«Il y a cinquante ans, [before] Nous avons séquencé les génomes humains et encore moins d’autres génomes, nous ne savions pas à quoi ressemblent les gènes », a-t-elle déclaré. Pourtant, «nous utilisons des gènes et des structures génétiques qui ressemblent davantage à des virus et à la structure bactérienne que les gènes humains. Nous pourrions sûrement les faire ressembler davantage à des gènes humains. » Une différence claire est que les gènes viraux naturels n’ont pas d’introns. Un «nerd classique» auto-décrit, Tomberg a commencé à gérer ses propres expériences pour essayer «pour comprendre ce qui fait un intron du point de vue des spliceosomes» et «pour le prédire», quelque chose qui n’avait vraiment pas été fait auparavant, Elle a dit.
Cela a pris plusieurs mois, mais elle a finalement trouvé un moyen de stimuler l’expression des protéines des gènes viraux en insérant des introns. Lorsqu’elle a testé son approche sur l’expression des protéines de pointe, il y a eu une augmentation de près de 10 fois de la production de protéines. Son travail constitue la base de la technologie qui sous-tend les expressions, une entreprise co-fondée par Tomberg et expert en génie du génome Allan Bradley, PhD. Le moteur de syntaxe génétique de l’entreprise est une plate-forme alimentée par l’intelligence artificielle qui utilise «l’intronisation» pour améliorer l’expression des gènes. Plus précisément, il crée de l’ADNc avec l’ADNc avec des sites et des introns optimaux qui augmentent la production de protéines sans modifier la séquence génétique sous-jacente.
Cette semaine, la société a annoncé son premier accord de collaboration et de licence avec une grande entreprise pharmaceutique, Boehringer Ingelheim, qui se concentre sur le développement de thérapies génières améliorées. Selon les termes du partenariat, Boehringer exploitera le moteur de syntaxe génétique des expressions, une plate-forme alimentée par l’IA qui génère des introns optimisés qui stimulent l’expression des protéines sans modifier la séquence génétique sous-jacente. Les partenaires ne divulguent pas les thérapies sur lesquelles ils collaboreront pour le moment.
Le fonctionnement interne du moteur des expressiondans est complexe, mais Tomberg a offert quelques informations sur la façon dont la plate-forme fait des prédictions. «La nature n’a pas d’introns parfaits [meaning] Il ne se soucie pas d’épisser soigneusement ou d’exprimer les choses sous une seule forme. Si j’ai formé un modèle pour prédire une bonne intron [using] Données qui sont déjà dans la nature, nous n’obtiendrions pas de bonnes règles », a-t-elle expliqué. Cela signifiait que «nous devions faire les données nous-mêmes».
Les scientifiques de ExpressionEdits ont passé les deux dernières années à construire un ensemble de données de formation en générant des milliards de points de données sur différentes combinaisons d’introns et d’exons qui pourraient être utilisées pour apprendre des modèles qui indiquent une bonne épissage et une mauvaise épissage. Ils ont ensuite utilisé cet ensemble de données pour former des modèles d’IA pour faire des prédictions sur lesquels des introns doivent être ajoutés, combien sont nécessaires, quels introns particuliers fonctionnent le mieux et ce qui devrait arriver aux exons environnants. Parfois, la décision d’épissage a du sens car elle supprime quelque chose de toxique, a déclaré Tomberg. Dans d’autres cas, il est moins clair pourquoi une prédiction particulière se traduit par une plus grande production de protéines suggérant que l’ordinateur peut prendre un schéma biologique que les scientifiques ne comprennent pas encore.
Le paramètre par défaut pour le système consiste à générer une conception intron unique, mais il y a de la place pour la personnalisation. Par exemple, il peut être chargé de générer plusieurs conceptions mais de les restreindre à un nombre spécifique de paires de bases. Il peut également générer des conceptions basées sur des ensembles de données sur les codons trouvés dans la nature plutôt que sur les données générées en interne des expressions, a déclaré Tomberg.
Outre l’accord de Boehringer, ExpressionEdits est ouvert à l’exploration d’autres relations avec d’autres dans l’espace de thérapie génique, en particulier des entreprises plus grandes et plus matures. “Nous n’avons pas la capacité de développer les médicaments”, a déclaré Tomberg. «Nous voulons nous associer à quelqu’un qui a la capacité de prendre ces candidats tout le long, car nous pouvons alors apprendre le plus sur notre technologie dans cet espace.» Également compte tenu de l’incertitude actuelle sur le marché de la thérapie génique, pour une petite entreprise d’environ 14 personnes, «nous devons nous concentrer sur qui nous choisissons.»
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