De nombreux cas de pneumonie d’origine inconnue ont été détectés en Chine en décembre 2019.
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Ces cas ont été rapidement liés au nouveau virus, désormais connu sous le nom de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Les cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) se sont rapidement propagés dans le monde entier et sont officiellement devenus une pandémie mondiale en mars 2020. À ce jour, plus de 89 millions de cas de COVID-19 aux États-Unis ont été confirmés, ainsi que plus d’un million de décès associés.
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Detroit, Michigan, a été particulièrement touchée par la pandémie, se classant au troisième rang du pays pour les cas confirmés en mars et avril 2020.
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Le premier cas de COVID-19 au Michigan a été détecté au Detroit Medical Center (DMC) le 11 mars 2020. Initialement, des échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé ont été envoyés à des laboratoires extérieurs et le délai d’exécution était d’environ 7 à 10 jours. Alors que le DMC a été inondé de cas jusqu’en mars et début avril, ce délai d’exécution des tests hors site est devenu de plus en plus intenable.
Alors que les cas de COVID-19 continuaient d’augmenter à Detroit, des tests de laboratoire SARS-CoV-2 rapides et précis sont devenus un élément essentiel de la gestion de COVID-19 car ils ont aidé à identifier et à contenir la propagation virale. Soutenir les décisions sur les stratégies de contrôle des infections, la prise en charge des patients dans les établissements de santé et la détection des cas asymptomatiques qui pourraient entraîner une propagation supplémentaire s’ils ne sont pas isolés sont également des avantages des tests en temps opportun. Le test rapide de réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT-PCR) Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2 (Cepheid, Sunnyvale, CA) a été mis en œuvre et exécuté en interne au DMC le 3 avril 2020. Ce test a permis un délai d’exécution plus rapide temps que les tests hors site. Dans cette étude, nous avons comparé la durée du séjour à l’hôpital (LOS) et la durée des antibiotiques entre les patients COVID-19 positifs pour le SRAS-CoV-2 qui ont subi un test via Cepheid Xpert Xpress PCR effectué au DMC et ceux qui ne l’ont pas fait (c’est-à-dire que les échantillons ont été envoyés à des laboratoires externes).
Méthodes
Nous avons réalisé une étude descriptive en utilisant le registre de patients DMC COVID-19. Le registre des patients a été développé par le Wayne State University Organized Research Consortium to Study COVID-19 (WORCS-C) grâce à l’extraction de dossiers médicaux par du personnel de santé qualifié. Les patients inclus dans le registre étaient tous des cas de COVID-19 positifs pour le SRAS-CoV-2 identifiés dans un établissement DMC entre le 11 mars 2020 et le 14 mai 2020. L’approbation du comité d’examen institutionnel a été obtenue.
Durée du séjour
La distribution de la durée de séjour a été comparée entre les groupes en heures, jours et durée de séjour transformée en log, ainsi qu’avec les stratifications des services d’urgence et des patients hospitalisés. Des modèles mixtes linéaires généralisés ont été utilisés pour tester les différences de durée de séjour avec ajustement pour les caractéristiques au niveau du patient. Des analyses post hoc ont modélisé les différences médianes avec une régression quantile pour tenir compte de l’asymétrie. Les résultats n’étaient pas sensiblement différents et ne sont donc pas rapportés.
Durée de l’antibiothérapie
Des modèles linéaires généraux ont été adaptés pour déterminer si le nombre moyen de jours sous traitement antibiotique différait parmi les patients testés positifs pour le SRAS-CoV-2 en utilisant soit un test Cepheid, soit une alternative.
Résultats
Parmi les 1 473 patients COVID-19 inclus dans l’étude, 925 (63 %) ont reçu un test SARS-CoV-2 hors site (du 11 mars au 3 avril 2020) et 548 (37 %) ont reçu la PCR Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2 tests (du 3 avril au 14 mai 2020). Le groupe de test hors site était composé à 53 % d’hommes ; 70 % étaient âgés de 60 ans et plus ; 59 % étaient afro-américains et 33 % étaient obèses (tableau 1).
Tableau 1. Caractéristiques descriptives des rencontres avec les patients par type de test
Sans ajustement pour les caractéristiques au niveau du patient, la DS était significativement plus élevée dans le groupe d’étude du test Cepheid que chez les patients dont les prélèvements nasopharyngés ont été testés par des laboratoires externes : médiane de la DS, 6,9 jours (écart interquartile [IQR]2–14) versus 5,3 jours (IQR, 2–10) et la moyenne des moindres carrés log 2 (LOS), 2,7 versus 2,5 jours (P = .01). Le LOS est resté significativement élevé chez les patients qui ont été testés à l’aide du test Cepheid après ajustement pour les catégories d’âge et de race, le nombre total de diagnostics cliniques (un indicateur de la gravité du case-mix) et l’obésité : moindres carrés moyens log 2 (LOS), 2,4 contre 2,2 jours (P = .02).
Contrairement à la durée de séjour totale, la durée de séjour au service des urgences (SU) était inférieure dans le groupe d’étude du test Cepheid par rapport aux patients dont les prélèvements nasaux ont été testés par des laboratoires externes : la durée médiane de la durée de séjour à l’urgence était de 26 (IQR, 4-21) contre 36 heures. (IQR, 2–10), le log 2 moyen des moindres carrés (LOS) était de 0,7 contre 1,0 jours (P = 0,01), et le log 2 moyen ajusté (LOS) était de 0,4 contre 0,7 jours (P < .0001) (Fig. 1).
Fig. 1. Durée d’hospitalisation des patients dont le test SAR-CoV-2 a été réalisé par PCR rapide Cepheid ou par des laboratoires externes (12 mars 2020 au 30 avril 2020).
Globalement, le nombre moyen de jours sous antibiothérapie différait significativement entre les patients testés positifs et non positifs au SARS-CoV-2 par le test Cepheid en fonction de leur tranche d’âge (interaction P = 0,003) et en ajustant les facteurs potentiellement confondants (c’est-à-dire la catégorie raciale et la somme des diagnostics cliniques).
Les enfants (âgés de moins de 18 ans) qui ont été identifiés par le test Cepheid ont reçu des antibiotiques pendant 3 jours de moins que leurs pairs du même âge qui n’ont pas été identifiés par le test Cepheid (P = .01). En revanche, les patients âgés de 50 à 64 ans ont reçu des antibiotiques pendant 2,7 jours de plus que leurs pairs du même âge qui ont été détectés par un test alternatif (P = .03). Nous n’avons pas détecté de différences dans la durée du traitement antibiotique par type de test chez les patients âgés de 18 à 49 ans (différence, 1 jour ; P = 0,41) ou ≥65 ans (différence, 0,9 jour ; P = 0,06).
Discussion
Notre étude a démontré de multiples avantages qui sont en corrélation avec un délai de test plus court fourni par la PCR rapide Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2 qui a été exécutée en interne. Premièrement, les données montrent une durée de séjour plus courte pour les patients du service d’urgence au sein de la cohorte interne. Nous soupçonnons que les résultats de laboratoire SARS-CoV-2 facilement disponibles ont permis aux cliniciens de créer des plans de traitement plus précis et de décharger rapidement les patients qui ont été confirmés négatifs au SARS-CoV-2 par le test Cepheid. Les résultats du test Cepheid ont également probablement permis une mise en œuvre plus rapide des précautions d’isolement pour les patients testés positifs, contribuant ainsi à freiner la propagation du virus.
Fait intéressant, le LOS pour les patients COVID-19 admis était plus élevé dans la cohorte de test Cepheid. Nous soupçonnons que cette découverte apparemment contre-intuitive peut être expliquée comme suit. (1) De meilleures options de traitement pour le traitement COVID-19 sont devenues disponibles à mesure que la pandémie progressait, comme la dexaméthasone chez les patients gravement malades, augmentant la survie qui à son tour prolongeait la durée de séjour. (2) La sensibilisation du public à l’infection au COVID-19 a augmenté ; ainsi, les patients ont probablement recherché un traitement médical plus tôt dans l’évolution de leur maladie. Et (3) les résultats positifs de la PCR SARS-CoV-2 peuvent avoir accéléré les ordonnances d’admission pour les patients COVID-19.
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De plus, le test Cepheid était corrélé à une durée plus courte de l’antibiothérapie pour certaines populations de patients. La pneumonie causée par le virus SARS-CoV-2 imite la pneumonie bactérienne ; les deux ont des symptômes constitutionnels et respiratoires. Cependant, les antibiotiques ne sont pas indiqués pour le traitement de la pneumonie COVID-19.
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Par conséquent, nous soupçonnons que les cliniciens ont initié des antibiotiques pour une pneumonie bactérienne présumée à l’arrivée du patient et ont arrêté l’antibiothérapie dès la notification des résultats positifs de la PCR SARS-CoV-2. Par conséquent, le délai d’exécution plus rapide fourni par le test Cepheid a permis de réduire l’administration d’antibiotiques.
Notre étude avait plusieurs contraintes. Premièrement, DMC est un hôpital d’enseignement urbain avec une population de patients unique; ainsi, nos résultats peuvent ne pas être généralisables aux hôpitaux ruraux. De plus, nous n’avons pas examiné les facteurs potentiellement confondants liés à la pandémie, tels que les pénuries d’équipements de protection individuelle et les changements dans les procédures de triage, en raison de l’incapacité de quantifier rétroactivement ces variables. Néanmoins, nous avons pu démontrer des différences statistiquement significatives entre les cohortes concernant la durée de séjour et l’utilisation d’antibiotiques.
Ces données fournissent des preuves préliminaires à l’appui de l’utilisation du test PCR Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2 dans les hôpitaux. Les avantages comprennent une diminution de la durée de séjour à l’urgence et de l’utilisation d’antibiotiques. Ces deux facteurs sont essentiels pour minimiser l’épuisement des ressources et contenir la propagation continue du virus SARS-CoV-2. Des recherches supplémentaires avec des études plus vastes qui traitent des facteurs de confusion sont nécessaires pour comprendre cette corrélation.
