Abstrait
La surveillance des eaux usées est utile pour surveiller la prévalence du virus de l’hépatite A (VHA). Nous avons développé et optimisé des méthodes de détection et de quantification du VHA pour les échantillons d’eaux usées et les avons appliquées aux échantillons collectés dans le cadre d’un programme national de surveillance des eaux usées. Des amorces et des sondes ciblant des régions non traduites identifiées précédemment ont été utilisées pour développer le test. Des dilutions en série d’échantillons cliniques positifs au VHA ont été utilisées pour valider et déterminer les limites de quantification (LOQ). Des tests rétrospectifs d’échantillons hebdomadaires d’eaux usées collectés dans le cadre du programme de surveillance des eaux usées du SRAS-CoV-2 sur 26 sites de Gauteng (d’août 2021 à mars 2024) ont été entrepris en utilisant une concentration basée sur l’ultrafiltration, et les acides nucléiques ont été extraits à l’aide du système de purification KingFisher Flex avec un kit d’isolation des eaux usées. Un test PCR numérique a été utilisé pour la détection et la quantification du VHA (en copies du génome/L). Les données cliniques de la base de données de surveillance du Service national des laboratoires de santé ont été comparées aux données sur les eaux usées, épidémiologiques hebdomadaires et par district, afin de déterminer les corrélations entre les ensembles de données. Sur la base des résultats de validation, une partition sur la plateforme de PCR numérique (dPCR) équivalait à une LOQ de 0,4 copies/L du génome. Au total, 2013 échantillons d’eaux usées ont été analysés, dont 349 étaient positifs pour le VHA (17,3 %), la majorité (304, 87,1 %) ayant la plus faible concentration de VHA (2,0-2,7 gc/L, 1-5 partitions), suivis par 20 échantillons (5,7 %) avec des concentrations de 2,8 à 3,0 gc/L (6 à 10 partitions). Le VHA a été détecté dans 17,1 % (241/1 170) des échantillons de Gauteng, et une corrélation de 26,1 % entre les IgM anti-VHA dans les échantillons cliniques et le VHA dans les échantillons d’eaux usées a été détectée. Nous avons développé et optimisé avec succès une méthode dPCR pour détecter et quantifier le VHA dans des échantillons d’eaux usées, et déterminé sa LOQ. Une analyse plus approfondie est nécessaire pour comparer les données sur les eaux usées avec les données de surveillance clinique afin de faciliter une interprétation appropriée des résultats.
Déclaration d’intérêts concurrents
Les auteurs n’ont déclaré aucun intérêt concurrent.
Déclaration de financement
Le bailleur de fonds : Fondation Bill et Melinda Gates (subvention (INV-049271) et (INV-050051) ; MY et KM étaient les chercheurs principaux. Les bailleurs de fonds n’ont joué aucun rôle dans la collecte et l’analyse des données, la décision de publication ou la préparation du manuscrit
Déclarations de l’auteur
Je confirme que toutes les directives éthiques pertinentes ont été suivies et que toutes les approbations nécessaires de l’IRB et/ou du comité d’éthique ont été obtenues.
Oui
Les détails de l’IRB/organisme de surveillance qui a accordé l’approbation ou l’exemption pour la recherche décrite sont indiqués ci-dessous :
Le NICD effectue toute la surveillance clinique de routine, y compris la surveillance NMC, dans le cadre d’un protocole examiné et approuvé par le comité d’éthique de la recherche humaine (HREC) de l’Université du Witwatersrand (HREC) M210752 et sous l’autorité légale de la loi nationale sur la santé (n° 61 de 2003). L’échantillonnage et les analyses des eaux usées ont été effectués à l’aide d’un système HREC (M230828). Le consentement éclairé n’était pas requis car nous avons utilisé uniquement des données anonymisées
Je confirme que tous les consentements nécessaires des patients/participants ont été obtenus et que les formulaires institutionnels appropriés ont été archivés, et que les identifiants des patients/participants/échantillons inclus n’étaient connus de personne (par exemple, le personnel hospitalier, les patients ou les participants eux-mêmes) en dehors de la recherche. groupe et ne peut donc pas être utilisé pour identifier des individus.
Oui
Je comprends que tous les essais cliniques et toute autre étude interventionnelle prospective doivent être enregistrés auprès d’un registre approuvé par l’ICMJE, tel que ClinicalTrials.gov. Je confirme que toute étude de ce type rapportée dans le manuscrit a été enregistrée et que l’ID d’enregistrement de l’essai est fourni (remarque : si vous publiez une étude prospective enregistrée rétrospectivement, veuillez fournir une déclaration dans le champ ID de l’essai expliquant pourquoi l’étude n’a pas été enregistrée à l’avance) .
Oui
J’ai suivi toutes les directives appropriées en matière de rapports de recherche, telles que toute liste de contrôle pertinente pour les rapports de recherche du Réseau ÉQUATEUR et tout autre document pertinent, le cas échéant.
Oui
Disponibilité des données
Toutes les données pertinentes se trouvent dans le manuscrit et ses fichiers d’informations complémentaires
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