2024-02-02 17:00:40
Un nouveau variant du Sars-Cov-2 fait son apparition sur la scène internationale. Il a été découvert en Afrique du Sud par le même groupe de scientifiques qui a détecté Omicron pour la première fois et a déjà été identifié sous l’acronyme Ba.2.87.1. Il s’agit d’une variante hypermutée : elle présente en effet plus de 100 mutations, dont plus de 30 dans la protéine Spike, soulignent les experts en X.
La nouvelle lignée
“8 génomes d’une nouvelle lignée du Sars-CoV-2, avec plus de 100 mutations, ont été déposés depuis l’Afrique du Sud. Il s’agit probablement de la lignée la plus divergente identifiée cette année”, explique-t-il. Tulio de Oliveira, directeur du Centre pour la réponse aux épidémies et l’innovation de l’Université de Stellenbosch, qui l’a identifié. Le chercheur illustre quelques caractéristiques principales de la nouvelle lignée, initialement baptisée Ba.2.X. La variante a été détectée entre la mi-septembre et la mi-novembre 2023 : « elle est génétiquement distincte des lignées Omicron actuellement en circulation (en particulier BA.2.86 et JN.1) – écrit de Oliveira – et la première analyse suggère qu’elle est probablement issue de Ba .2 ou du nœud basal d’Omicron”.
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par Tina Simoniello
Comment est-il né ? “L’hypothèse la plus plausible, comme dans le cas du Ba.2.86, serait une infection chronique suivie d’une transmission dans la population, dans laquelle elle circulait sans être détectée. Cependant, on ne peut pas non plus exclure l’hypothèse d’un réservoir animal”, explique l” expert.
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En Afrique du Sud, les infections restent faibles
“Le degré de transmissibilité et la pathogénicité sont encore inconnus – continue de Oliveira – Pour déterminer l’étendue de cette nouvelle lignée, l’Afrique du Sud a augmenté la surveillance génomique, et pour le moment il y a très peu de signes qu’elle se propage à grande échelle et puisse remplacer l’actuelle variante dominante JN.1”. Ba.2.87.1 n’est pas une préoccupation pour l’instant. En Afrique du Sud, où il a été découvert et circule depuis un certain temps déjà, les infections restent faibles. Par ailleurs, “les analyses préliminaires indiquent que Ba.2.87.1 est moins immunoévasif que Jn.1. Il doit produire des mutations supplémentaires pour rester compétitif”, note Raj Rajnarayananchercheur Nyitcom et professeur agrégé à l’Université de l’Arkansas.
Un variant à garder sous contrôle
Mais il est toujours bon de rester sur ses gardes. Le nouveau variant “fait toujours partie de la famille Omicron et semble dériver du Ba.2, il faut absolument le surveiller et le garder sous contrôle. Nous espérons qu’il ne deviendra pas répandu”, explique l’épidémiologiste. Massimo Ciccozzi. Le centre De Oliveira, celui-là même qui a repris Omicron, est “un centre de surveillance génomique très important en Afrique du Sud, peut-être le plus important au monde”, ajoute Ciccozzi.
Selon l’expert, Ba.2.87.1 “est une variante intéressante car elle présente de nombreuses mutations, plus de 100, mais ce qui est frappant, c’est que sur cette centaine, au moins 32 semblent être sur la protéine Spike”, la clé qui permet l’entrée des virus dans les cellules. “Non seulement cela. Ce sont des mutations non synonymes – explique Ciccozzi – c’est-à-dire qu’il y a le remplacement d’un acide aminé par un autre totalement différent. Cela indique une évolution importante du virus. De plus, la variante présente 7 délétions, donc précisément les morceaux du virus : 3 sont sur la protéine Spike et 2 de ces 3 ont au moins une délétion de 10 acides aminés importants sur le segment qui sert à la reconnaissance des anticorps. Cela fait aussi partie de l’évolution du virus, qui sacrifie une partie d’elle-même afin d’échapper au système immunitaire. Les délétions sont donc extrêmement plus importantes que même les mutations non synonymes. En bref, la nouvelle lignée du Sars-Cov-2 doit être surveillée et maintenue sous contrôle.
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