Influence de l’industrialisation sur les microbes que les bébés partagent avec leur mère

L’origine du microbiome humain commence à la naissance, lorsque les premiers micro-organismes qui peuplent notre corps sont principalement acquis de la mère. Jusqu’à présent, il a été étudié comment le type d’accouchement (naturel ou césarienne), la prophylaxie antibiotique et le mode d’alimentation, notamment l’allaitement, modulent la transmission du microbiome de la mère à l’enfant. Cependant, d’autres facteurs clés tels que les modes de vie occidentalisés, avec une hygiène élevée, des régimes alimentaires riches en calories et des environnements urbains, par rapport aux modes de vie non occidentalisés et plus ruraux, n’avaient pas encore été analysés.

Aujourd’hui, une équipe de recherche internationale co-dirigée par Nicola Segata (Université de Trente en Italie), Edoardo Pasolli (Université de Naples en Italie) et María Carmen Collado (Institut d’agrochimie et de technologie alimentaire (IATA), du Conseil supérieur des sciences Research (CSIC) en Espagne), a exploré l’échange de microbiome mère-enfant à travers l’analyse métagénomique de plus de 700 échantillons de nouveau-nés (moins d’un an), d’enfants jusqu’à 12 ans et de leurs mères, obtenus en Éthiopie , et en les comparant avec d’autres pays comme le Ghana et la Tanzanie, ainsi que d’autres pays plus industrialisés comme l’Italie et la Suède.

Les résultats de l’étude montrent que la composition des microbiomes des nouveau-nés occidentaux et non occidentaux se chevauchent au cours des premiers mois de la vie plus que plus tard, reflétant des régimes initiaux similaires à base de lait maternel. Cependant, “les bébés éthiopiens et autres bébés non occidentaux partageaient une plus petite fraction du microbiome avec leurs mères que la plupart des populations occidentalisées”, révèle Collado. Plus précisément, les bébés éthiopiens partagent moins de 5% des micro-organismes avec leurs mères (en ligne avec d’autres pays africains), contre 29% partagés par les bébés occidentaux.

La raison de cette différence n’est pas claire pour les chercheurs, mais il semble que les facteurs environnementaux jouent un rôle. « Dans la zone d’étude de l’Éthiopie, les maisons sont construites avec de la boue et la famille vit avec des animaux à l’intérieur de la maison. Dans les zones industrielles, il y a moins d’impact environnemental (les bébés naissent à l’hôpital, les désinfectants sont utilisés à la maison, etc.) », argumente le chercheur.

Source d’eau potable par des chercheurs du CSIC en Éthiopie. (Photo : César Hernández / CSIC)

Diversité accrue du microbiome infantile en Éthiopie

Une autre différence significative trouvée dans la recherche est la plus grande diversité de microbiomes trouvés chez les bébés éthiopiens, les espèces microbiennes non caractérisées représentant une fraction plus importante que les autres. “Nous avons identifié des espèces non caractérisées appartenant aux familles Selenomonadaceae et Prevotellaceae, spécifiquement présentes et partagées uniquement dans la cohorte éthiopienne”, précise le chercheur du CSIC. Escherichia coli et Bifidobacterium spp. ce sont les espèces les plus partagées dans les microbiomes des enfants européens. Les échantillons d’Éthiopie proviennent de la collaboration avec Mari Olcina (Université de Valence), MOSSolidaria ONGD et l’équipe du projet GeNaPi, qui comprend du personnel du CSIC et de l’Université de Valence.

Selon l’équipe de recherche, un aliment fermenté produit localement, le pain plat éthiopien appelé “injera” (fabriqué avec de la farine de céréale locale, ou teff), pourrait contribuer à la plus grande diversité observée dans l’intestin des nourrissons éthiopiens avec des bactéries provenant du l’environnement et/ou les aliments fermentés.

Il s’agit de la première étude portant sur l’échange de micro-organismes mère-enfant dans les communautés non occidentales, selon les chercheurs. Pris ensemble, leurs résultats mettent en évidence le fait que le régime alimentaire et le mode de vie habituels peuvent affecter la composition du microbiome intestinal non seulement par des différences de régime alimentaire, de consommation de médicaments et de facteurs environnementaux, mais également par leur effet sur les schémas de distribution des souches mère-enfant. .

“Bien que le régime alimentaire puisse être un facteur déterminant dans la formation du microbiome infantile, nos résultats sur l’échange mère-enfant de Prevotellaceae spp. ils ne pouvaient pas exclure que la transmission maternelle au cours de la petite enfance puisse également contribuer à la divergence de la composition du microbiote associé aux communautés non occidentales », souligne Collado.

L’étude est intitulée “Les sources microbiennes maternelles et alimentaires façonnent le microbiome infantile d’une population éthiopienne rurale”. Et il a été publié dans la revue académique Current Biology. (Source : SCCI)