Détecter les virus pathogènes à partir d’infections mal comprises via le métagénome

Éditorial Medicalfacts/ Janine Budding 16 mai 2023 – 23:35

Les cellules de notre corps abritent non seulement notre propre matériel héréditaire, mais aussi celui des virus qui les ont envahis. En analysant ce métagénome complet, il est possible d’identifier la cause d’une infection virale. Le LUMC est le premier aux Pays-Bas à disposer d’un laboratoire d’expertise qui effectue des analyses aussi complexes dans le cadre des soins aux patients. Ellen Carbo a perfectionné la technique. Elle recevra son doctorat sur ce sujet le 17 mai.

Ellen Carbo et Jutte de Vries

Chez les patients atteints d’une infection grave, il est important d’identifier le coupable afin de pouvoir initier un traitement adéquat. Les hôpitaux utilisent des tests standard pour déterminer s’il s’agit d’une infection bactérienne ou virale. Mais il arrive souvent qu’il ne soit jamais retrouvé. Jutte de Vries du LUMC s’est associé à des microbiologistes moléculaires médicaux et à des bioinformaticiens pour mettre en place une méthode permettant de détecter simultanément tous les virus possibles, y compris les nouveaux virus. Elle est virologue clinique au Département de microbiologie médicale et professeure associée au Centre des maladies infectieuses de l’Université de Leiden (LU-CID). En collaboration avec Ellen Carbo, candidate au doctorat et biologiste moléculaire/bioinformaticienne, elle a optimisé la technique pour cela et l’a adaptée au diagnostic des patients.

Logiciel de détection de virus

De Vries et Carbo utilisent le métagénome de patients extrait du sang ou du liquide céphalo-rachidien, par exemple, selon le tableau clinique. Ce métagénome est donc constitué non seulement du propre matériel génétique du patient, mais également de celui de bactéries et de virus que quelqu’un porte avec lui. Carbo : « Si vous séquencez le métagénome dans son intégralité, par lequel nous déterminons la séquence nucléotidique de l’ADN, vous pouvez également obtenir toutes les informations sur les virus présents. Nous utilisons des logiciels existants pour la détection de virus. Cela assemble les morceaux d’ADN de l’échantillon du patient et indique quel type de virus lui appartient à partir d’une base de données de tous les virus humains et animaux. À forte concentration, vous savez que le virus se multiplie fortement à ce moment-là et peut donc être la cause de l’infection. De Vries souligne que la technique a été encore affinée et rendue plus sensible. `Vous ne voulez pas avoir de faux négatifs et de faux positifs. Le test offre désormais une certitude de 90 à 95 %.

Échantillons nationaux et étrangers

Les hôpitaux savent désormais où trouver le laboratoire d’expertise du LUMC. Des échantillons de patients des Pays-Bas et de l’étranger viennent régulièrement à Leiden pour examiner le métagénome et déterminer le virus en cas d’infection mal comprise. De Vries dit que le test n’est désormais utilisé que dans ces cas. «La technique est encore trop coûteuse pour être appliquée à un stade précoce du diagnostic. Mais si cela devient moins cher et que le test est développé davantage – nous le faisons avec un réseau de séquençage au sein de la Société européenne de virologie clinique, dont le LUMC est la force motrice – je peux imaginer que cela deviendra plus accessible à l’avenir. Parfois, les tests standard exigent que les patients subissent de nombreux tests et l’agent pathogène n’est jamais trouvé. Notre test fournit une réponse définitive, également sur les nouveaux virus.

Source : LUMC

Éditorial Medicalfacts/ Janine Budding

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