Candida auris et la menace des champignons résistants aux médicaments

JUne semaine seulement après la finale de la saison de l’émission HBO “The Last of Us”, sur une apocalypse zombie causée par une infection fongique, les Centers for Disease Control and Prevention émis un avertissement sur la propagation de Candida auris dans les établissements de santé américains. Vingt-sept États et Washington, DC ont signalé des cas d’infection fongique mortelle qui souvent ne répond pas aux médicaments antifongiques courants, avec sud du Nevada émergeant comme point chaud d’infections. Les cas cliniques augmentent chaque année depuis rendu public pour la première fois en 2016, avec 2 377 signalés en 2022, et le CDC Remarques que sur la base d’informations limitées, 30 à 60% des personnes infectées par C. auris sont décédées. C. auris infecte les personnes dont le système immunitaire est déjà affaibli en raison d’autres problèmes de santé. Il est donc difficile de déterminer le nombre précis de décès spécifiquement attribuables à C. auris lui-même.

L’épidémie de C. auris est alarmante. Mais le problème qu’il met en évidence est encore plus effrayant : nous ne prenons pas les mesures appropriées pour surveiller, suivre et arrêter les pathogènes fongiques qui peuvent infecter les gens et résister aux traitements actuels.

Pendant des millénaires, les champignons ont évolué pour survivre dans l’environnement naturel et n’ont causé que rarement des infections graves chez l’homme. Cependant, depuis les années 1980, nous avons constaté une augmentation marquée des infections fongiques, y compris l’émergence d’espèces et de souches nouvellement reconnues qui sont résistantes à nos meilleurs médicaments antifongiques. Selon Tom Chiller, chef adjoint de la branche des maladies mycotiques au CDC, il y a environ 300 agents pathogènes fongiques qui peuvent actuellement infecter les humains, une petite partie des quelque 5 millions d’espèces fongiques présentes dans notre environnement. Mais plus peut arriver : à mesure que notre environnement change, ce réservoir massif de champignons peut s’adapter, se propager et potentiellement infecter les humains.

Contrairement à “The Last of Us”, il n’y aura pas de zombies. Mais un système de santé sous pression et une mortalité accrue des patients sont extrêmement possibles, voire probables. Et le pire scénario est qu’un nouveau pathogène fongique émerge, infecte des personnes en bonne santé à grande échelle et résiste à nos options de traitement limitées.

La bonne nouvelle est qu’il est encore temps pour les décideurs politiques et les agences gouvernementales d’atténuer le risque d’agents pathogènes résistants aux antifongiques.

La première lacune à combler est la surveillance des agents pathogènes fongiques qui infectent actuellement les gens et ceux qui pourraient l’être à l’avenir. Par exemple, des estimations montrent que les infections invasives dues à Aspergillus, un pathogène fongique qui infecte les gens lorsqu’ils respirent ses spores de l’environnement, provoquent 15 000 hospitalisations et 800 décès par an aux États-Unis. Chiller note que les vrais chiffres sont probablement bien plus hautmais nous n’avons tout simplement pas de systèmes en place pour mesurer avec précision l’impact d’Aspergillus.

Le deuxième problème à résoudre est la surutilisation des antifongiques actuels. Il n’y a que trois classes principales d’antifongiques utilisées pour traiter les infections fongiques invasives chez l’homme, contre au moins 12 classes d’antibiotiques médicalement importants utilisés pour traiter les infections bactériennes. Plus vous utilisez d’antifongiques, plus vous stimulez l’évolution des pathogènes fongiques qui résistent à ces médicaments. La plupart des gens connaissent le pied d’athlète ou les infections à levures qui nécessitent un traitement avec des antifongiques. Une mauvaise utilisation des antifongiques en médecine humaine, y compris le fait de ne pas terminer tout le traitement ou de prendre une dose trop faible, peut entraîner une résistance.

Ce que la plupart des gens ne réalisent pas, c’est que les antifongiques sont de plus en plus surutilisés dans l’agriculture végétale – la production de tulipes aux Pays-Bas fournit un récit édifiant. Il n’y a pas si longtemps, les professionnels de la santé néerlandais ont commencé à voir des patients atteints d’infections à Aspergillus fumigatus qui ne répondaient pas au médicament antifongique généralement utilisé pour les traiter. Les chercheurs ont finalement lié des souches résistantes d’Aspergillus à des fermes de tulipes, où les agriculteurs utilisaient largement des antifongiques comme pesticides, autrement connus sous le nom de fongicides. Cette surutilisation a engendré des souches mortelles d’Aspergillus résistantes aux médicaments qui peuvent dériver sur le vent des fermes de tulipes aux humains. Ce qui est terrifiant avec ces champignons, c’est qu’ils tuent quatre personnes sur cinq qu’ils infectent.

L’Agence de protection de l’environnement a autorisé utilisation de fongicide sur des cultures comme les vergers, le blé et le soja pendant des décennies pour prévenir ou atténuer la détérioration des fruits et des cultures. D’une part, nous n’avons pas vu le même genre d’augmentation pénible des infections résistantes aux antifongiques qui s’est produite aux Pays-Bas à cause de l’utilisation excessive de fongicides dans les fermes de tulipes. D’un autre côté, nous ne cherchons pas si difficile à trouver une éventuelle augmentation même si l’utilisation de fongicides dans l’agriculture a explosé ces dernières années. Selon les données de la Californie, le seul État qui dispose de telles informations, les triazoles, une classe critique d’antifongiques en médecine humaine, sont utilisés à un rythme 20 fois supérieur dans la production alimentaire par rapport à l’utilisation non alimentaire.

Il existe également de graves problèmes de communication entre les agences chargées de réglementer et d’évaluer l’utilisation des antifongiques en médecine humaine et en agriculture. Alors que le CDC s’inquiète de la surutilisation des antifongiques, l’EPA continue d’approuver l’utilisation élargie des fongicides dans l’agriculture. Par exemple, l’EPA a récemment approuvé le fongicide ipflufenoquin pour une utilisation sur les fruits à pépins même s’il a le même mode d’action sous le nom d’olorofim, un nouvel antifongique en cours de développement pour une utilisation chez l’homme. C’est une recette pour un désastre, où l’efficacité d’un médicament humain critique est minée par l’utilisation agricole avant même qu’il ne soit utilisé pour traiter les gens.

Dans un premier temps, l’EPA devrait retirer son approbation de l’ipflufenoquin pour une utilisation en agriculture. Et les décideurs politiques devraient limiter l’utilisation de tout nouvel antifongique à la médecine humaine. Cela aidera à garantir que lorsque de nouveaux agents pathogènes fongiques apparaîtront, nous aurons les outils dont nous avons besoin pour assurer la sécurité des personnes. Nous sommes loin des scènes dystopiques de “The Last of Us”, mais sans action rapide pour maintenir l’efficacité des antifongiques, nous sommes confrontés à un avenir sombre.

Matthew Wellington est le directeur des campagnes de santé publique du PIRG. Lance Price est directeur du Centre d’action sur la résistance aux antibiotiques de la George Washington University Milken Institute School of Public Health.