2024-11-13 19:00:00
De nombreuses maladies liées aux bactéries, telles que les maladies inflammatoires de l’intestin ou le cancer colorectal, sont associées à une prolifération de bactéries intestinales considérées comme « mauvaises ». Cependant, une étude publiée dans la revue ‘Cellule» montre que l’évolution de la charge microbienne, plutôt que la maladie, pourrait être le facteur à l’origine de la présence de ces espèces nuisibles associées à des pathologies.
Traditionnellement, on croyait que certaines bactéries étaient directement nocives et responsables de ces pathologies, mais la nouvelle analyse montre que la charge microbienne, influencée par des facteurs tels que l’âge, l’alimentation, le sexe, le pays d’origine et l’utilisation d’antibiotiques, est ce qui explique en grande partie l’apparition de signatures bactériennes typiques dans les échantillons de patients, sans nécessairement être liées à la maladie elle-même.
Cette découverte redéfinit le rôle des microbes dans les conditions de santé et de maladie. Peer Bork, du EMBL de Heidelberg et l’un des auteurs de l’étude, dit que l’équipe a été surprise de voir que de nombreuses bactéries qui semblaient liées à des maladies étaient mieux expliquées par des variations de la charge microbienne, ce qui suggère que ces microbes sont davantage associés à des symptômes tels que la constipation ou la diarrhée qu’à avec la maladie elle-même.
La charge microbienne est un concept important dans le microbiome, mais les études expérimentales qui la mesurent sont souvent coûteuses et complexes. À l’aide de modèles d’apprentissage automatique prédictifs, l’équipe a réussi à surmonter cette limitation en développant une méthode qui estime la charge microbienne fécale en fonction de la composition du microbiome. Cela nous a permis d’explorer les différences de charge microbienne dans un large éventail d’études sur la santé et les maladies à l’aide de vastes bases de données métagénomiques.
Pour l’étude, les chercheurs ont analysé des milliers de métagénomes et des données expérimentales sur la charge microbienne des projets européens GALAXY et MicrobLiver, ainsi que de MetaCardis.
Cette technique permet à d’autres études sur le microbiome de prédire la charge microbienne sans avoir besoin de la mesurer expérimentalement.
Bien que l’étude n’établisse pas de causalité ni ne révèle de mécanismes d’action précis, elle ouvre la porte à de futures recherches axées sur l’identification de bactéries directement liées aux maladies, ainsi que sur l’adaptation de ce modèle prédictif à d’autres environnements tels que les microbiomes marins et terrestres.
Le modèle, explique Baltasar Mayo, professeur de Recherche CSIC à l’Institut des Produits Laitiers des Asturies (IPLA-CSIC) un Science Media Center n’établit pas de relations causales entre la charge microbienne totale et les maladies, mais les auteurs pensent que cette charge microbienne totale peut être un élément confondant de grande importance pour l’association des maladies et des microbes intestinaux. «La prise en compte de cette charge microbienne totale pourrait nous permettre de nous concentrer spécifiquement sur quelques espèces clés pour chaque maladie. Autrement dit, il n’a pas d’utilité pratique immédiate, mais il peut être d’une grande importance pour des études ultérieures portant sur ces associations entre microbes et maladies », ajoute-t-il.
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