De l’analogie foireuse et de l’opposition entre virulence et transmissibilité des virus

Résumé Ce journal est une réponse au journal de papap. Au départ, j’avais commencé par écrire un commentaire. Mais vue la taille du commentaire, il a fini par me sembler plus pertinent d’en faire un journal autonome. Et puis, vu le titre du journal, c’était le moins que je puisse faire ! De l’analogie foireuse Il y a effectivement, en surface, une analogie entre virus informatiques et biologiques. Elle disparaît dès qu’on gratte un peu le vernis. La première différence, fondamentale, tient à leur mode de génération. Les virus informatique relèvent de l’design intelligent : écrits par un humain dans un but précis, capable de se transmettre sans aucune mutation, ils sont d’emblée optimaux dans ce but, qui n’est pas la reproduction mais l’atteinte du but fixé (qui peut inclure la reproduction, mais s’y limite rarement). À l’inverse, les virus biologiques sont issus de l’évolution darwinienne. Dépourvus de tout but même la reproduction, ils n’ont pas d’intentionnalité. IL se trouve que les virus optimaux pour la reproduction ont tendance à prédominer, mais ce n’est pas le résultat d’une action consciente et encore moins volontaire. D’ailleurs, même cette prédominance subit des contraintes : je t’invite à te renseigner sur la dérive génétique et la notion de paysage adaptatif. Par ailleurs, les virus biologiques évoluent dans un environnement qui n’a aucun équivalent informatique : celui d’espèces animales et végétales multiples. Le franchissement de barrière d’espèce n’a pas d’équivalent informatique (ou alors il est pensé et anticipé par l’auteur du virus, ce qui fait une sacrée différence). Enfin, là où le comportement d’un virus informatique, une fois franchie la barrière de l’antivirus, est déterministe, celui d’un virus biologique est variable en fonction de l’hôte et notamment de son immunité. La seule raison pour laquelle l’herpès ne nous tue pas, c’est que nous avons un système immunitaire efficace. Mais un nouveau-né ou un malade du SIDA peuvent tout à fait mourir d’un herpès. De l’opposition entre virulence et transmissibilité Or qu’apprend-on en les étudiant ?Et bien, que plus un virus est virulent moins il se reproduit et réciproquement. En effet, si un virus détruit son hôte, il ne peut plus se reproduire. C’est souvent vrai, mais c’est loin d’être une règle absolue. Prends en exemple le virus de la rage : ce virus se transmet par la salive. Il pourrait faire comme les herpèsvirus et attendre gentiment qu’on se fasse des bisous, mais il est plus efficace d’être transmis par une morsure. Ce virus va donc rendre son hôte particulièrement agressif et/ou sociable (voire sociable puis agressif), ce qui l’encourage à mordre et donc à transmettre la rage. Inconvénient de cette stratégie : l’animal infecté meurt à tous les coups de l’encéphalite. Mais il a transmis la rage bien plus efficacement que sans encéphalite, vu qu’il se serait probablement de toute façon fait dégager par le système immunitaire en quelques semaines.On peut aussi parler du VIH : sans traitement, il est mortel à tous les coups. Mais il met suffisamment de temps à tuer pour se transmettre dans l’intervalle.Ou alors, tu as l’hépatite B. Dans l’hépatite B, ce n’est pas le virus qui te tue : c’est ton propre système immunitaire qui surréagit et détruit ton foie. Comme on ne saurait vivre sans foie, c’est assez fréquemment mortel. Point intéressant : si ton système immunitaire ne réagit pas, tu survis et tu fais une hépatite B chronique (en général, ça se finit en cancer après avoir contaminé tous tes partenaires sexuels. L’hépatite B, c’est moche et il n’y a pas de traitement. Vaccinez-vous). Une stratégie1 possible, pour un virus, consiste non pas à rendre contagieux longtemps, mais à rendre très contagieux sur un temps court. Pour ce faire, il faut se répliquer considérablement (en bon langage médical, on parle de charge virale élevée), quitte à casser quelques trucs au passage. C’est le cas de la rougeole ou de la grippe. Ces infections sont très contagieuses et elles tuent toutes les deux environ une personne sur 1000. Noter toutefois que la grippe se contente généralement d’accélérer un décès qui allait survenir sous peu, tandis que la rougeole tue plutôt des enfants (elle peut tuer n’importe qui, mais elle est tellement contagieuse que si on n’est pas vacciné, on la rencontre tôt dans la vie). Les deux tuent volontiers des femmes enceintes, parce que quand on est enceinte, l’immunité se met en standby pour ne pas attaquer le fœtus. C’est aussi la stratégie d’une maladie dont tu ne savais même pas qu’elle existait, parce qu’elle n’existe plus : la variole. Mais les antivax n’aiment pas qu’on leur rappelle la variole, parce que ça les force à se confronter à l’un des plus grands échecs de la non-vaccination.Cette stratégie a été observée à l’échelle des variants du Covid : le variant Delta était à la fois plus contagieux et plus virulent que ses prédécesseurs. De la confusion entre “intérêt du virus” et réalité des faits Supposer une intentionnalité à un virus ou à la sélection naturelle amène naturellement à croire que le virus agit dans son propre intérêt, et à attribuer une rapidité excessive à la sélection naturelle. Or, ce n’est pas ce qui arrive. Même en supposant que le virus a intérêt à ne pas être trop virulent (ce qui, on l’a vu, n’est pas toujours vrai), ceci ne permet de tirer de conclusions qu’une fois atteint un état d’équilibre entre virus et hôte. Or, le Sars-CoV-2 est un organisme dont nous avons assisté à l’émergence. Il n’y a aucune raison de le considérer d’emblée comme à l’équilibre, et d’ailleurs, il s’est avéré assez méchant au départ (probablement aussi parce que seuls les malades les plus évidents, donc les plus graves, ont été testés). De plus, il se peut tout à fait qu’un virus n’atteigne jamais l’équilibre : on a au moins un cas décrit d’agent infectieux qui s’est auto-éradiqué en éradiquant son espèce hôte. On n’en trouve pas tous les 4 matins parce que les virus ne laissent pas de traces fossiles (ni les agents infectieux en général). Du caractère complètement hors-sujet de la question Tu nous parles de virulence, mais tu ne nous donnes aucun chiffre. C’est pourtant pas bien compliqué, ils sont disponibles sur le site de Santé Publique France : le Covid, c’est 167642 décès en France au moment où je rédige ce journal. Note
#Des #virus #des #virus
2023-09-29 00:07:28