiel du variant Delta reposait sur en deux caractéristiques principales, sa transmissibilité accrue, avec des charges virales infectieuses plus élevées, et sa résistance à l’immunité naturelle et induite par le vaccin, qui ont probablement contribué à la transmission rapide et intense chez les Pytiusics.^17,18. Cependant, les registres nationaux des hospitalisations liées au COVID-19 en Espagne indiquent que la vaccination de masse a empêché une quatrième vague d’hospitalisations après les vacances de Pâques.¹⁹.

Le VOC Omicron a été détecté en décembre 2021, devenant dominant dans toute la région en moins d’un mois, augmentant considérablement la transmission du SRAS-CoV-2, même lorsque la population vaccinée était d’environ 90 %. Ce COV a accumulé de nombreuses mutations qui lui ont conféré un avantage marqué par rapport aux lignées précirculantes, provoquant une recrudescence importante de cas dans plusieurs pays du monde depuis novembre 2021.²⁰. L’avantage sélectif d’Omicron par rapport à Delta peut à nouveau s’expliquer par une transmissibilité accrue et par une fuite immunitaire plus élevée.²¹.

L’introduction des vaccins fin 2020, en donnant la priorité aux personnes âgées et au personnel soignant, et la vaccination constante par tranche d’âge qui a suivi, auraient pu avoir pour effet de favoriser la sélection de mutants vaccinaux, même si aucune preuve n’a été trouvée en faveur de cette hypothèse. cette menace. Au contraire, un certain nombre d’études publiées soulignent de manière uniforme que les changements dans l’activité de neutralisation ne se sont pas traduits par un échec complet du vaccin accompagné d’une maladie symptomatique.^22,23. En fait, la protection vaccinale reste cliniquement évidente si l’on se base sur la diminution du taux d’hospitalisations liées au COVID-19 en Espagne depuis le début de la vaccination.¹⁹.

En résumé, l’épidémie de SRAS-CoV-2 dans l’ASEF a été caractérisée par quatre phases différenciées : (i) dans un premier temps, un remplacement progressif des variants non-VOC par VOC Alpha au cours du premier semestre 2021 et un remplacement total des variants VOC Un alpha par VOC Delta au cours de la seconde moitié a été observé ; (ii) dans un deuxième temps, un remplacement rapide du VOC Delta par le VOC Omicron BA.1 courant décembre 2021 et début janvier 2022 a été détecté, (iii) lors de la troisième, il a été détecté un remplacement rapide du VOC Omicron BA.1 par Omicron BA.2 (de mars à juin 2022), et enfin, un remplacement rapide de BA.2 par BA.5, de mi-2022 jusqu’à la fin de la période étudiée. Comme cela a été largement rapporté, le COV Omicron ne pose pas de problème de santé publique dans notre région, car il a réduit la probabilité d’hospitalisation, avec une période de maladie plus courte et un potentiel de contagiosité moindre.²⁴.

L’isolement géographique relatif des îles Baléares et leur rôle central en tant que plaque tournante du tourisme international ainsi que l’extension de la vaccination ont affecté la pandémie de COVID-19 dans la zone sanitaire d’Ibiza et Formentera.³, décrivant l’introduction, la propagation et l’extinction de différentes lignées et COV au fil du temps. L’étude comparative de l’épidémiologie du SRAS-CoV-2 dans différentes régions espagnoles au cours des six vagues épidémiques a révélé que les principales destinations touristiques européennes, comme les Baléares, pourraient expliquer la grande diversité des variantes en circulation observées par rapport à d’autres dans le monde.²⁵.

Alors que le SRAS-CoV-2 est devenu endémique dans la plupart des régions, les gouvernements locaux ont assoupli les politiques de quarantaine et les mesures de santé publique pour un retour progressif à une vie normale. Bien que le nombre de cas confirmés ait progressivement diminué au cours des années 2022 et 2023, de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 pourraient menacer continuellement la santé publique.²⁶. Les introductions multiples et le remplacement rapide des COV détectés dans ce travail renforcent l’idée que la surveillance des variantes est une stratégie efficace pour contrôler le virus, en complément d’autres initiatives telles que la vaccination, les mesures sociales, l’hygiène et l’éducation sanitaire. Enfin, il est important de souligner qu’après avoir traversé une pandémie aux graves répercussions sur la santé à l’échelle mondiale, il est plus que jamais nécessaire d’augmenter le financement de la recherche et d’encourager les collaborations internationales comme solutions potentielles pour l’amélioration future et durable des connaissances génomiques. recherche en épidémiologie dans les pays en développement⁶.