Évaluation du programme de vaccination contre le COVID-19 lors de l’épidémie de variante Omicron (B.1.1.529) début 2022, Tokyo | Maladies infectieuses BMC

La primo-série et la dose de rappel ont directement contribué à la prévention de 478 000 (IC à 95 % : 467-489) et 162 000 (IC à 95 % : 157-166) cas de COVID-19, ce qui représente respectivement des réductions relatives de 29 % et 12 % par rapport à Janvier à mai 2022 à Tokyo. La période d’étude correspondait à la sixième vague de COVID-19 au Japon au cours de laquelle les sous-variantes Omicron BA.1 et BA.2 étaient prédominantes. En combinaison, la série primaire et le programme de rappel ont contribué à éviter directement et indirectement 8,5 millions (IC à 95 % : 8,4 à 8,6) d’infections par le SRAS-CoV-2. Si la couverture vaccinale de rappel avait été similaire à celle de la deuxième dose, ou si la couverture parmi les personnes âgées de 10 à 49 ans avait été supérieure de 10 %, le nombre d’infections aurait pu être encore réduit de 19 % et 7 %, respectivement.

Nous avons démontré que l’impact de la vaccination sur la population était substantiel à Tokyo, même pendant les épidémies provoquées par les sous-variantes Omicron BA.1 et BA.2. Dans l’ensemble, l’impact indirect représentait 70 % de l’effet total (tableau S2). La dose de rappel seule a eu un impact direct sur la population plus faible que la série primaire ; la dose de rappel a permis d’éviter 646 000 infections, tandis que la série primaire a permis d’éviter 2,6 millions d’infections. Depuis le début de l’épidémie du variant Omicron, on savait que l’immunité induite par le vaccin provoquée par les vaccins ancestraux à base de virus à ARNm était plus faible que celle contre les variants antérieurs, y compris Delta. Néanmoins, la couverture vaccinale au Japon était élevée, supérieure à 95 % pour la primo-série chez les personnes âgées. L’impact au niveau de la population a également été élevé, même lors de l’épidémie d’Omicron en 2022, protégeant 54 % de la population de plus de 60 ans de l’infection à Tokyo. Bien que la sixième vague de janvier à mai 2022 ait été la plus importante au Japon à la fin de la période d’étude, nous avons constaté que la population bénéficiait à la fois d’une protection directe et, surtout, indirecte. Même si le variant Omicron était difficile à contrôler, la vaccination était un outil de santé publique essentiel pour atténuer le COVID-19. [3, 11].

On estime que l’impact de la vaccination au niveau de la population a été plus important pendant la période où la variante Delta prédominait, avec une réduction relative des cas estimée à 84 % en Israël. [10], par rapport à celui de la période où Omicron prédominait, avec une réduction relative des cas estimée à 65 % identifiée dans la présente étude. Cette différence d’impact peut s’expliquer par la contribution réduite de l’impact indirect plutôt que de l’impact direct, car la période de prédominance Delta s’est accompagnée de stratégies de suppression plus strictes pour contrôler la transmission virale et d’une plus grande efficacité vaccinale par rapport à la période Omicron. [18, 26]. Cependant, l’impact direct du programme de primo-séries était encore substantiel plus d’un an plus tard, et le programme de rappel a suscité un impact supplémentaire sur la population. C’est une bonne nouvelle pour toutes les populations, notamment pour celles qui hésitaient auparavant à se faire vacciner. L’un des avantages des études utilisant des modèles mathématiques est que les paramètres peuvent être modifiés et que des scénarios hypothétiques peuvent être examinés. [4, 10, 27,28,29]. Comme nous l’avons montré, une couverture vaccinale plus élevée dans la population entraîne un impact indirect plus important au niveau de la population, même en présence d’évolutions antigéniques distinctes, comme l’émergence de la variante Omicron, soulignant que la vaccination de masse peut provoquer un effet d’immunité collective. même si cela n’est peut-être que temporaire.

Nos estimations sont dérivées de la sixième vague de COVID-19, dominée par les sous-variantes Omicron BA.1 et BA.2 ; cette épidémie était la dernière vague au Japon au cours de laquelle des restrictions de santé publique et de mesures sociales (PHSM) étaient en place. Ces mesures ont raccourci les horaires d’ouverture des bars et des restaurants et visaient à réduire les contacts dans les contextes à haut risque. Ces mesures étaient en vigueur à Tokyo du 21 janvier au 21 mars 2022. Si l’ampleur de l’épidémie avait été plus importante en l’absence de PHSM, l’effet total de la vaccination aurait été encore plus important. Autrement dit, le nombre de cas observés a été affecté par les interventions et, en l’absence des MSSP, l’impact au niveau de la population aurait été plus important que prévu.

Dans la présente étude, l’impact de la vaccination sur la population a été évalué comme le nombre de cas ou d’infections évités de COVID-19. L’analyse n’a pas pu être étendue pour inclure les cas graves et les décès car les antécédents vaccinaux de cette population n’ont été soigneusement enregistrés dans aucun système de surveillance au Japon. Considérant que la vaccination prévient efficacement les complications graves chez les individus infectés par Omicron [3, 18, 30]il serait important de relier systématiquement les antécédents de vaccination individuels aux ensembles de données de surveillance ou de dossiers médicaux afin de pouvoir procéder à une évaluation explicite.

Il existe plusieurs limites techniques à cette étude. Premièrement, il était difficile d’estimer le nombre exact d’infections, car les symptômes sont atténués par l’immunité induite par le vaccin et naturellement acquise. Le ministère de la Santé, du Travail et de la Protection sociale a mené des enquêtes séro-épidémiologiques de manière transversale en série en utilisant les données des donneurs de sang, mais les enquêtes n’ont pas été menées régulièrement tout au long de la pandémie. [31]. Nous avons utilisé une couverture de déclaration de 0,25 comme référence pour déduire le nombre d’infections au cours de la période d’analyse à Tokyo. [21]et des analyses de sensibilité supplémentaires ont été effectuées (voir Dossier supplémentaire) en référence à Zhang & Nishiura [32]. Deuxièmement, nous nous sommes concentrés sur Tokyo car cette population disposait de données robustes, mais l’hétérogénéité géographique de l’impact sur la population n’a pas été évaluée. Dans les préfectures où les transmissions sont moins nombreuses, un impact indirect plus faible aurait pu être observé.

Suite à notre étude, des sous-lignées supplémentaires (par exemple BA.4, BA.5, BF.7, BQ.1 et XBB) ont émergé et ont progressivement remplacé BA.1 et BA.2 en partie à cause de leur transmissibilité accrue, mais plus surtout en raison de leurs mécanismes d’évasion immunitaire. L’hétérogénéité de la réponse immunitaire en fonction de l’âge est également reconnue, et il a été démontré que différentes séquences de vaccination (par exemple, une série de vaccinations primaires suivies d’une infection naturelle) compliquent notre compréhension de la protection au niveau individuel. Cependant, malgré cette complexité, les impacts directs et indirects de la vaccination peuvent être calculés à condition que les données correspondantes sur l’historique de vaccination soient disponibles.