2024-06-10 17:48:55
Précision équilibrée des logiciels ARDaP, abritAMR, AMRFinderPlus et ResFinder pour la prédiction de la résistance aux antimicrobiens (RAM) chez Pseudomonas aeruginosa. Crédit : Médecine du génome (2024). DOI : 10.1186/s13073-024-01346-z
Un logiciel de pointe capable de détecter et de prédire la résistance aux antimicrobiens (RAM) chez l’une des superbactéries les plus résistantes et les plus mortelles de la nature a été développé par une équipe de recherche dirigée par l’Université de la Sunshine Coast. Le travail est publié dans la revue Genome Medicine.
Pseudomonas aeruginosa est une bactérie courante présente dans l’eau et le sol qui peut provoquer des infections humaines allant de l’inflammation de l’oreille et de la peau du nageur à la pneumonie mortelle, à la septicémie, à l’insuffisance pulmonaire et aux maladies osseuses.
Cause majeure de mortalité bactérienne à l’échelle mondiale, la résistance innée de l’agent pathogène à de nombreux antibiotiques et sa capacité à développer une résistance à de nouveaux antibiotiques le rendent difficile à traiter.
La percée logicielle fait suite à six années de travaux collaboratifs en laboratoire, cliniques et bioinformatiques dirigés par le professeur agrégé Erin Price et le Dr Derek Sarovich, membres du Centre UniSC pour la bioinnovation, et leur doctorat UniSC. diplômée Dr Danielle Madden au Sunshine Coast Health Institute.
Le logiciel innovant utilise le séquençage du génome entier de l’ADN de l’agent pathogène pour identifier les changements génétiques précis à l’origine de la RAM.
Cette nouvelle capacité à prédire la résistance de l’agent pathogène à 10 des antibiotiques les plus importants sur le plan clinique permettra aux professionnels de la santé de diagnostiquer les infections par P. aeruginosa AMR plus tôt et avec plus de précision, offrant ainsi des options de traitement plus rapides et plus efficaces.
Le Dr Price, généticien moléculaire et microbiologiste, a déclaré que cela pourrait changer la donne en aidant les médecins à décider quel type d’antibiotiques prescrire aux patients infectés par P. aeruginosa.
« La résistance aux antimicrobiens est une épidémie mondiale qui nécessite une atténuation urgente pour éviter une ère post-antibiotiques, où de simples infections ne peuvent pas être traitées avec des antimicrobiens qui ont autrefois révolutionné la médecine moderne », a-t-elle déclaré.
« Si aucune mesure n’est prise, les infections par la RAM devraient causer 10 millions de décès dans le monde d’ici 2050 et coûter plus de 100 000 milliards de dollars par an.
“Un diagnostic plus précoce et plus précis est crucial, en particulier dans le cas d’un agent pathogène aussi dangereux et hautement multirésistant.
« Notre nouveau logiciel fournit une méthode rapide et très précise pour l’identification de la RAM chez P. aeruginosa.
« Elle est déjà disponible dans les hôpitaux disposant d’une capacité de séquençage du génome sur place, et nous espérons que cette technologie deviendra également courante dans les cliniques de médecins généralistes à l’avenir.
“Si notre logiciel devient largement utilisé, les médecins pourraient mieux cibler leurs prescriptions d’antibiotiques, ce qui pourrait réduire la surutilisation des antibiotiques et ralentir le développement de la RAM dans les populations.”
Le Dr Sarovich, microbiologiste moléculaire et bioinformaticien, a déclaré que la recherche a révélé que le nouvel outil logiciel était de loin supérieur au logiciel de détection de la RAM existant en termes d’exactitude et de précision.
“Il produit des résultats proches de l’actuel “gold standard” en matière de tests de sensibilité aux antimicrobiens, qui sont obtenus grâce à une méthode lente et laborieuse”, a-t-il déclaré.
« Nous avons testé le logiciel dans des ensembles de données sur les souches australiennes et internationales, il sera donc très utile dans les laboratoires de diagnostic, de santé publique, de recherche et de surveillance des agents pathogènes, ici et à l’étranger.
“Il pourrait également être appliqué dans l’agriculture, la pratique vétérinaire et les environnements environnementaux, car l’agent pathogène provoque également des maladies chez les plantes et chez les chevaux, le bétail et les animaux de compagnie.”
Le Dr Madden a déclaré avoir travaillé sur le projet logiciel ARDaP pendant son doctorat UniSC. était inspirant.
“C’était gratifiant de voir la recherche théorique appliquée directement pour résoudre des problèmes du monde réel”, a-t-elle déclaré.
« La collaboration entre les chercheurs de laboratoire, les cliniciens et les bioinformaticiens a été la clé de notre succès et met en valeur l’importance des approches interdisciplinaires pour relever des défis complexes comme la RAM.
Plus d’information:
Danielle E. Madden et al, Suivre les agents pathogènes : détection et prédiction améliorées de la résistance aux antimicrobiens à partir des génomes de Pseudomonas aeruginosa, Genome Medicine (2024). DOI : 10.1186/s13073-024-01346-z
Fourni par l’Université de la Sunshine Coast
Citation: Nouvel outil développé pour améliorer le traitement mortel des superbactéries (10 juin 2024) récupéré le 10 juin 2024 sur
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