Conception
Ce rapport était une étude rétrospective monocentrique. Nous rapportons notre expérience de l’utilisation des tests ATP lors du contrôle des épidémies d’infection. De plus, les isolats conservés des patients ont été analysés par WGS pour confirmer que les infections des patients étaient liées.
Participants
Les cas ont été définis comme des patients diagnostiqués avec S. marcescens BSI dans le service pour femmes enceintes à haut risque entre le 22 août et le 13 octobre 2021. La tranche d’âge était de 27 à 38 ans et la durée du séjour dans l’unité était de 17 à 29 ans. jours. (Tableau 1). Le patient index avait un début de maladie estimé au 22 août 2021 (Fig. 1). Un cas supplémentaire s’est produit pendant la période d’enquête sur l’épidémie. Au total, quatre cas de BSI ont été identifiés dans cette éclosion. Les BSI à S. marcescens survenues dans d’autres services au cours de la même période ont été exclues s’il n’y avait aucun mouvement de patients ou de personnel de santé.
Tableau 1 Résultats cliniques des patients atteints d’une infection sanguine à S. marcescensFig. 1
Durée d’hospitalisation et durée de l’infection sanguine à Serratia marcescens des patients. Les flèches représentent chaque date d’hémoculture. ATP, adénosine triphosphate
Les quatre patients ont été hospitalisés entre le 12 août et le 18 octobre 2021. Ils ont développé de la fièvre au moins 5 jours après l’hospitalisation (dans un intervalle de 5 à 21 jours), et S. marcescens a été confirmé dans l’hémoculture réalisée dans les 2 heures suivant la fièvre. début. (Tableau 1) Au total, 47 patients ont été hospitalisés dans le même service au cours de cette période. Sur les deux sections du service, l’épidémie s’est produite dans une seule section du service. Au total, 26 patients ont été hospitalisés dans la zone épidémique (Fig. 2).
Figure 2
Plan d’étage du service et ordre d’apparition des patients infectés. L’apparition de l’épidémie s’est produite dans un ordre séquentiel, en commençant par le patient initial A (cas index) et en progressant vers les patients suivants (B, C, D). Flèches : l’ordre et le chemin de propagation de l’infection
Paramètre
L’hôpital universitaire de Pusan à Yangsan compte 1 205 lits et est un hôpital universitaire tertiaire avec 42 000 admissions, représentant 309 000 jours-patients par an. En 2021, le service de contrôle des infections comptait neuf infirmières et deux médecins spécialistes des maladies infectieuses. Le service d’obstétrique dispose de sept lits pour la prise en charge des femmes enceintes à risque d’accouchement prématuré, comme celles souffrant d’hypertension gestationnelle, de contraction prématurée de l’utérus, de rupture prématurée. des membranes et un travail prématuré.
Le service est divisé en deux sections composées de trois et quatre lits (Fig. 2). L’épidémie s’est limitée à un seul district. En moyenne, 18 patients sont hospitalisés par mois dans le service (1 942 jours-patients dans le service par an). Un médecin était de garde de 9h00 à 18h00 et était supervisé par un membre du corps professoral. Un médecin de garde était disponible en dehors des heures de bureau. Les infirmières travaillaient en trois équipes, avec une infirmière affectée à chaque équipe.
La population de patients du service d’obstétrique pour femmes enceintes à haut risque diffère de celle des autres services généraux pour adultes de notre hôpital. Premièrement, la population est limitée aux femmes enceintes. Deuxièmement, aucune des patientes n’avait reçu de soins de santé à long terme avant de souffrir d’une maladie liée à la grossesse. Troisièmement, la fréquence des cathéters centraux et des cathéters à demeure est très faible et les ventilateurs ne sont pas utilisés dans le service. De 2018 à juin 2022, l’incidence mensuelle moyenne du BSI était de 0,77 % parmi le total des patients hospitalisés dans ce service. En revanche, lors de la seule épidémie de S. marcescens, le taux de BSI était de 8,51 %. Aucune infection par Acinetobacter baumannii ou Pseudomonas aeruginosa multirésistante ni par Enterocacteriaceae résistantes aux carbapénèmes n’a été signalée au cours de cette période. (Matériel supplémentaire 1).
Les femmes enceintes hospitalisées dans ce service ont reçu des injections intraveineuses et les examens nécessaires en fonction de l’état de la patiente. La plupart des injections ont été administrées par voie veineuse périphérique. L’atosiban, le sulfate de magnésium ou la ritodrine étaient les injectables les plus utilisés dans le service. Dans la pratique courante, des tests de non-stress (NST) étaient effectués deux fois par jour et des échographies une fois toutes les 1 à 2 semaines. Si la longueur cervicale de la patiente était courte, des échographies transvaginales étaient réalisées environ deux fois par semaine.
Reconnaissance des épidémies
Le 5 octobre 2021, le service de prévention des infections du centre d’études a reçu un rapport concernant trois cas consécutifs d’infection sanguine à S. marcescens (BSI) dans le service d’obstétrique. Depuis 2015, aucune épidémie de S. marcescens n’a été signalée à l’hôpital. Aucune autre épidémie causée par d’autres bactéries dans le service d’obstétrique n’a été confirmée.
Après avoir reconnu l’épidémie, le service de microbiologie clinique a demandé la préservation des isolats de S. marcescens disponibles auprès des patients pour effectuer le WGS. En outre, une enquête sur place a été planifiée en consultation avec le personnel médical du service.
Interventions
Enquête sur l’environnement et le personnel
Le 7 octobre 2021, l’infirmière du service de prévention des infections s’est rendue dans le service pour effectuer une inspection sur place et un test de bioluminescence de l’ATP (3 M™ Clean-Trace™ Surface ATP ; 3 M, St. Paul, MN, USA) [11]. Le test a été réalisé en se concentrant sur les zones à fort contact (Tableau 2). Nous avons considéré que le seuil de nettoyage répété était un niveau de bioluminescence ATP de 250 unités de lumière relative (RLU)/100 cm2 et avons défini en outre ≥ 1 000 RLU comme « non propre ». [11, 12].
Tableau 2 Mesures de bioluminescence de l’ATP pour les enquêtes sur les épidémies
Un suivi de l’hygiène des mains des agents de santé a été réalisé du 7 au 12 octobre 2021. Six jours plus tard, soit le 13 octobre 2021, un test de culture environnementale a été réalisé. Les échantillons de surface environnementale ont été homogénéisés dans un Stomacher et les éluants ont été cultivés sur des plaques de gélose tryptique soja contenant 5 % de sang de mouton et sur des plaques MacConkey II. L’échantillonnage a été réalisé à l’aide d’écouvillons stériles insérés dans des tubes en plastique. Des cultures environnementales ont été réalisées pour les produits ou surfaces des zones réservées aux patients et au personnel soignant (Tableau 3). De plus, des échantillons de culture ont été obtenus des mains du personnel (trois infirmières et deux médecins).
Tableau 3 Produits et surfaces testés dans la culture environnementaleÉducation et feedback du personnel par le biais d’un contrôle sur site et d’une auto-évaluation
Du 14 octobre 2021 au 14 novembre 2021, une surveillance de l’hygiène des mains et une formation sur place ont été effectuées par une infirmière en contrôle des infections une fois par jour, du lundi au vendredi, à une heure fixe.
Nous avons vérifié si le personnel du service d’obstétrique respectait les éléments suivants et fourni un retour d’information sur place : sept étapes et cinq points d’hygiène des mains. [13]pratiques d’injection sécuritaires [14]directives pour le nettoyage de la sonde pour l’échographie transvaginale [15]et lignes directrices pour la gestion du nettoyage environnemental [16]. Le service a également modifié ses effectifs. Passé d’une infirmière à deux infirmières par quart de travail. De plus, lors de la réunion de contrôle de l’épidémie, il a été demandé au personnel du service de donner son avis sur les obstacles au respect des précautions standard du service. Après la période de formation sur place, un suivi de l’hygiène des mains a été réalisé à nouveau du 15 novembre au 19 novembre 2021.
Culture et typage
Tests de sensibilité aux antibiotiques
L’identification des isolats au niveau de l’espèce a été réalisée à l’aide de la spectrométrie de masse à temps de vol par désorption et ionisation laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS ; bioMérieux, Nurtingen, Allemagne), et des tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés à l’aide de VITEK-2 (bioMérieux, Durhum, Caroline du Nord). , ETATS-UNIS). Les résultats ont été interprétés selon les critères d’identification de S. marcescens, en utilisant les directives du Clinical and Laboratory Standards Institute. [17].
WGS
Les isolats du cas index ont été éliminés lorsque l’épidémie a été reconnue. Par conséquent, le WGS a été réalisé sur les isolats de trois patients. Les génomes des isolats de S. marcescens ont été entièrement séquencés à l’aide d’Illumina MiSeq (Illumina, Inc., San Diego, Californie, États-Unis). L’inférence d’arbre phylogénétique a été réalisée sur l’ensemble des génomes, y compris les échantillons de génomes obtenus dans cette étude, les souches types de Serratia (n = 18) et les génomes représentatifs des groupes de génomes dérépliqués qui avaient une distance de Mash du génome entier < 0,1 avec un ou plusieurs des échantillons de génomes. Les gènes centraux de Serratia ont été prédéfinis à partir des génomes disponibles de Serratiaspp. dans la base de données du génome bactérien de CJ Bioscience à l'aide de CoreCruncher [18]. La présence de paires de souches étroitement apparentées au sein ou entre les échantillons et les génomes de référence a d'abord été criblée à l'aide d'un schéma interne de typage de séquence multi-locus du génome Serratiacore (cgMLST) construit avec 868 gènes centraux. [19]. Nous avons analysé les polymorphismes mononucléotidiques du noyau du génome (cgSNP) pour fournir une relation plus fiable au niveau des clones entre les génomes. Les SNP ont été comptés dans les génomes centraux des échantillons et les génomes de référence à l'aide de l'analyse split kmer version 1.0. [20]. Nous avons inclus les distances cgSNP par paires pour l'ensemble de souches comprenant les souches de l'échantillon et toute souche montrant des distances <({1times {text{e}}}^{-4})SNP avec l'une des souches de l'échantillon. Si les trois isolats identifiés appartenaient différemment à plusieurs clusters ou si la différence de SNP était trop importante par rapport à l'échelle de temps pendant laquelle la transmission pouvait survenir, elle était considérée comme une acquisition individuelle plutôt que comme une transmission entre patients. Pour détecter une transmission potentielle causée par un agent pathogène, nous avons défini des paires d'isolats avec ≤ 7 à 10 différences de base SNP [21].
Résultats liés à l’infection
La patiente C a subi une césarienne d’urgence le lendemain du développement de S. marcescens BSI. Aucun patient n’est décédé d’une bactériémie à S. marcescens et aucun nouveau-né né des patients n’a présenté de signes d’infection à S. marcescens (Tableau 1). Le patient A a été transféré dans un autre hôpital ; ainsi, ses résultats obstétricaux n’ont pas pu être identifiés.
Menaces potentielles pour la validité interne
Il n’y a eu aucun changement dans les politiques en matière d’antibiotiques par rapport à la même période un an avant l’épidémie. Le taux de performance en matière d’hygiène des mains du service s’est maintenu autour de 85 à 90 % jusqu’en juin 2021. Il n’y a eu aucun changement significatif en matière d’hygiène des mains avant l’épidémie.
2024-02-28 10:44:22
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