Vers la fin de l’année dernière, les autorités sanitaires américaines ont été informées d’une prochaine vague de virus respiratoire syncytial, un virus saisonnier qui tue 160 000 personnes dans le monde chaque année. Avant que les hôpitaux ne signalent une augmentation du nombre de patients, ils pouvaient constater que le VRS était plus aigu dans le nord-est du pays, les concentrations de virus atteignant finalement des niveaux plus de cinq fois supérieurs à ceux de l’ouest des États-Unis. Leur système d’alerte précoce ? Eaux usées.
En testant régulièrement les niveaux de virus dans les eaux usées publiques, les établissements de santé sont en mesure de cibler les traitements et les interventions sur les zones les plus touchées avant que les médecins sur le terrain ne réalisent que quelque chose se passe. “Si vous pouvez transmettre les informations aux hôpitaux ou aux cliniques des semaines plus tôt, cela vous donne l’occasion de commencer à réfléchir aux traitements dont ils pourraient avoir besoin”, explique Marisa Donnelly, épidémiologiste principale principale chez Biobot Analytics, qui a contribué au développement d’un système de surveillance des eaux usées pour les États-Unis. Centres de contrôle des maladies.
Le VRS est très courant : chaque année, 64 millions de personnes dans le monde reçoivent une infection par le VRS, selon l’Institut national américain des allergies et des maladies infectieuses, mais elle est particulièrement problématique pour les personnes très âgées et très jeunes. Des mesures préventives sont disponibles, notamment des vaccins et des anticorps monoclonaux. Mais souvent, lorsqu’une communauté reconnaît qu’elle est confrontée à une épidémie de VRS, il est trop tard pour mettre en place la réponse la plus efficace. Se procurer suffisamment de médicaments peut également s’avérer délicat. « L’analyse des eaux usées vous donne une meilleure connaissance de la situation de ce qui se passe et de ses fluctuations dans le temps, car nous avons [historically] les cas de VRS sont très sous-détectés », déclare Bill Hanage, directeur associé du Center for Communicable Disease Dynamics à la Harvard TH Chan School of Public Health.
Le concept de suivi d’un virus dans les eaux usées a pris de l’importance dès les premiers jours de la pandémie de Covid-19 en 2020, explique Tyson Graber, scientifique associé à l’Institut de recherche du Centre hospitalier pour enfants de l’est de l’Ontario, qui a travaillé sur l’analyse des eaux usées dans le cadre du projet ontarien Covid réponse. Au départ, les chercheurs n’étaient pas très optimistes. “Personne ne pensait que l’on pouvait réellement détecter des morceaux de matière provenant d’un virus respiratoire”, explique Graber. Pourtant, cela s’est avéré possible : les scientifiques ont pu détecter la présence du SRAS-CoV-2, le virus à l’origine du Covid-19.
Cette analyse en temps quasi réel de la propagation du virus a contribué à améliorer les réponses à la pandémie, non seulement en Ontario, mais dans le monde entier. Aux États-Unis, le CDC lancé son Système national de surveillance des eaux usées en septembre 2020.
Bien que chaque agent pathogène ait ses propres « prédilections et excentricités », explique Graber, il a été possible d’adapter le processus pour rechercher le VRS. Des tests réguliers du RSV dans les eaux usées ont désormais lieu aux États-Unis, au Canada, Finlande et Suisse.
Une étude de l’expérience ontarienne de suivi des eaux usées du VRS a révélé qu’il donne un préavis de plus d’un mois pour identifier le début de la saison du VRS, et un avertissement de près de deux semaines en cas de poussée, comparativement à l’attente que les gens se présentent malades. « Nous constatons certainement une augmentation [RSV in] les eaux usées commencent avant que nous constations les mêmes augmentations des données cliniques comme les hospitalisations », explique Donnelly.
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