Une étude de référence menée par la faculté de médecine de Duke-NUS a révélé que malgré la récente pandémie, les efforts de détection des épidémies restent sous-financés en Asie du Sud et du Sud-Est, seulement environ la moitié des pays examinés ayant intégré des initiatives de surveillance génomique des agents pathogènes dans leurs plans nationaux. Publié dans Microbiologie de la nature Aujourd’hui, l’étude identifie également les priorités clés pour améliorer la préparation de la région contre les futures pandémies.
L’étude, menée sur 12 mois entre 2022 et 2023, analyse les réponses sur la capacité de séquençage génomique pour la détection des agents pathogènes de 13 des 19 pays qui composent l’Asie du Sud et du Sud-Est.
La pandémie de COVID-19 a souligné l’importance de la surveillance génomique, essentielle pour identifier le SARS-CoV-2, surveiller ses variants et concevoir des vaccins contre la COVID-19. Initialement axés sur le suivi du SARS-CoV-2, ces investissements sont désormais utilisés pour répondre à d’autres priorités en matière de maladies, notamment la tuberculose résistante aux médicaments, les infections bactériennes d’origine alimentaire, la dengue ou pour suivre l’épidémie actuelle de grippe aviaire A (H5N1).
Bien que les 13 pays disposent tous de capacités nationales de séquençage génomique, seuls 7 des 13 pays évalués ont intégré le séquençage génomique des agents pathogènes dans leurs plans stratégiques nationaux de surveillance des maladies infectieuses. En outre, seuls 6 pays ont établi des lignes directrices pour l’utilisation de la génomique des agents pathogènes dans la surveillance des maladies infectieuses. L’absence de lignes directrices nationales pour la surveillance génomique des agents pathogènes complique la mise en œuvre et l’allocation des ressources. Il est essentiel de combler ces lacunes pour améliorer l’efficacité et la durabilité des systèmes de surveillance et de réponse aux maladies infectieuses.
Le professeur adjoint Ruklanthi de Alwis, directeur adjoint du Centre de préparation aux épidémies de Duke-NUS, a déclaré :
« Bien qu’il soit encourageant de constater l’existence de certaines capacités de séquençage génomique des agents pathogènes, notamment dans les pays à faibles ressources de notre région, il est encore possible de les renforcer. Il est essentiel que le séquençage des agents pathogènes soit utilisé pour maximiser l’impact sur la santé publique grâce à la surveillance, à la réponse et au contrôle des maladies infectieuses. L’évaluation de la situation actuelle et des besoins a été une première étape cruciale. »
Le document identifie également cinq défis spécifiques auxquels la région est confrontée dans l’adoption du séquençage génomique pour la surveillance des maladies infectieuses :
- Financement : Les pays ont indiqué qu’ils dépendaient de bailleurs de fonds extérieurs pour le séquençage des agents pathogènes. Dans les 13 pays étudiés, 57 % des ressources financières et autres proviennent de donateurs extérieurs, suivis du secteur public (32 %) et des institutions universitaires (6 %).
- Main-d’œuvre qualifiée : Disponibilité limitée de personnel de laboratoire qualifié et de personnel formé en bioinformatique pour le traitement du séquençage génomique et l’analyse des résultats.
- Coût : Le coût des équipements liés au séquençage génomique est extrêmement élevé et de nombreux pays asiatiques aux ressources limitées déclarent payer des prix plus élevés pour le séquençage génomique par rapport aux pays à revenus plus élevés.
- Chaîne d’approvisionnement : La chaîne d’approvisionnement en équipements et réactifs de séquençage génomique est lente, les nouvelles commandes mettant en moyenne deux mois pour atteindre les laboratoires.
- Délai d’exécution : Des délais de plusieurs semaines entre le prélèvement des échantillons et la disponibilité des données génomiques entravent l’utilisation rapide de ces informations pour guider les actions de santé publique.
Le Dr Thimothy John Dizon de l’Institut de recherche en médecine tropicale aux Philippines a déclaré :
« La pandémie de COVID-19 a été un signal d’alarme crucial pour les systèmes de santé du monde entier, soulignant l’immense valeur de la génomique dans la lutte contre les agents pathogènes et l’élaboration des réponses de santé publique. La nature complexe de la génomique exige une transformation de nos pratiques de surveillance et a considérablement renforcé la collaboration entre les laboratoires de santé publique, les unités de surveillance et les institutions universitaires des Philippines. Pour maximiser ces avancées, il est essentiel de renforcer et de maintenir les investissements en favorisant une collaboration et des partenariats plus larges, tant au sein de la région qu’à l’échelle mondiale. »
Le Dr Khoo Yoong Khean, responsable scientifique du Centre de préparation aux épidémies de Duke-NUS, a ajouté :
« La génomique des agents pathogènes est une innovation qui a un impact considérable sur la santé publique, et toute notre région bénéficierait de conseils pour planifier et budgétiser efficacement la génomique. L’Asie est confrontée à un risque élevé d’épidémies de maladies infectieuses émergentes en raison de facteurs tels que la densité de population, les taux de mobilité élevés, les mauvaises conditions d’eau et d’assainissement, les interactions fréquentes entre l’homme et l’animal, le stress climatique et un environnement en évolution rapide. Le renforcement de la détection précoce par la surveillance des maladies infectieuses est essentiel pour la préparation régionale aux épidémies. »
Méthodologie de l’étude
Cette étude a été menée en collaboration avec des partenaires du Bangladesh, du Brunei Darussalam, du Cambodge, d’Indonésie, de la RDP lao, de Malaisie, du Myanmar, du Népal, du Pakistan, des Philippines, du Sri Lanka, de Thaïlande et du Vietnam. La participation était volontaire et l’étude comprenait des données provenant des 13 pays.
Des partenaires clés dans chacun des pays participants ont été identifiés pour prendre part à une enquête approfondie, ce qui a permis de recueillir des données auprès de 42 grandes institutions locales. Ces organisations provenaient de secteurs divers, notamment des entités gouvernementales, des institutions universitaires, des laboratoires publics et des organisations non gouvernementales.
Sur la base des réponses à l’enquête, 25 indicateurs récapitulatifs ont ensuite été choisis et calculés pour évaluer l’état régional de la surveillance génomique des agents pathogènes. Ces indicateurs couvrent des domaines tels que les partenariats, le financement, les politiques et les lignes directrices, la chaîne d’approvisionnement, l’infrastructure des laboratoires, la bioinformatique, l’assurance qualité, le partage des données et leur impact.
L’étude a été publiée dans le cadre de l’Initiative de génomique des pathogènes d’Asie (Asia PGI), un consortium régional hébergé par Duke-NUS qui se consacre à l’avancement de la génomique des pathogènes. Le consortium a créé une académie de formation spécialisée à Duke-NUS, permettant aux pays de collaborer par le biais de programmes sur mesure qui répondent aux menaces sanitaires prioritaires en Asie. Les principaux partenaires de ce travail incluent l’Institut de bioinformatique de l’Agence pour la science, la technologie et la recherche de Singapour.
En collaboration avec les Centres américains de contrôle et de prévention des maladies (CDC), Asia PGI organise également plus tard cette année un atelier conjoint sur la planification nationale et la mise en œuvre de la génomique des agents pathogènes pour la surveillance des maladies infectieuses.
Le professeur Linfa Wang, directeur exécutif du Programme de recherche sur la préparation et la réponse aux épidémies (PREPARE), a ajouté :
« Si la génomique est essentielle à la surveillance, les pays ont également besoin de nouveaux outils dans leur boîte à outils de réponse aux épidémies. PREPARE et Asia PGI continueront de travailler avec des partenaires régionaux pour renforcer la résilience aux futures épidémies et pandémies. À plus long terme, l’exploitation des capacités génomiques pour développer rapidement de nouveaux diagnostics et vaccins constituera un domaine de soutien crucial à nos efforts. »
Source:
Référence de la revue :
Marya Getchell, Suci Wulandari, Ruklanthi de Alwis, et al. pour le compte du consortium Asia Pathogen Genomics Initiative (Asia PGI). État actuel de la surveillance génomique des agents pathogènes dans les milieux à faibles ressources en Asie. Nature Microbiology DOI : 10.1038/s41564-024-01809-4
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