Des chercheurs de l’École de médecine Icahn du Mont Sinaï ont présenté KiNet, un portail Web interactif conçu pour explorer les interactions kinase-substrat dans les systèmes cellulaires humains. Ces interactions jouent un rôle essentiel dans la modulation des voies de signalisation complexes qui contrôlent divers processus cellulaires, tels que la croissance cellulaire, la différenciation et la réponse aux stimuli environnementaux.
En intégrant des données provenant de plusieurs bases de données publiques, KiNet permet à la communauté scientifique de visualiser et d’étudier ces interactions dans des contextes systémiques, améliorant ainsi la compréhension des fonctions des kinases et de leurs implications dans des maladies comme le cancer, les troubles neurodégénératifs et les maladies cardiovasculaires. Les détails de KiNet ont été publiés dans Biologie et applications des systèmes npj (DOI : 10.1038/s41540-024-00442-5).
Les kinases sont des enzymes qui modifient d’autres protéines en leur ajoutant des groupes phosphate, un processus appelé phosphorylation. Cette modification régule l’activité, la localisation et la fonction des protéines, influençant finalement diverses activités cellulaires. La perturbation de ces interactions kinase-substrat est souvent liée à des maladies, ce qui en fait des cibles majeures d’intervention thérapeutique. Malgré l’abondance de données sur les kinases et leurs substrats, une grande partie de ces informations sont dispersées dans plusieurs bases de données, ce qui rend difficile leur interprétation dans le contexte des systèmes cellulaires. KiNet résout ce problème en regroupant les données des principales bases de données et en fournissant une plate-forme conviviale permettant aux chercheurs d’explorer ces interactions de manière globale.
« Les kinases et leurs substrats jouent un rôle essentiel dans les voies de signalisation cellulaire, et la capacité de visualiser ces interactions dans des contextes au niveau du système ouvre de nouvelles voies pour comprendre leurs rôles dans la santé et la maladie », a déclaré Gaurav Pandey, PhD, professeur de génétique et de sciences génomiques à Icahn Mount Sinai et co-auteur principal de l’article.
KiNet regroupe non seulement les données existantes, mais fournit également une plate-forme interactive qui facilitera la découverte de médicaments et l’analyse au niveau des systèmes.
Gaurav Pandey, professeur, génétique et sciences génomiques, École de médecine Mount Sinai
La capacité de KiNet à visualiser les interactions kinase-substrat au sein de voies, de familles de domaines et d’ensembles de protéines personnalisés offre aux chercheurs un outil puissant pour la découverte de connaissances. En se concentrant sur les contextes systémiques, tels que le réseau d’interactions dans les voies de signalisation, les utilisateurs peuvent acquérir une vision plus complète du fonctionnement de ces protéines importantes. Cette capacité est prometteuse pour un large éventail d’applications, y compris la découverte de médicaments, où la compréhension des relations complexes entre kinases et substrats peut révéler des cibles potentielles pour une intervention thérapeutique.
En plus de son utilisation dans la recherche fondamentale, KiNet est en passe de contribuer au développement de nouvelles thérapies. De nombreux médicaments actuels ciblent les kinases en raison de leur rôle central dans des maladies telles que le cancer, où une activité anormale des kinases entraîne la croissance tumorale. L’approche interactive de KiNet pour visualiser les interactions des kinases peut aider les chercheurs à identifier de nouvelles cibles médicamenteuses et à comprendre les effets des traitements potentiels sur des voies de signalisation complexes.
« KiNet représente une ressource unique pour la communauté scientifique, rassemblant divers ensembles de données et fournissant une plate-forme accessible pour visualiser les interactions kinase-substrat », a déclaré Avner Schlessinger, PhD, professeur de sciences pharmacologiques à Icahn Mount Sinai et co-auteur principal de l’article. . “Nous prévoyons que KiNet sera un outil précieux pour faire progresser à la fois la recherche fondamentale et les applications cliniques, en particulier dans la découverte de médicaments et la médecine personnalisée.”
Source:
École de médecine du Mont Sinaï
Référence du journal :
Sekar, JAP, et autres. (2024). Un portail Web pour explorer les interactions kinase-substrat. Biologie et applications des systèmes npj. est ce que je.org/10.1038/s41540-024-00442-5.
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