2024-03-04 14:15:20
Avant la présente étude ProSPeRo dirigée par l’OMS, un nombre limité d’études ont été publiées sur les performances comparatives du système GeneXpert pour le dépistage des IST, en particulier pour la télévision : avec une étude sur le terrain (TTANGO ; Test, Treat AND GO) et plusieurs études en laboratoire ont été menées en Australie et aux États-Unis [16,17,18,19,20,21,22].
Dans les études australiennes, une évaluation en laboratoire portant sur 372 souches bactériennes CT ou NG caractérisées a conclu que la cartouche GeneXpert CT/NG POCT était très sensible et spécifique pour ces agents infectieux. [16]. Une évaluation sur le terrain du test CT/NG a ensuite été menée en Australie dans le cadre d’un essai contrôlé randomisé appelé TTANGO entrepris dans 12 communautés aborigènes éloignées et impliquant 2 486 auto-collectes d’urine ou de prélèvements vaginaux inférieurs. [17, 19]. La concordance globale entre le test GeneXpert POC et les TAAN en laboratoire était de 99,4 % pour CT et de 99,9 % pour NG. [17].
Aux États-Unis, une évaluation multicentrique impliquant 1 722 femmes et 1 387 hommes a été menée dans divers contextes cliniques (cliniques d’obstétrique et de gynécologie, d’IST, de santé publique, pour adolescents ou de planification familiale). [18]. Des écouvillons vaginaux et des échantillons d’urine de femmes ainsi que des échantillons d’urine d’hommes ont été testés en laboratoire, à la fois avec le GeneXpert et l’un des deux tests de référence TAAN. La sensibilité des tests CT sur les échantillons endocervicaux et vaginaux de femmes ainsi que sur les échantillons d’urine d’hommes et de femmes était de 97,4 % ou mieux, tandis que les spécificités pour les types d’échantillons correspondants étaient toutes supérieures à 99,4 %. Pour NG, les sensibilités sur les mêmes échantillons étaient supérieures à 95,6 % et les spécificités étaient toutes supérieures à 99,8 %.
Le test TV sur GeneXpert (Xpert® TV assay) est devenu disponible sur le marché mondial en 2017. Gaydos et al. a rendu compte d’une étude multicentrique portant sur 1 867 patients éligibles. L’étude a collecté de manière prospective des échantillons d’urine, des prélèvements endocervicaux et des prélèvements vaginaux auprès de sujets féminins présentant des symptômes associés à une infection par TV (714) et de sujets asymptomatiques (1 153). [20]. Le lieu où les tests GeneXpert ont eu lieu n’a pas été précisé. Les auteurs ont rapporté que la sensibilité des tests TV sur GeneXpert était de 96,4 % pour les écouvillons vaginaux auto-collectés, de 98,9 % pour les échantillons endocervicaux et de 98,4 % pour l’urine féminine ; tandis que chez les hommes, la sensibilité des échantillons d’urine était de 97,2 %. La spécificité de la TV sur le GeneXpert pour tous les types d’échantillons était supérieure à 99 %.
En 2018, une évaluation préliminaire en laboratoire du test TV sur GeneXpert a été menée en Australie sur 120 échantillons d’urine, collectés lors de dépistages de routine dans les communautés éloignées de l’extrême nord du Queensland (60 positifs et 60 négatifs). [21]. Les auteurs ont rapporté que la sensibilité du test TV sur le GeneXpert était de 95 % et la spécificité de 100 %.
La même année, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a également mené une évaluation en laboratoire des tests CT, NG et TV sur GeneXpert, en utilisant 339 échantillons enrichis avec des souches phénotypiquement et génétiquement diverses de CT, NG et TV et d’autres espèces apparentées qui pourraient réaction croisée. Semblable à d’autres études, l’étude de l’OMS a révélé une sensibilité et une spécificité analytiques élevées non seulement pour les tests CT et NG, mais également pour les tests TV en laboratoire. Aucune réactivité croisée n’a été détectée dans les tests Xpert CT/NG ou TV lors du test d’échantillons d’autres causes de pertes vaginales telles que la vaginose bactérienne et les espèces de Candida. Des taux élevés de faux positifs pour TV ont été identifiés lors d’une exposition à des concentrations élevées de Trichomonas tenax, Trichomonas gallinae, Trichomonas stableri et Trichomonas aotus) ; cependant, ces espèces ne se trouvent pas dans les échantillons urogénitaux prélevés sur les humains, mais habitent plutôt la cavité buccale d’autres espèces animales telles que les chiens, les chats, les oiseaux et les singes. [22].
Faisant suite à ces études limitées, cette présente étude de validation multi-pays du GeneXpert pour les tests CT, NG et TV POC dans les établissements de soins primaires, dirigée par l’OMS, fournit la première évaluation internationale de cette technologie moléculaire.
Alors que la cohorte totale de l’étude comptait plus de 1 380 femmes considérées comme présentant un risque d’IST, il existait de grandes différences entre les pays dans le pourcentage de patients recrutés (dont plus de la moitié provenaient d’Afrique du Sud) ; le profil d’âge médian des patients (allant de 22 ans en Afrique du Sud à 40 ans au Maroc) ; et prévalence de l’infection (pour CT, de 20 % au Maroc et au Guatemala (Site 1) à 38 % en Afrique du Sud ; pour NG, de 2 % au Maroc et au Guatemala (Site 1) à 20 % en Afrique du Sud, et, pour la TV , de 15% au Guatemala (Site 1) à près de 40% au Maroc). Cette grande variabilité des paramètres clés de l’étude (notamment la combinaison de sites à faible et forte prévalence) améliore, dans une certaine mesure, la généralisabilité des résultats de l’étude.
En ce qui concerne l’acceptabilité du POCT, environ 70 % des participants étaient à l’aise d’attendre à la clinique les résultats de leurs tests POC après analyse sur GeneXpert ; cependant, une limite de cette étude était que l’intention d’attendre n’était pas directement liée au temps de traitement à compter de la réception du résultat du test au POC. De plus, seulement 25 % des participants étaient prêts à attendre entre 1 et 2 heures (le délai d’exécution actuel pour un résultat TV ou CT/NG sur GeneXpert). Au mieux, un test POC avec un délai d’exécution encore plus court (par exemple 30 minutes pour obtenir le résultat) ou un test de fin précoce pour un agent pathogène détecté permettrait aux patients d’accéder à leurs résultats plus tôt et de réduire encore davantage le temps d’attente global. C’est là un autre défi pour les fabricants d’appareils.
Les différences dans le système de formation utilisé entre les pays peuvent avoir contribué à la variabilité des performances (en particulier de la sensibilité). Comme le montre le tableau 1, le statut professionnel de santé de l’opérateur du POCT était variable ; par exemple, un technicien de laboratoire a effectué le test au Guatemala, un coordinateur de la santé sexuelle (une infirmière régionale hautement qualifiée) a effectué le test en Australie et des infirmières ont réalisé le test en Afrique du Sud. En termes de prestation de formation entre les pays, la formation en Australie a été dispensée par un scientifique principal de l’institution de soutien – le Centre international de tests sur les lieux d’intervention de l’Université Flinders, qui était responsable de la conception du programme de formation pour le programme multi-pays. étude de pays ; alors qu’au Guatemala et en Afrique du Sud, la formation a été dispensée par un représentant scientifique local de Cepheid (soit en personne) [Site 1] ou en ligne [Site 2]). La traduction des ressources de formation dans une langue maternelle autre que l’anglais était nécessaire dans certains pays (par exemple au Guatemala). Malgré les performances variables observées pour les comparaisons de tests de patients, les taux de concordance étaient excellents pour les performances des tests de qualité (échantillons de contrôle qualité et d’assurance qualité) effectués en Australie, au Maroc, à Guatemala (Site 1) et en Afrique du Sud avant et pendant la période de pandémie de COVID. une partie de la surveillance analytique continue maintenue pendant toute la durée de cette étude ; La concordance QC était supérieure à 97 % pour les trois tests et la concordance EEQ supérieure à 94 % pour chaque test rapporté par les pays concernés ; cependant, un taux élevé de tests infructueux a été signalé pour la télévision, probablement en raison du manque de stabilité de ces produits de qualité. [14].
Il est intéressant de noter qu’une différence significative de sensibilité pour la télévision a été observée entre le site 2 du Guatemala et le site 1 du Guatemala. Comme mentionné, ces deux ensembles de données du même pays ont été analysés séparément car aucune surveillance de la qualité n’a été entreprise ou disponible pendant la période post-pandémique. Le site 2 du Guatemala a commencé à recruter des participants et à effectuer des tests POC. Sans surveillance de qualité standardisée qui a été appliquée dans l’étude principale, il n’est pas possible de savoir avec certitude si les tests effectués étaient « sous contrôle » ou si les numéros de lot de cartouches de test étaient stables ou stockés et transportés correctement. Cela met en évidence la nécessité cruciale d’inclure les tests CQ et EEQ dans le cadre d’un programme POCT fonctionnel, car sans cet élément, il ne peut y avoir de confiance dans l’exactitude diagnostique des résultats des patients produits.
Il est peu probable que la logistique du transport des échantillons de patients vers le laboratoire de référence ait entraîné une dégradation/instabilité de ces échantillons à analyser. Par exemple, les échantillons ont été transportés sur 2 700 km et 1 400 km respectivement vers les laboratoires de référence en Australie et en Afrique du Sud. Si cela constituait un facteur, on pourrait s’attendre à ce qu’un échantillon signalé comme positif par le POCT ait été signalé comme négatif par le laboratoire de référence. Cependant, l’inverse a été constaté : les échantillons négatifs au POCT ont été signalés comme positifs par le laboratoire (c’est-à-dire que le test POCT a enregistré des niveaux plus élevés de résultats faussement négatifs, d’où une faible sensibilité).
Les différences dans les limites de détection pour la méthode GeneXpert POCT et les TAAN de référence peuvent être un facteur potentiel expliquant les résultats divergents. Une sous-étude de l’ensemble de données sud-africain a étudié des échantillons positifs pour CT, NG et TV avec des valeurs de seuil de cycle GeneXpert (Ct) supérieures à 35. [23]. Pour CT, 8 % des 275 échantillons vrais positifs avaient des valeurs Ct > 35, tandis que 13 % des 15 échantillons faussement positifs avaient des valeurs Ct supérieures à 35. Pour NG, 2 % des 141 échantillons vrais positifs avaient des valeurs Ct pour les deux gènes. cibles supérieures à 35, tandis que 30 % des 10 échantillons faux positifs avaient des Cts supérieurs à 35. Pour la TV, 4 % des 82 vrais positifs avaient des Cts supérieurs à 35 et 67 % des 6 faux positifs avaient des Cts supérieurs à 35.
La présence de sang dans les échantillons testés ou sur le site de prélèvement peut potentiellement interférer avec le test GeneXpert et a été étudiée de la même manière dans une sous-étude sud-africaine menée par l’équipe de l’OMS (Tableau 5). Une analyse de sensibilité des échantillons tachés de sang (n = 133) a indiqué que, pour les trois tests, les estimations de sensibilité étaient meilleures dans les échantillons tachés de sang que dans ceux sans présence de sang (peut-être parce qu’il y avait plus de cas symptomatiques dans ce sous-groupe). ; en revanche, les estimations de spécificité dans les échantillons colorés avec du sang étaient pires que celles des échantillons sans présence de sang (peut-être en raison d’une interférence du sang).
Tableau 5 Effet du sang sur les estimations de sensibilité et de spécificité (plus intervalles de confiance à 95 %) dans un sous-ensemble d’échantillons sud-africains
En résumé, malgré la limitation du petit nombre d’échantillons dans certains sites (Australie et Guatemala Site 1), cette étude fournit la première évaluation multi-pays majeure des performances analytiques et cliniques du GeneXpert POCT basé sur les soins primaires par rapport aux TAAN du laboratoire de référence. Les estimations de sensibilité observées, notamment pour le CT au Maroc (70,1%), et la TV au Maroc (59,7%) et en Afrique du Sud (66,1%), étaient inférieures aux attentes et inférieures à celles publiées précédemment. En revanche, les estimations de spécificité étaient excellentes (supérieures à 96 %) pour les trois tests et dans tous les pays concernés. Les rapports de vraisemblance positifs regroupés pour CT, NG et TV étaient tous nettement supérieurs à 10, fournissant également des preuves solides que les résultats du test GeneXpert POC étaient cliniquement adéquats pour déterminer la présence d’une infection. Le rapport de vraisemblance négatif regroupé pour NG (0,10) était égal, mais pas inférieur à 0,10, à la valeur référencée pour le test afin d’exclure suffisamment l’infection ; cependant, les rapports de probabilité négatifs regroupés pour les infections par CT et TV étaient bien supérieurs à 0,10, en particulier pour la TV. Dans ce scénario, l’utilisation d’un deuxième test de laboratoire pour identifier les résultats faussement négatifs des tests POC n’est ni viable ni abordable, que ce soit dans les contextes à revenus faibles ou élevés. Il est important de noter que l’objectif principal de l’étude ProSPeRo était d’évaluer les technologies de diagnostic au point d’intervention et de tirer des conclusions sur leur utilité clinique potentielle dans certains scénarios réels.
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