La tuberculose extrapulmonaire, avec une augmentation notable des cas cutanés, a suscité une attention accrue dans la pratique clinique ces dernières années. Grâce à une meilleure compréhension clinique et à des techniques de diagnostic raffinées, il y a eu une nette amélioration du taux de détection. [2]. Notamment, même parmi les patients présentant des infections causées par les MNT, telles que Mycobactérie avium complexe (MAC), les manifestations cutanées constituent un aspect important [3]. Cependant, les rapports de cas d’infections cutanées primaires à NTM sont encore relativement rares.
L’infection cutanée par NTM est généralement secondaire à des antécédents de traumatisme ou d’exposition associés à une souche spécifique. Par exemple, Mycobactérie marinus est associé à une exposition aquatique [8]. Alors que les mycobactéries à croissance rapide, notamment Mycobactérie abcès, Mycobactérie fortuitum et Mycobactérie chelonaepourrait être associé à une intervention chirurgicale, à des injections esthétiques, à des implants prothétiques et à des cathéters [9,10,11]. En particulier, parce que certaines mycobactéries comme MAC et Mycobactérie haemophilum existent dans l’environnement naturel du sol ou de l’eau, le contact avec ces agents infectieux potentiels peut parfois provoquer une infection [12].
Dans le même temps, les MNT sont l’une des causes importantes de lymphangite nodulaire (infections lymphocutanées sporotrichoïdes), parmi lesquelles M. marinus est le plus courant [13]. Selon la revue de la littérature, plus de la moitié des patients présentaient des lésions isolées, tandis que 25 % des patients pouvaient présenter une distribution sporotrichoide. [14]. Les lésions peuvent être en bandes le long des vaisseaux lymphatiques mais n’atteignent pas toujours les ganglions lymphatiques régionaux [15]. Les lésions manquent souvent de spécificité morphologique et peuvent se présenter sous forme papulonodulaire, érythémateuse ou ulcéreuse. Certains patients présentent une infection profonde du tissu sous-cutané, affectant les tendons, les articulations et la moelle osseuse, mais cela est relativement rare. [16].
Cependant, le diagnostic et l’identification de l’agent pathogène à l’aide de méthodes traditionnelles restent une question. La difficulté provenait principalement de la nécessité de conditions de culture spécifiques, de la lenteur de croissance de certaines souches et de la faible charge pathogène au sein des lésions. [3]. De plus, le débridement topique préhospitalier ou l’administration d’antibiotiques compliquent la détection chez certains patients en réduisant la charge pathogène. [19]. S’il a la chance de cultiver ou de détecter un agent pathogène spécifique, il est parfois difficile de déterminer à quel membre du complexe il appartient, même en utilisant le séquençage MALDI-TOF ou 16s de l’ARN. La combinaison de ces facteurs apporte certaines difficultés au diagnostic clinique.
Ces dernières années, les avantages des mNGS émergents ont été soulignés, en particulier leurs taux de détection élevés contre des agents pathogènes rares et de faible abondance sur divers sites d’échantillonnage et types d’échantillons. [20, 21]. Les résultats du mNGS ont été interprétés différemment selon les sites : dans les sites traditionnellement considérés comme stériles comme le système nerveux central ou les voies respiratoires inférieures, des lectures limitées pourraient étayer le diagnostic. Cependant, il manque des normes uniformes ou un consensus d’experts en ce qui concerne les sites de colonisation bactérienne tels que la peau. [22, 23]. L’interprétation des résultats de ces sites devrait dépendre d’une évaluation et d’une analyse conjointes par les médecins et les institutions de séquençage. [24].
Une étude axée sur les infections de la peau et des tissus mous (SSTI) a démontré que le mNGS est plus efficace que les cultures traditionnelles, notamment en termes de sensibilité de détection d’agents pathogènes rares ou mixtes. [25]. En raison des conditions de culture particulières ou de la faible capacité de survie de ces agents pathogènes rares, le mNGS pourrait présenter une meilleure sensibilité et un meilleur taux de détection que la culture conventionnelle. Pour un échantillon de patient spécifique, mNGS fournit un dépistage impartial et complet des spectres d’agents pathogènes. Cela aide les médecins à procéder à une première évaluation, en particulier lorsque la cause reste incertaine. Cependant, dans certains cas, comme l’indiquent nos cas, les résultats du mNGS peuvent ne pas être cohérents avec la situation réelle et ne pas répondre aux besoins du diagnostic. Sa capacité à détecter et identifier les MNT dans les SSTI ne doit pas être surestimée. Sur les six cas, des résultats de culture et de mNGS négatifs ont été trouvés respectivement dans zéro et quatre cas. Cela peut être dû au fait que d’autres bactéries colonisatrices de la peau ont interféré avec la détection des séquences de NTM, ou cela peut être dû à la faible charge de NTM et aux caractéristiques de la structure bactérienne. Cependant, il est satisfaisant que les mycobactéries responsables détectées par le mNGS correspondent à celles détectées par MALDI-TOF MS en culture, ce qui suggère qu’une fois que le mNGS a un résultat positif, il peut être utilisé comme un bon témoignage des méthodes de test traditionnelles.
En raison de la complexité des résultats mNGS, les agents pathogènes détectés peuvent perturber le diagnostic clinique. Les résultats insatisfaisants du mNGS pourraient être attribués à une combinaison de facteurs, notamment le traitement initial de l’échantillon, la profondeur du séquençage et la dépendance à l’égard de la base de données. Les orientations d’optimisation suivantes peuvent améliorer la valeur du mNGS en tant qu’approche diagnostique du SSTI. Avant la décision d’utiliser le mNGS, les sites d’échantillonnage appropriés et les agents pathogènes suspectés doivent être identifiés en conjonction avec les méthodes de diagnostic traditionnelles, les symptômes cliniques et les résultats d’imagerie. Le derme profond, les tissus sous-cutanés ou le pus profond et le liquide tissulaire doivent être utilisés pendant le prélèvement des échantillons afin d’éviter l’interférence des bactéries colonisatrices superficielles pour le séquençage. La normalisation du processus de stockage, de transport et de séquençage pourrait potentiellement réduire la perte d’informations. Enfin, la construction de bases de données doit être renforcée en permanence pour fournir un support technique. En conclusion, le mNGS doit toujours être considéré comme un outil complémentaire aux méthodes de diagnostic traditionnelles plutôt que comme un outil de remplacement.
Il existe encore certaines limites à notre étude. Les patients proviennent de la même région et la taille de l’échantillon n’est pas suffisamment grande, ce qui entraîne un manque de généralisabilité des conclusions pertinentes. Les patients infectés par NTM dans d’autres régions doivent être évalués en combinant plusieurs méthodes pour obtenir des conclusions plus précises sur la signification du mNGS. Bien que le mNGS ait montré sa valeur, il impose une certaine exigence en termes de coût et de plate-forme technologique, ce qui conduit à son application limitée à des groupes spécifiques de personnes. [26]. Cela a également limité la portée de notre étude.
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