Il y a plus d’un an, Marc Johnson, PhD, de l’Université du Missouri, a développé une sonde pour détecter le matériel génétique du virus H5 de la grippe aviaire A (IAV) dans les eaux usées urbaines, car il s’attendait à ce qu’il commence à apparaître dans la surveillance de routine, mais pas chez le bétail. .
“Cette histoire de bétail, qui s’est glissée sur nous”, a-t-il déclaré à CIDRAP News. “Si ce [probe] avait été mise en œuvre à l’échelle nationale, nous aurions été au courant de ce problème dans les eaux usées dès février, et ils auraient peut-être pu mettre un terme à ce problème plus tôt. C’est vraiment surprenant que cela se soit répandu à ce point sans que personne ne le sache. »
Mais l’enquête n’était pas encore opérationnelle à ce moment-là, car le virus H5N1 n’a été reconnu que lorsque certains bovins ont commencé à présenter des symptômes, fin mars.
Une option peu coûteuse et en temps réel
La surveillance des eaux usées commence dans les stations d’épuration municipales, qui desservent la grande majorité des villes de plus de 10 000 habitants, a déclaré Johnson. Dans le Missouri, par exemple, les stations d’épuration desservent environ 60 % de la population.
Les opérateurs des stations d’épuration prélèvent des échantillons composites de l’eau toutes les 15 à 30 minutes et les envoient à un laboratoire, où ils sont concentrés et l’ARN ou l’ADN viral extrait pour analyse. Les tests peu coûteux indiquent la quantité de virus ou de fragments viraux présents et identifient les souches.
Le virus de la grippe A, qui infecte à la fois les animaux et les humains, est responsable de toutes les épidémies de grippe mondiales. La souche H5N1 de la grippe aviaire hautement pathogène (IAHP) est apparue à la fin des années 1990 et a commencé à se propager largement chez les oiseaux et les volailles sauvages, ainsi que chez les personnes infectées.
Particulièrement important pour les maladies potentiellement zoonotiques
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Fin mars, le clade 2.3.4.4b H5N1 a été découvert chez des vaches présentant des symptômes grippaux. Il avait déjà été détecté chez des oiseaux sauvages, des volailles et certains mammifères sauvages lors d’épidémies généralisées aux États-Unis et dans d’autres pays à partir de 2022. En avril, le Service d’inspection zoosanitaire et phytosanitaire (APHIS) du Département américain de l’agriculture (USDA) a publié 239 séquences génétiques impliquées dans les épidémies bovines.
Depuis lors, l’ARN viral H5N1 (virus non infectieux) a été détecté dans un échantillon de lait pasteurisé sur cinq aux États-Unis (mais pas dans la crème sure, le fromage cottage ou le bœuf haché) dans les supermarchés. Un cas d’infection humaine (le deuxième cas documenté aux États-Unis) a été signalé chez un homme qui travaillait dans une ferme laitière. L’homme a développé une conjonctivite mais n’a présenté aucun autre symptôme et s’est depuis rétabli. Le précédent cas humain impliquait un ouvrier avicole dans le Colorado en avril 2022.
Le mois dernier, Chercheurs de l’Université Emory a utilisé une réaction en chaîne par polymérase-transcription inverse (RT-PCR) basée sur une sonde d’hydrolyse pour mesurer les concentrations de H5 dans les eaux usées remontant au 4 février dans trois usines de traitement sentinelles du Texas, près de l’épicentre de l’épidémie de H5N1 2.3.4.4b.
Les usines (deux à Amarillo et une à Dallas) ont été choisies parmi 15 installations qui ont montré une apparition secondaire d’IAV en mars et avril, après la saison typique de la grippe. Des rejets industriels contenant des déchets animaux, y compris des sous-produits laitiers, avaient été rejetés dans les eaux usées des installations d’Amarillo.
“Si les activités de l’industrie laitière dans ces bassins d’épuration sont la principale source de H5 dans les eaux usées, cela suggère qu’il existe [sic] Il peut y avoir des épidémies supplémentaires non identifiées parmi les bovins dont le lait est envoyé dans ces installations, car le lait provenant d’animaux infectés doit être détourné de l’approvisionnement alimentaire”, ont écrit les auteurs de l’étude.
H5 n’était pas détectable avant la mi-mars, mais a rapidement atteint des concentrations similaires à celles des gènes IAV M – un indicateur de la transmissibilité du virus de la grippe – qui étaient parmi les plus élevées jamais enregistrées dans les eaux usées. Dans le même temps, les visites aux urgences liées à la grippe dans les régions de santé publique associées du Texas étaient en baisse.
“Ces résultats suggèrent que la surveillance des eaux usées est une méthode viable pour surveiller certains agents pathogènes animaux et peut fournir une pointe de détection particulièrement importante pour les maladies à potentiel zoonotique comme l’IAHP”, ont écrit les auteurs de l’étude.
Michael Osterholm, PhD, MPH, directeur du Centre de recherche et de politique sur les maladies infectieuses (CIDRAP) de l’Université du Minnesota, éditeur de CIDRAP News, a déclaré que tester les systèmes d’épuration des eaux usées sans admission d’eaux usées d’origine animale pourrait servir de sentinelle pour les maladies humaines.
“Il y a des systèmes qui ne nécessitent aucun apport animal, donc s’ils montraient un pic, cela pourrait montrer des preuves de transmission humaine”, a-t-il déclaré. Il a ajouté que certains systèmes comme celui-ci sont peut-être en train de tester cela maintenant, mais qu’il n’a pas encore vu les données.
Suivi des mutations au fil du temps
Richard Webby, PhD, directeur du Centre collaborateur de l’Organisation mondiale de la santé pour les études sur l’écologie de la grippe chez les animaux et les oiseaux et chercheur à l’hôpital de recherche pour enfants St. Jude, à Nashville, Tennessee, a déclaré que la surveillance des échantillons d’eaux usées et de lait de supermarché est précieux. “Cela nous permet de savoir si le virus évolue également sans avoir à pénétrer dans l’environnement contaminé de la ferme”, a-t-il déclaré.
La surveillance des usines de traitement des eaux usées desservant les usines de transformation de la viande pourrait également être utile, a déclaré Johnson. “Nous avons déjà vu cela auparavant, lorsque des virus provenant d’animaux abattus apparaissent dans les eaux usées municipales”, a-t-il déclaré, ajoutant que cela pourrait se propager aux porcs ou à d’autres animaux. “Ce qui est bien, c’est que c’est un peu dégoûtant, mais peu importe dans quel compartiment se trouve le virus, il finira dans les eaux usées.”
La plupart des virus respiratoires, tels que le SRAS-CoV-2, qui cause le COVID-19, contrairement aux virus entériques (intestinaux), ne sont pas infectieux une fois qu’ils traversent le tractus gastro-intestinal car ils sont sensibles aux changements du niveau d’acidité, a déclaré Johnson : ajoutant qu’il n’a pas pu cultiver les virus infectieux du SRAS-CoV-2 à partir des eaux usées (voir l’encadré ci-dessous).
Il semble qu’il en soit de même pour le H5N1, qui est également un virus respiratoire.
2024-05-07 21:26:32
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