Le VIH attaque le système immunitaire de son hôte, y compris le tractus gastro-intestinal (GI), provoquant des dommages cellulaires, une translocation microbienne et une inflammation. Le tractus gastro-intestinal est également connu pour être une source de rebond viral du VIH après l’arrêt d’un traitement antirétroviral (ART) par un patient.
L’étude
Une nouvelle étude, partagée lors de la récente 30e conférence sur les rétrovirus et les infections opportunistes (CROI 2023), a étudié la dynamique du VIH entre les réservoirs tissulaires. Les chercheurs ont évalué les biomarqueurs, les caractéristiques du réservoir viral et la composition du microbiome associés à la dynamique virale du VIH.
La population étudiée comprenait 8 participants, recrutés dans la cohorte Last Gift. Les participants étaient presque tous des hommes (n = 7) et blancs/caucasiens (n = 7).
Les méthodes
Les chercheurs ont effectué un séquençage du génome unique de l’enveloppe complète du VIH chez tous les participants et mesuré les niveaux d’ADN du VIH via une PCR numérique en gouttelettes (dd) dans 33 tissus uniques (10 à 25 par participant).
À l’aide de ces modèles, les chercheurs ont déduit la dynamique du VIH, ou le nombre d’événements de migration estimés, entre les tissus échantillonnés. Ils ont mesuré un panel de 44 cytokines perimortem dans le plasma sanguin.
Le microbiome a été caractérisé par les tissus gastro-intestinaux, en utilisant le séquençage de l’ADNr 16S. Les chercheurs ont utilisé des modèles hiérarchiques bayésiens pour déterminer l’association de la migration virale entre les tissus avec (1) les caractéristiques du réservoir du VIH, (2) la composition du microbiome et (3) les biomarqueurs solubles. Ces modèles comprenaient des prédicteurs des tissus source et receveur, si les tissus sont dans le même système biologique, et des effets au niveau de l’hôte et du tissu.
Les résultats
Les analyses bayésiennes des traits discrets (DTA) ont révélé que la migration virale dans, depuis ou vers les tissus gastro-intestinaux était associée à des marqueurs plus élevés d’inflammation et d’homéostasie. La migration virale liée aux tissus gastro-intestinaux était également corrélée à des taux sanguins inférieurs d’ICAM1, un régulateur de la réponse inflammatoire cellulaire.
Le DTA a montré de fortes associations entre une distance génétique plus faible entre les populations virales sur des sites anatomiques et une migration virale accrue entre les sites. Parmi les tissus gastro-intestinaux, la diversité virale dans les tissus source et receveur était également positivement corrélée à la migration virale.
Dans le microbiome intestinal, les chercheurs ont déterminé qu’il existait un autre marqueur d’inflammation dans l’association positive entre la migration virale et l’abondance de Fusobactéries dans le tissu source et d’Actinobactéries dans le tissu receveur.
Les Conclusions
Les enquêteurs ont déterminé que leur étude affirmait l’impact de la composition du réservoir du VIH sur la dynamique virale. “Nous avons montré que l’inflammation systémique et l’environnement microbien de l’intestin avaient également un impact sur la dynamique du VIH”, ont conclu les auteurs de l’étude. “Notre approche fournit un moyen robuste d’évaluer les marchés au niveau de l’hôte et des tissus associés à la dispersion directionnelle du VIH au sein de l’hôte”.
