2024-08-22 15:27:41
Il y a ceux qui pensent que les profondeurs océaniques pourraient être un bon endroit pour pêcher de nouveaux antibiotiques, il y a ceux qui croient que l’activité méticuleuse de criblage et d’analyse de l’intelligence artificielle pourrait être utile. Et il y a ceux qui, sans aller très loin, croient au contraire qu’il pourrait être utile pour les entreprises d’interroger les communautés microbiennes que nous transportons avec nous. Ici, en étudiant la multitude de micro-organismes de la flore intestinale (mais aussi du microbiote des organes génitaux, de la bouche ou de la peau), de nouveaux antibiotiques pourraient se cacher. Quelque chose de prometteur, pour être honnête, existe déjà : voilà ils disent certains chercheurs des universités de Stanford et de Pennsylvanie pages De Cellule.
De possibles antibiotiques du futur issus des profondeurs marines
par Sandro Iannaccone
Pourquoi étudier le microbiote humain pour trouver de nouveaux antibiotiques
Avant d’entrer dans le détail de l’étude, il est intéressant de savoir pourquoi les chercheurs se sont concentrés sur l’analyse du microbiome humain (c’est-à-dire la composante génétique des micro-organismes). L’une des raisons est liée à l’abondance des espèces dans les différentes zones de notre microbiote : elles sont nombreuses et pour survivre et se tailler leur propre espace – écrivent les auteurs – elles entrent en quelque sorte en compétition. L’idée est que des substances antibiotiques, et plus généralement antimicrobiennes, sont produites par ces micro-organismes pour éliminer leurs concurrents. “Toutes ces bactéries coexistent, mais elles se battent aussi entre elles – déclare de l’Université de Pennsylvanie, César de la Fuente-Nunezchef du studio -. Un tel environnement peut encourager l’innovation. »
Mais il y a plus encore : il est possible d’interpréter la production de substances antimicrobiennes comme une tentative des bonnes bactéries de contrecarrer la croissance des mauvaises, lit-on dans le journal. Il y a donc des raisons de chercher dans un lieu riche, et les chercheurs se sont donc lancés dans cette étude, en procédant par étapes successives.
Découvrir de nouveaux antibiotiques, grâce à l’IA
de Anna Lisa Bonfranceschi
L’étude
Comme point de départ, les chercheurs ont utilisé une « bibliothèque » de 444 000 petites protéines, identifiées à partir d’analyses métagénomiques – c’est-à-dire des analyses génomiques qui séquencent tout l’ADN de plusieurs organismes collectés ensemble – réalisées sur des échantillons de microbiote d’environ 200 personnes et à venir. provenant de différents sites (intestin, mais aussi bouche et peau par exemple). Les scientifiques ont ensuite analysé ces protéines et les séquences génétiques associées pour comprendre si certains composés pouvaient avoir une activité antimicrobienne, et dans un deuxième temps, ils les ont synthétisées (environ soixante-dix) et les ont testées, tant in vitro (en laboratoire) qu’in vivo, sur modèles animaux.
La prévotelline-2, le composé le plus intéressant
Parmi les composés synthétisés, environ 70 % ont montré une activité antimicrobienne. Cinq d’entre elles étaient particulièrement intéressantes et ont fait l’objet d’études plus approfondies sur les plaies et infections cutanées murines, mais l’une d’entre elles s’est surtout distinguée par ses propriétés, la prévotelline-2, provenant de la bactérie Couverture Prévotella. En fait, cette substance – expliquent les auteurs – présente une activité antimicrobienne comparable à celle d’un antibiotique, la polymyxine B, sans toxicité documentée dans les tests réalisés sur des souris.
Résistance aux antibiotiques : la course à la recherche pour la combattre
par Irma D’Aria
Ce qui a été observé – concluent les experts – est intéressant pour au moins deux raisons. D’une part, en effet, cela permet de lever un peu le voile sur les dynamiques qui régulent la survie des différents micro-organismes du microbiote humain. En revanche, comme le souhaitent les scientifiques, l’étude de ces dynamiques pourrait nous aider à relever le défi de la (de plus en plus nécessaire) recherche de nouveaux antibiotiques.
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