Au cours des dix dernières années, les scientifiques ont rassemblé de nombreuses informations sur les cellules individuelles de notre corps, étudiant leur fonctionnement et leur évolution au fur et à mesure de notre croissance. Des groupes de chercheurs du monde entier, comme le Human Cell Atlas, tentent de créer une carte standard de tous les différents types de cellules du corps humain.
Cependant, ils ont besoin d’aide auprès des différents laboratoires qui utilisent les noms de ces cellules, ce qui peut les confondre. Pour y parvenir, un effort est en cours, appelé base de données Cell Ontology, qui tente de créer une manière standard de nommer les types de cellules que tout le monde peut utiliser.
Des chercheurs du Wellcome Sanger Institute, de l’Université de Cambridge, de l’Institut européen de bioinformatique de l’EMBL (EMBL-EBI) et des collaborateurs ont développé l’outil appelé CellHint. CellHint utilise l’apprentissage automatique pour unifier les données produites dans le monde entier, permettant ainsi à la communauté de recherche plus large d’y accéder, ce qui pourrait potentiellement conduire à des découvertes.
Dans une nouvelle étude, les chercheurs ont utilisé CellHint pour révéler des liens sous-explorés entre les états des cellules pulmonaires saines et malades. Les chercheurs ont utilisé CellHint pour étudier huit maladies, dont la maladie pulmonaire obstructive interstitielle et chronique, démontrant ainsi les avantages potentiels de l’outil. De plus, ils ont appliqué CellHint à 12 tissus provenant de 38 ensembles de données, créant ainsi une base de données complète sur les tissus croisés contenant environ 3,7 millions de cellules.
CellHint est accessible gratuitement dans le monde entier et fait partie de l’initiative Human Cell Atlas, qui vise à cartographier chaque type de cellule du corps humain pour améliorer notre compréhension de la santé et de la maladie.
Types de cellules unifiés CellHint produits par des laboratoires indépendants. Ils ont ensuite placé les données dans un graphique défini montrant les relations entre les sous-types de cellules, donnant ainsi une image complète de toutes les cellules identifiées dans différents ensembles de données.
Les scientifiques ont utilisé CellHint pour étudier les liens entre les états des cellules pulmonaires saines et malades dans huit maladies différentes, découvrant ainsi de nouvelles relations. Ils ont également identifié des types de cellules spécifiques dans l’hippocampe humain adulte qui pourraient être importants pour de futures recherches.
De plus, ils ont appliqué CellHint à 12 tissus provenant de 38 ensembles de données, créant ainsi une base de données complète sur les tissus croisés contenant environ 3,7 millions de cellules. Chaque cellule a été étiquetée avec des informations spécifiques grâce à un processus appelé annotation. Les chercheurs ont démontré comment CellHint peut générer divers modèles pour annoter automatiquement les cellules de différents tissus humains.
Référence du journal :
- C. Xu, M. Prete, S. Webb et al. (2023) Harmonisation et intégration automatiques des types de cellules dans les ensembles de données de l’Atlas des cellules humaines. Cellule. EST CE QUE JE: 10.1016/j.cell.2023.11.026
2023-12-25 11:09:29
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