“Arrêtez d’avoir si peur des phages” : les virus dans la lutte contre la résistance

Le microbiome joue un rôle important dans notre santé. Des milliards de micro-organismes dans le corps influencent presque tout dans le corps – de la digestion au système immunitaire en passant par notre humeur. Mais il existe d’autres structures assez étranges qui s’installent chez nous : les bactériophages – ou phages en abrégé. Ce sont des virus microscopiques encore plus petits que nos microbes intestinaux. Ces virus infectent les bactéries et les transforment en usines qui fabriquent encore plus de phages.

On sait depuis plus de cent ans qu’ils existent – et un petit groupe de scientifiques a rapidement reconnu leur potentiel. Étant donné que ces virus peuvent tuer les bactéries, ils doivent être utilisés pour traiter un large éventail d’infections bactériennes malignes. Mais ce n’est pas comme ça que ça s’est passé.

Quelques décennies seulement après leur découverte, les phages en tant que thérapie ont été largement abandonnés au profit des antibiotiques. Mais cela change lentement maintenant. À mesure que les antibiotiques échouent et que la menace mortelle de la résistance aux antimicrobiens augmente, l’intérêt pour la médecine des phages augmente. Cependant, avant de pouvoir les utiliser de manière adéquate, nous avons encore beaucoup à apprendre. De plus, les gens ont peur des virus : qui voudrait avaler un médicament composé de particules infectieuses ?

Un facteur dégoûtant chez les phages

“Il y a un facteur de dégoût”, explique Chloe James, microbiologiste qui étudie les phages à l’Université de Salford au Royaume-Uni. Cependant, ceux-ci sont différents des virus qui nous infectent, tels que B. Virus de la grippe, Ebola ou COVID-19. Au lieu de cela, les phages infectent spécifiquement les bactéries.

Les deux biologies ont évolué côte à côte – partout où il y a des bactéries, il y a des phages pour les infecter. En fait, vous pouvez les trouver presque partout où vous regardez. “Les phages sont incroyablement divers et constituent l’organisme le plus abondant sur notre planète, ils sont donc littéralement partout”, explique James.

De nombreux phages fonctionnent en “sautant” sur la bactérie et en injectant leur propre ADN à l’intérieur. Là, l’ADN peut se répliquer. Finalement, la bactérie elle-même se rompt, libérant une explosion de phages. Cependant, tous les phages ne fonctionnent pas de cette manière. Certains insèrent également leurs gènes dans l’ADN des bactéries. Cela peut empêcher les bactéries de se multiplier – ou même leur donner d’autres pouvoirs, comme la capacité de provoquer une maladie encore plus mortelle ou de résister aux effets des antibiotiques.

Tout cela est complexe. D’une part parce qu’il y a tellement de phages, d’autre part parce qu’ils semblent tous incroyablement spécifiques. Par exemple, ils n’infectent que certaines souches de bactéries. Mais si vous trouvez le bon phage pour le bon bacille, le potentiel de la phagothérapie est énorme.

phages du composteur

Plusieurs projets de science citoyenne sont donc en cours pour inciter les gens à étudier les phages dans leur environnement, qu’ils se cachent dans la terre du jardin ou dans le composteur. La plupart des phages catalogués dans les biobanques proviennent des eaux usées. Certains d’entre eux se sont déjà avérés extrêmement utiles.

En 2010, Lilli Holst, étudiante à l’Université du KwaZulu-Natal en Afrique du Sud, a participé à une Participation à un projet visant à encourager les élèves à trouver des phages. Elle a décidé de regarder dans le bac à compost de ses parents, entre autres. Puis, dans un écouvillon prélevé sous une aubergine pourrie, elle a trouvé des phages entièrement nouveaux pour la science. Elle l’appelait “Muddy”.

Il s’est avéré que ce type de phage était capable de tuer un type de bactérie pouvant provoquer des maladies particulièrement désagréables. Lorsque, près d’une décennie plus tard, une adolescente de Londres a contracté une infection agressive et multirésistante après une double transplantation pulmonaire, les médecins lui ont donné une chance de survie d’environ 1 %.

Dans un ultime effort pour lui sauver la vie, les médecins lui ont injecté les phages Muddy ainsi que deux autres phages génétiquement modifiés. Elle a récupéré en quelques jours et a pu quitter l’hôpital quelques mois plus tard. Comme présenté dans le prochain livre de Tom Ireland “Le bon virus” au sujet des phages, Muddy a été utilisé sur plus d’une douzaine de personnes dans les années qui ont suivi.

30 essais cliniques actifs de phagothérapie

Il n’est pas facile de trouver le bon phage pour la tâche à accomplir. Par conséquent, les scientifiques travaillent sur des alternatives. Par exemple, les phages pourraient être équipés des gènes dont ils ont besoin pour infecter des bactéries spécifiques qu’ils veulent tuer. Il peut également être plus facile d’utiliser les produits chimiques que les phages fabriquent eux-mêmes, plutôt que la propre production du phage.Ils fabriquent des enzymes qui peuvent percer des trous dans les parois des cellules bactériennes, les faisant éclater. Nous pourrions également traiter les gens avec ces enzymes spécifiques, dit James.

En tout cas, le moment semble venu de remettre les phages sur le devant de la scène. La résistance aux antimicrobiens est en augmentation ; ils sont déjà responsables de millions de décès par an. Au Royaume-Uni, le gouvernement examine donc si la recherche sur les phages devrait recevoir plus d’argent de l’État. Plus de 30 essais cliniques actifs de phagothérapie sont répertoriés dans un registre tenu par les États-Unis. Le livre pro-tech irlandais sort cet été.

Une fois que la recherche avance, il y a un autre défi à surmonter : l’idée d’introduire délibérément des virus dans le corps ne plaît pas à la plupart des gens.

Cela étant dit, les bactéries ont bénéficié d’excellentes relations publiques au cours des dernières années. La plupart des gens sont maintenant conscients des avantages d’un microbiome intestinal sain. De nombreuses personnes avalent même les principes actifs correspondants, à commencer par le yaourt probiotique. Les virus pourraient-ils aussi nous convaincre ? “Nous devons cesser d’avoir si peur des phages – et voir ce qu’ils peuvent faire pour nous”, déclare le microbiologiste James.

Au sujet des phages, écoutez aussi “Weekly”, le podcast d’actualité du MIT Technology Review :

(jl)