Arrière-plan:
Les communautés microbiennes ont longtemps été soupçonnées d’influencer les processus inflammatoires dans le tractus gastro-intestinal des patients atteints de maladies inflammatoires de l’intestin. Cependant, ces effets sont souvent influencés par les traitements et peuvent rarement être analysés dans les cas d’apparition naïfs de traitement. Plus précisément, les différences microbiennes entre les pathologies des MICI dans les nouveaux cas ont rarement été étudiées et peuvent fournir de nouvelles informations sur la dynamique du microbiote dans la maladie de Crohn (MC) et la colite ulcéreuse (CU).
Méthodes :
Cinquante-six patients atteints de MICI naïfs de traitement (67,3 % de MC, 32,7 % de CU) et 97 contrôles sains ont été recrutés dans la population maltaise. Des échantillons de selles ont été prélevés après le diagnostic mais avant l’administration des traitements anti-inflammatoires. Les communautés microbiennes fécales ont été évaluées par séquençage du gène ARNr 16S et soumises à des analyses écologiques pour déterminer les différences spécifiques à la maladie entre les pathologies et les sous-types de maladie ou pour prédire les futures options de traitement.
Résultats:
Nous avons identifié des différences significatives dans la composition, la variabilité et la diversité de la communauté entre les individus en bonne santé et les individus malades, mais seulement peu ou pas de différences entre les cohortes de CU et de MC nouvellement diagnostiquées et naïves de traitement. Les analyses de réseau ont révélé un roulement massif des interactions bactériennes entre les communautés saines et malades, ainsi qu’entre les communautés CD et UC, comme des signes de changements spécifiques à la maladie de la dynamique communautaire. De plus, nous avons identifié des taxons et des caractéristiques communautaires servant de prédicteurs pour des traitements prospectifs.
Conclusion:
Les MICI non traitées et nouvellement diagnostiquées montrent des différences claires par rapport aux communautés microbiennes saines et un niveau élevé de perturbation, mais seule la perspective du réseau a révélé des différences entre les pathologies. En outre, le traitement futur des MII est dans une certaine mesure prévisible par les caractéristiques de la communauté microbienne.
Mots clés:
La maladie de Crohn; biomarqueur; maladie inflammatoire de l’intestin; microbiome ; naïf de traitement ; prédiction de traitement ; rectocolite hémorragique.
