Dans une récente étude publiée dans la revue PLoS ONEles chercheurs ont évalué les schémas d’excrétion temporelle du coronavirus (CoV) dans Eidolon Enfersla chauve-souris frugivore de couleur paille.
E. helvum est un ptéropodide largement répandu en Afrique tropicale qui peut migrer sur des milliers de kilomètres ; ils se perchent dans les arbres pour former des colonies dynamiques, hébergeant des millions. La chauve-souris est considérée comme un disperseur unique de graines en raison de sa migration. Ainsi, la conservation de E. helvum est crucial pour l’Afrique tropicale. Cette espèce s’est adaptée à la perte d’habitat en se perchant dans les arbres des zones urbaines. Cela expose potentiellement les humains aux excrétions des chauves-souris et aux espèces pathogènes qui y sont excrétées.
Des études menées dans des colonies de chauves-souris urbaines et non urbaines ont signalé la présence d’acides nucléiques viraux et l’isolement de plusieurs virus de diverses familles taxonomiques. La famille de virus Coronaviridae a déjà été détectée chez cette espèce. Cependant, les schémas d’excrétion du CoV chez cette espèce de chauve-souris restent mal définis et, en général, il y a un manque de compréhension de l’écologie du CoV chez les chauves-souris africaines.
Étude: Excrétion saisonnière de coronavirus par des chauves-souris frugivores de couleur paille dans des dortoirs urbains en Afrique. Crédit d’image : Ondrej Prosicky/Shutterstock
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont étudié les modèles d’excrétion de CoV dans E. helvum propose des stratégies réalistes soutenant une coexistence plus sûre et éthique de cette espèce avec les humains. Ils ont étudié deux colonies urbaines de cette espèce de chauve-souris, situées à Accra, au Ghana, et à Morogoro, en Tanzanie. La colonie d’Accra a été étudiée entre mars 2017 et février 2018, tandis que le gîte de Morogoro a été étudié d’août 2017 à juillet 2018.
Le nombre de chauves-souris dans chaque gîte a été compté mensuellement. Quatre-vingt-dix-sept échantillons fécaux ont été prélevés mensuellement sur chaque gîte. L’ARN de 2 328 échantillons fécaux a été extrait et des bibliothèques d’ADNc ont été préparées. Deux tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) ont été utilisés pour identifier les CoV connus et nouveaux. Les produits amplifiés ont été clonés et séquencés. Une recherche d’outil de recherche d’alignement local de base (BLAST) a été effectuée pour comparer les séquences avec les séquences de gènes CoV existantes.
Le cycle de reproduction des chauves-souris a été estimé sur la base 1) des données précédentes des auteurs d’Accra et de Morogoro, 2) des observations antérieures des deux gîtes, 3) du pouls de naissance et de la période de lactation signalés, 4) du pouls de naissance annuel synchronisé de cette espèce, et 5) l’hétérogénéité du moment de la grossesse, de l’œstrus et du pouls de naissance. Le début de la période de lactation, la fin de l’impulsion de naissance et le début de la période de sevrage ont été supposés être respectivement le 15 avril, le 15 juin et le 16 juin à Accra.
À Morogoro, l’équipe a désigné le 15 décembre comme début de la période de lactation, les 15 et 16 février comme la dernière date de naissance du pouls et le début de la période de sevrage. La période restante de l’année a suivi immédiatement après ces points dans le temps. L’association entre l’excrétion de CoV et le cycle de reproduction a été évaluée à l’aide de deux modèles logistiques (effets fixes et modèles hiérarchiques).
Le panneau A montre les emplacements des gîtes en Afrique. Le panneau B montre certains des arbres occupés à l’hôpital militaire 37 à Accra, au Ghana et le panneau C montre des chauves-souris perchées au marché de Kikundi à Morogoro, en Tanzanie. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0274490.g001
Résultats
La colonie de chauves-souris de Morogoro a atteint un pic d’abondance en février 2018, avec 45 000 habitants, tandis que le perchoir d’Accra a culminé en décembre 2017 avec plus d’un million d’habitants. Quatorze échantillons fécaux d’Accra et 125 de Morogoro étaient positifs pour les CoV. La proportion mensuelle d’échantillons fécaux positifs était variable et culminait à 0,24 à Morogoro et à 0,04 à Accra.
La proportion d’échantillons positifs pendant les périodes de lactation et de sevrage était de 0 et 0,018 à Accra, et de 0,088 et 0,153 à Morogoro, respectivement. Les analyses BLAST ont révélé que tous les CoV identifiés dans la présente étude présentaient une séquence par paires identifiée avec le CoV de chauve-souris Eidolon du genre Beta-CoV.
Selon le modèle à effets fixes, les risques d’excrétion de CoV étaient de 1,24 à 2,65 fois plus élevés que pendant le reste de l’année. Par rapport à la période de lactation, la période de sevrage présentait une probabilité d’excrétion de CoV de 1,06 à 3,16 fois plus élevée. Le modèle hiérarchique a montré une probabilité accrue d’excrétion de CoV dans les derniers mois de la période de sevrage par rapport au reste de l’année. De plus, la probabilité d’excrétion de CoV a augmenté pendant le pic de la période de sevrage par rapport à la période de lactation.
conclusion
En résumé, les CoV détectés dans les échantillons fécaux de chauve-souris des deux gîtes avaient une identité de séquence élevée avec le CoV de chauve-souris Eidolon. Il n’y avait aucune preuve suggérant que les CoV détectés dans les deux gîtes constituaient une menace pour la santé publique, sauf preuve du contraire. Les résultats corroborent le schéma d’excrétion saisonnier des CoV dans les deux gîtes, avec un pic d’excrétion pendant la saison de sevrage.
Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que les ressources pour prévenir le contact homme-chauve-souris devraient être ciblées pour être utilisées pendant les saisons de sevrage et limiter l’accès humain aux gîtes et aux zones adjacentes. En outre, la consommation de chauves-souris doit être découragée de manière générale et la chasse/vente doit être interdite de façon saisonnière. Ces recommandations pour limiter l’exposition des humains aux chauves-souris s’appliquent à tous E. helvum dort à travers l’Afrique.
