Le rapport australien de surveillance respiratoire le plus récent indique qu’une proportion croissante de XEC a été séquencée récemment | Photo de : Pexels
5 min de lecture Dernière mise à jour : 05 octobre 2024 | 10h17 IST
Au cours des près de cinq années écoulées depuis l’apparition de Covid, vous seriez pardonné si vous avez perdu la trace du nombre de nouvelles variantes que nous avons vues. Certains ont eu un impact plus important que d’autres, mais les virologues en ont documenté des milliers.
La dernière variante à faire la une des journaux s’appelle XEC. Cette sous-variante omicron a été signalée principalement dans l’hémisphère nord, mais elle a également été détectée en Australie.
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Alors que savons-nous de XEC ?
Le Covid existe-t-il toujours ?
Les gens testent désormais moins le Covid et le signalent moins. L’enthousiasme pour traquer le virus est généralement en déclin.
Néanmoins, l’Australie continue de collecter et de communiquer des données sur Covid. Même si le nombre de cas est probablement beaucoup plus élevé que le nombre documenté (environ 275 000 jusqu’à présent cette année), nous pouvons encore avoir une idée du moment où nous observons des vagues importantes, par rapport aux périodes de moindre activité.
L’Australie a connu son dernier pic de Covid en juin 2024. Depuis lors, les cas sont en baisse.
Mais le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le Covid, est définitivement toujours là.
Quelles variantes circulent actuellement ?
Les principales variantes de Covid qui circulent actuellement dans le monde sont BA.2.86, JN.1, KP.2, KP.3 et XEC. Ce sont tous des descendants d’omicron.
Le variant XEC a été détecté pour la première fois en Italie en mai 2024. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a désigné comme variant « sous surveillance » en septembre.
Depuis sa détection, XEC s’est répandu dans plus de 27 pays en Europe, en Amérique du Nord et en Asie. À la mi-septembre, le plus grand nombre de cas ont été identifiés dans des pays comme les États-Unis, l’Allemagne, la France, le Royaume-Uni et le Danemark.
XEC représente actuellement environ 20 pour cent des cas en Allemagne, 12 pour cent au Royaume-Uni et environ 6 pour cent aux États-Unis.
Bien que XEC reste une variante minoritaire à l’échelle mondiale, elle semble avoir un avantage en termes de croissance par rapport aux autres variantes en circulation. Nous ne savons pas encore pourquoi, mais les rapports suggèrent qu’il pourrait se propager plus facilement que d’autres variantes.
Pour cette raison, on prévoit que XEC pourrait devenir la variante dominante dans le monde dans les mois à venir.
Et en Australie ?
Le rapport australien de surveillance respiratoire le plus récent indique qu’une proportion croissante de XEC a été séquencée récemment.
En Australie, 329 séquences du SRAS-CoV-2 collectées du 26 août au 22 septembre ont été téléchargées sur AusTrakk, la plateforme nationale australienne de surveillance génomique du Covid.
La majorité des séquences (301 sur 329, soit 91,5 %) étaient des sous-lignées de JN.1, notamment KP.2 (17 sur 301) et KP.3 (236 sur 301). Les 8,5 pour cent restants (28 sur 329) étaient des recombinants constitués d’une ou plusieurs sous-lignées d’omicrons, dont XEC.
Les estimations basées sur les données du GISAID, un référentiel international de séquences virales, suggèrent que XEC représente environ 5 % des cas en Australie, soit 16 des 314 échantillons séquencés.
Le Queensland a signalé les taux les plus élevés au cours des 30 derniers jours (8 pour cent, ou huit séquences sur 96), suivi de l’Australie du Sud (5 pour cent, ou cinq sur 93), de Victoria (5 pour cent, ou une sur 20) et Nouvelle-Galles du Sud (3 pour cent, soit deux sur 71). WA n’a enregistré aucune séquence sur 34. Aucune donnée n’était disponible pour les autres États et territoires.
Que savons-nous de XEC ? Qu’est-ce qu’un recombiné ?
Les conventions de dénomination de l’OMS pour les nouvelles variantes de Covid utilisent souvent une combinaison de lettres pour désigner les nouvelles variantes, en particulier celles qui résultent d’événements de recombinaison entre des lignées existantes. Le « X » indique généralement une variante recombinante (comme avec XBB, par exemple), tandis que les lettres qui le suivent identifient des lignées spécifiques.
Jusqu’à présent, nous savons très peu de choses sur les caractéristiques spécifiques du XEC et sur la manière dont il diffère des autres variantes. Mais rien ne prouve que les symptômes seront plus graves qu’avec les versions antérieures du virus.
Ce que nous savons, c’est quelles mutations présente cette variante. Dans le gène S qui code pour la protéine de pointe, nous pouvons trouver une mutation T22N (héritée de KS.1.1) ainsi que Q493E (de KP.3.3) et d’autres mutations connues de la lignée omicron.
Les vaccins seront-ils toujours efficaces contre XEC ?
Les données de surveillance les plus récentes ne montrent pas d’augmentation significative des hospitalisations liées au Covid. Cela suggère que les vaccins actuels offrent toujours une protection efficace contre les conséquences graves des variantes en circulation.
À mesure que le virus continue de muter, les fabricants de vaccins continueront de mettre à jour leurs vaccins. Pfizer et Moderna ont mis à jour leurs vaccins pour cibler la variante JN.1, qui est une souche mère des variantes FLiRT et devrait donc protéger contre XEC.
Cependant, l’Australie attend toujours de savoir quels vaccins pourraient être mis à la disposition du public et quand.
En attendant, les vaccins à base d’omicrons tels que l’actuel XBB.1.5 Spikevax (Moderna) ou COMIRNATY (Pfizer) sont toujours susceptibles d’offrir une bonne protection contre le XEC.
Il est difficile de prédire comment XEC se comportera en Australie à l’approche de l’été. Nous aurons besoin de recherches supplémentaires pour mieux comprendre cette variante à mesure qu’elle se propage. Mais étant donné que le XEC a été détecté pour la première fois en Europe pendant les mois d’été de l’hémisphère nord, cela suggère que le XEC pourrait être bien adapté à sa propagation par temps plus chaud.
Première publication : 05 octobre 2024 | 10h17 IST
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