2024-09-02 12:45:30
Les microbes font partie de la nourriture que nous consommons et peuvent influencer notre propre microbiote (l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans notre corps). Cependant, malgré leur importance, on sait très peu de choses sur les microbes présents dans notre alimentation. Aujourd’hui, une équipe internationale de chercheurs a créé une base de données du microbiome alimentaire en analysant les métagénomes (terme qui désigne l’ensemble du matériel génétique de l’ensemble des micro-organismes d’un environnement) de centaines d’aliments.
L’équipe est composée, entre autres, de Niccolò Carlino, de l’Université de Trente en Italie, Paul Cotter, de l’agence publique irlandaise Teagasc pour l’agriculture et l’alimentation, et Abelardo Margolles, de l’Institut des produits laitiers des Asturies (IPLA). dépendant du Conseil de l’Institut Supérieur de Recherche Scientifique (CSIC) en Espagne. Des chercheurs de l’Université Federico II de Naples (Italie), de l’Université de León (Espagne), de MATIS (Islande) et de la FFoQSI (Autriche), entre autres entités, y ont également participé.
L’équipe a identifié 10 899 microbes associés à l’alimentation, dont la moitié étaient des espèces inconnues, et a montré que les microbes associés à l’alimentation expliquent 3 % du microbiome intestinal de l’adulte et 56 % du microbiome intestinal de l’enfant.
Cette nouvelle ressource nous permet d’identifier et de contrôler les micro-organismes indésirables, d’étudier le mouvement des microbes tout au long de la chaîne alimentaire et la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques, en plus d’améliorer les attributs sains des aliments, entre autres applications.
Cette base de données, appelée CFMD (Curated Food Metagenomic Database), est le résultat de la plus grande étude sur les microbiomes alimentaires réalisée à ce jour, et est en accès libre pour faciliter son application à grande échelle par le monde universitaire et industriel.
«Cette ressource marquera une étape importante dans la recherche en microbiologie alimentaire», déclare Abelardo Margolles. Des chercheurs de trois autres centres du CSIC ont également participé au consortium MASTER : la Station Expérimentale El Zaidín (EEZ), l’Institut de Recherche en Sciences de l’Alimentation (CIAL, un centre commun du CSIC et de l’Université Autonome de Madrid (UAM. )) et l’Institut d’agrochimie et de technologie alimentaire (IATA).
« Cette ressource aidera les chercheurs à relever des défis qui étaient jusqu’à présent très difficiles à relever en raison de la rareté des métagénomes alimentaires disponibles dans les bases de données. »
“Les microbes alimentaires peuvent avoir à la fois un impact positif sur la production alimentaire – par exemple, via sa fermentation – et un impact négatif – sur sa détérioration ou son implication dans la transmission de maladies”, explique Margolles.
« Traditionnellement, les micro-organismes alimentaires étaient étudiés en les cultivant dans des bouillons ou des boîtes de Pétri, mais ce processus est lent et tous les microbes ne sont pas cultivables », ajoute-t-il.
Désormais, la base de données CFMD permet d’analyser rapidement et précisément les données du métagénome alimentaire, basées sur le séquençage de l’ADN.
La base de données CFMD est le résultat des travaux du consortium international MASTER, qui a analysé plus de 2 500 métagénomes associés à l’alimentation provenant de 50 pays, dont 1 950 métagénomes séquencés pour la première fois. Il contient des données sur 3 600 espèces microbiennes, dont plus de 200 nouvelles espèces.
« Environ les deux tiers des échantillons concernaient des produits laitiers et les installations dans lesquelles ils sont fabriqués ; et les boissons et viandes fermentées, entre autres aliments, ont également été analysées », explique Margolles.
Un bon nombre des échantillons d’aliments analysés provenaient d’usines de fabrication de fromage. (Photo : Teagasc. CC BY-SA)
Identité microbienne des fromages artisanaux
Les travaux du CSIC se sont concentrés sur l’analyse des fromages artisanaux asturiens. « Les environnements de 28 fromageries appartenant à l’Association des Artisans Fromagers de la Principauté des Asturies ont été analysés et il a été prouvé que les fromages de chaque installation ont des caractéristiques uniques », révèle Margolles.
“C’est important car la spécificité et la qualité des aliments locaux pourraient être associées à leur microbiome, et cela permet même d’utiliser le métagénome comme marqueur de l’authenticité alimentaire, représentant un outil puissant pour garantir sa traçabilité et son origine”, conclut-il. .
La nouvelle base de données a été présentée publiquement dans la revue académique Cell, sous le titre « Diversité microbienne inexplorée à partir de 2 500 métagénomes alimentaires et liens avec le microbiome humain ». (Source : SCCI)
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