Des milliers d’arbovirus et de flavivirus uniques identifiés à partir d’échantillons collectés entre 1954 et 2018

L’Institut Evandro Chagas (IEC) a isolé (entièrement ou partiellement) et classifié des données virologiques et sérologiques depuis plus de 80 ans. Environ 200 types d’arbovirus (agents pathogènes humains) ont été isolés et classés par l’IEC, dont certains n’ont pas été classés taxonomiquement.

Les similitudes dans les symptômes et la ressemblance antigénique causées par les arbovirus compliquent leur diagnostic en laboratoire. De plus, l’urbanisation désordonnée et l’accumulation des ordures favorisent l’augmentation des arbovirus vecteurs, ce qui entraîne l’émergence et la réémergence de maladies, notamment par Flavivirus et Alphavirus.

Un article récent paru dans la revue Virus présente les virus encéphalitogènes enregistrés au Service d’Arbovirologie et des Fièvres Hémorragiques (SAARB) de l’IEC au cours des six dernières décennies.

Étude: Isolement des flavivirus et des alphavirus à potentiel encéphalitogène diagnostiqués par l’Institut Evandro Chagas (Pará, Brésil) au cours de la période 1954-2022 : six décennies de découvertes. Crédit d’image : angellodeco/Shutterstock.com

Arrière-plan

Un large éventail d’infections a été associé aux infections à arbovirus, telles que les maladies fébriles légères, les fièvres hémorragiques et les symptômes neurologiques.

Les arbovirus sont des virus maintenus dans la nature par transmission biologique entre hôtes vertébrés sensibles et arthropodes hématophages, ou entre hôtes arthropodes par voie transovarienne et/ou vénérienne. Ils sont capables de se reproduire dans des hôtes vertébrés, de se multiplier dans des tissus d’arthropodes et d’être transmis à de nouveaux vertébrés sensibles par des piqûres d’arthropodes après une période d’incubation extrinsèque ».

A l’heure actuelle, sept familles virales d’arbovirus, dont Asfaviridae, Rhabdoviridae, Flaviviridés, Phenuiviridae, Sedoreoviridae, Togaviridaeet Péribunyaviridae se sont avérés capables d’infecter les humains et les animaux. Parmi ceux-ci, le virus West Nile (WNV), le virus Chikungunya (CHIKV), le virus Dengue (DENV), le virus Rocio (ROCV) et le virus Zika (ZIKV) sont des virus neuroinvasifs à fort intérêt épidémiologique au Brésil.

Le genre Alphavirus de la Togaviridae la famille comprend 32 virus, dont le CHIKV, le virus de l’encéphalite équine orientales (EEEV) et le virus de l’encéphalite équine occidentale (WEEV), qui sont tous extrêmement importants pour la santé publique.

Les alphavirus sont des virus à ARN monocaténaire de sens positif qui contiennent une enveloppe de capside icosaédrique. Ces virus sont transmis par les moustiques, les tiques, les punaises de lit et les poux. Ces virus sont également transmis par des hôtes vertébrés, tels que les primates non humains, les humains, les oiseaux, les rongeurs et les porcs.

Le genre Flavivirus appartient à la famille Flaviviridés et est composé de 53 virus, dont le Jvirus de l’encéphalite apanaise (JEV), WNV, ZIKV et DENV. Ces virus contiennent également un génome à ARN de sens positif avec une structure symétrique icosaédrique. Flavivirus sont transmis par cycles entre vecteurs et hôtes vertébrés.

À propos de l’étude

Le Laboratoire d’Isolement Viral/SAARB/IEC possède ses propres lignées cellulaires Vero et C6/36 qui ont été systématiquement étudiées entre 1954 et 2009. Entre 1999 et 2018, ces cellules ont été utilisées pour isoler Flavivirus et Alphavirus à partir d’échantillons humains.

Un grand nombre de Flavivirus isolats ont été obtenus de la région nord du pays, alors que Alphavirus des isolats ont été obtenus d’États de la région du Nord-Est.

En plus d’isoler des virus à partir de cultures cellulaires, des virus à potentiel encéphalitogène ont été isolés à partir de souris et de moustiques infectés. Au total, 1 347 échantillons d’arbovirus à potentiel encéphalitogène ont été isolés de souris, dont 639 Flavivirus et 708 étaient Alphavirus étaient isolés.

Ces échantillons viraux étaient répartis géographiquement dans l’État du Pará et dans d’autres États de la fédération brésilienne, comme Aripuanã (État du Mato Grosso), Serra do Navio-ICOMI (État d’Amapá), Boca do Acre (État d’Acre), Macapá (État du Amapá), État de Tocantins, Macapá (État d’Amapá). Dans la région nord du Brésil, en particulier dans l’État du Pará, Flavivirus ont été isolés des tatous et des paresseux, tandis que Alphavirus ont été trouvés chez les tiques et les chevaux.

Un total de sept Alphavirus et quatre Flavivirus ont été partiellement identifiés. Environ 293 virus isolés appartenaient à la famille Picornaviridae, Arenaviridae, Flaviviridae, Togaviridae, Sedoreoviridae, Rhabdoviridae, et Péribuniviridae Certains virus, tels que le virus Cajazeira, le virus Cantá, le virus Uruara, le virus Iriri, le virus Marajo, le virus Galibi, le virus Codajas, le virus Tracambe et le virus Orange, ont été partiellement identifiés et ont une pathogenèse inconnue.

La méthode par laquelle Flavivirus et Alphavirus ont été isolés de souris en utilisant des moustiques comme modèle animal d’origine a été pratiqué par l’IEC de 1966 à 2012. Cette méthode d’isolement a été rétablie en 2018, utilisant exclusivement la culture cellulaire C6/36.

conclusion

L’étude actuelle a mis en évidence le besoin urgent de lutter contre la dégradation des forêts, qui influence la propagation des maladies transmises par les arthropodes. L’adaptation des arthropodes en milieu domestique augmente le risque de zoonoses émergentes ou ré-émergentes.

La population générale doit être encouragée à modifier les comportements qui pourraient prévenir la manifestation de la maladie. À l’heure actuelle, aucun vaccin n’est disponible pour la majorité des arbovirus; par conséquent, des mesures préventives fortes doivent être développées pour prévenir l’infection par les arbovirus.