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Percée dans le diagnostic: nouveau test CRISPR pour PJP

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Les chercheurs de l’Université de Tulane ont développé un test basé sur CRISPR qui diagnostique Pneumocystis jirovecii Pneumonie (PJP) – Une infection fongique potentiellement mortelle affectant principalement les enfants et les patients immunodéprimés – plus rapidement et moins invasivement, selon une nouvelle étude publié dans le Journal of Clinical Investigation.

Le test très précis détecte l’ARN des champignons vivants dans des échantillons de sang et des écouvillons de gorge, éliminant le besoin de procédures de bronchoscopie invasive actuellement utilisées pour le diagnostic.

“Les méthodes de diagnostic actuelles n’ont pas évolué depuis des décennies, laissant de nombreux patients sans réponses en temps opportun ou définitives”, a déclaré le co-auteur de l’étude Dr Jay KollsLa présidente de John W. Deming a doté de la médecine interne à la Tulane University School of Medicine. “Avoir un test d’écouvillons de gorge non invasif ou un test sanguin nous permet vraiment d’obtenir un diagnostic plus rapide, mais aussi plus spécifique, que nous ne pouvons l’obtenir en ce moment.”

Kolls et co-auteur de l’étude Tony HuPhD, la présidente présidentielle de Weatherhead en Biotechnology Innovation et directrice du Tulane Center for Cellular & Molecular Diagnostics, a conduit une équipe multidisciplinaire à développer le nouvel outil, combinant l’innovation d’ingénierie avec une expertise clinique et biomédicale.

Le champignon qui provoque le PJP nuit rarement aux personnes en bonne santé, mais peut déclencher des infections pulmonaires dangereuses chez les personnes atteintes de systèmes immunitaires compromis, y compris les patients cancéreux, les transplantés, les personnes atteintes du VIH / sida et les patients sous médicaments à suppression immunitaire.

Les méthodes de diagnostic traditionnelles pour le PJP reposent sur une bronchoscopie dans laquelle un tube est inséré dans les voies respiratoires du patient pour collecter des échantillons, une procédure coûteuse et invasive.

“Il peut prendre jusqu’au lendemain, parfois deux jours, pour recevoir des résultats de bronchoscopie”, a déclaré Hu. “Avec le test basé sur CRISPR, nous pouvons passer des échantillons aux résultats en 45 minutes.”

Les tests de calibrage de PCR, comme ceux utilisés pour les tests de covide rapide, ne parviennent pas à détecter actif P. Jirovecii infections. L’utilisation de l’outil de détection basé sur CRISPR aux côtés des tests de PCR a considérablement augmenté la précision diagnostique, identifiant correctement 96% des nourrissons infectés (contre 66% avec PCR seul) et 93% des adultes infectés (contre seulement 26% avec la PCR seul).

CRISPR, un acronyme de «Répétions palindromiques courtes régulièrement entasées régulièrement», est une technologie d’édition de gènes qui permet aux scientifiques de modifier précisément l’ADN. Pour le test de diagnostic PJP, CRISPR est utilisé pour détecter l’ARN du champignon provoquant un PJP.

“C’est nouveau”, a déclaré Kolls. «Et nous avons des données qui montrent que le PJP peut être plus répandu que la pensée. Un meilleur diagnostic peut nous aider à prouver cela. »

En plus de diagnostiquer les patients, le test peut être utilisé sur des écouvillons de gorge déjà rassemblés dans des cliniques pour améliorer l’épidémiologie et la cartographie des pneumocystis aux États-Unis.

Cette étude montre également l’utilisation croissante du CRISPR comme moyen de rationaliser la détection des maladies. Pour l’avenir, l’équipe de recherche voit le potentiel de la plate-forme de diagnostic CRISPR pour détecter d’autres infections respiratoires.

“Cet outil est un exemple de l’esprit collaboratif de l’Université de Tulane, où l’ingénierie de pointe peut fonctionner aux côtés de la pratique clinique approfondie pour résoudre un problème très critique”, a déclaré Hu. “J’espère que nous pourrons bientôt déployer cela comme test clinique et améliorer les résultats pour les patients.”

Référence: Youngquist BM, Mnguni AT, Pungan D, et al. Détection médiée par CRISPR de Pneumocystis transcriptions dans les échantillons bronchoalvéolaires, oropharyngés et sériques pour Pneumocystis Diagnostic de pneumonie. J Clin Invest. 2025. Doi: 10.1172 / jci177241

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