2024-10-30 08:00:00
Les bactéries résistantes aux antibiotiques tuent environ 1,3 million de personnes dans le monde chaque année et contribuent à la mort de 5 millions de personnes supplémentaires, selon les données des Nations Unies. D’ici 2050, prévient une étude récente publiée dans La Lancettela résistance bactérienne fera plus de 39 millions de victimes. Cette urgence doit être abordée par une approche multiforme, combinant la recherche de nouvelles molécules et une gestion de plus en plus prudente des ressources antibiotiques existantes. C’est ce qu’il explique dans l’essai Bactéries résistantes (éd. Il Mulino, pp. 150, 15 euros) Michele Bartolettichef de l’unité des maladies infectieuses à l’hôpital de recherche IRCCS Humanitas et professeur agrégé de maladies infectieuses à l’université Humanitas.
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Pourquoi les bactéries sont-elles de plus en plus résistantes aux antibiotiques ?
Au cours des dernières décennies, la médecine a réalisé des progrès très importants dans les domaines chirurgical, cardiologique et oncologique : il est aujourd’hui possible de guérir et de chroniquer des maladies graves, ce qui permet de prolonger la vie des patients. Cependant, cela s’accompagne d’un risque accru de développer des infections : plus on intervient sur le corps, plus le risque de développer des infections dans les hôpitaux augmente. Cela signifie que, inévitablement, lorsque les patients présentent un risque minime de complication, ils sont souvent traités avec des antibiotiques, peut-être à « large spectre », qui tentent de tuer le maximum de bactéries. Cette utilisation massive d’antibiotiques dans les hôpitaux a conduit les bactéries qui, en tant qu’êtres vivants, tentent de survivre, à développer des résistances. Les bactéries se multiplient beaucoup plus rapidement que les animaux et développent donc des mutations qui peuvent les rendre résistantes beaucoup plus rapidement que les autres organismes vivants. Un autre facteur crucial a été l’utilisation (et l’abus) d’antibiotiques aux niveaux vétérinaire et agricole.
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Comment les bactéries deviennent-elles résistantes ?
Lorsque nous administrons un antibiotique, il peut arriver que toutes les bactéries ne succombent pas : celles qui survivent sont équipées pour résister et, en se reproduisant, elles génèrent d’autres bactéries résistantes à cet antibiotique. C’est le mécanisme le plus banal. Mais il en existe des plus sophistiquées : si des bactéries résistantes à un médicament entrent en contact avec d’autres bactéries, elles peuvent échanger du matériel génétique et les autres bactéries peuvent ainsi acquérir une résistance à ce médicament donné. Chez les bactéries à Gram positif comme Staphylococcus aureus, le mécanisme de résistance le plus connu est l’altération de certaines fissures de la paroi cellulaire qui servent d’ancrage aux pénicillines : elles ne se fixent donc pas et perdent de leur efficacité. Un autre mécanisme est la production d’enzymes (appelées bêta-lactamases ou BLSE) qui détruisent l’antibiotique. Dans ce cas, une solution consiste à administrer un antibiotique (comme l’amoxicilline) avec un inhibiteur de BLSE, comme l’acide clavulanique. Certaines bactéries se défendent cependant avec des « pompes à efflux », des molécules qui agissent comme des « videurs », expulsant l’antibiotique avant qu’il ne puisse agir.
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Quelles sont les bactéries les plus dangereuses en Italie aujourd’hui ?
Les souches qui causent actuellement le plus de décès en Italie sont les souches à Gram négatif, et surtout lesE. coliqui est producteur de BLSE et résiste donc aux antibiotiques bêta-lactamines, comme les céphalosporines de troisième génération. Un autre problème concerne les Gram négatifs résistants aux carbapénèmes, une autre classe d’antibiotiques. Et en général, il est également important de se rappeler que Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus.
Cependant, avons-nous plusieurs de ces bactéries dans notre corps, même lorsque nous sommes en bonne santé ?
Généralement, dans l’intestin, nous avons à la fois leE. coli que Klebsiella, une bactérie qui fait partie des principaux producteurs de résistance aux carbapénèmes. Ils font partie de notre microflore. Cependant, dans certaines situations, ils sont la principale cause d’infections – en particulier d’infections urinaires dans la population générale, mais à l’hôpital, ils peuvent devenir la cause de septicémies, de pneumonies ou en tout cas d’infections disséminées.
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Comment se déroule la recherche ?
L’industrie a sous-estimé le phénomène depuis des décennies. Nous avons eu les premiers signes de cette crise en Italie entre 2010 et 2012, lorsque sont apparues des souches bactériennes résistantes à pratiquement tout, qui ont causé, selon la Société européenne des maladies infectieuses, environ 13 000 décès en un an. Avec cette crise, l’industrie s’est remise sur les rails, quoique tardivement : l’OMS espérait avoir jusqu’à 10 nouvelles classes d’antibiotiques d’ici 2035, mais cela n’arrivera pas parce que nous n’avons pas beaucoup d’essais en cours. Aujourd’hui, cependant, nous voyons les premiers fruits de ce travail : nous disposons d’une dizaine de nouveaux médicaments qui nous permettent de très bien traiter certaines infections qui, jusqu’à il y a 5 ans, étaient presque incurables. Nous parvenons actuellement à guérir au moins 95 % de toutes les infections bactériennes. Mais le problème demeure, car les nouveaux médicaments fonctionnent pour le moment, mais nous ne savons pas pour combien de temps. Il s’agit pour la plupart de nouvelles molécules appartenant à des classes déjà connues, associées à des composés qui inhibent la résistance bactérienne : il serait différent (et bien meilleur) d’avoir de nouvelles classes de médicaments. Parce que lorsqu’une bactérie devient résistante à un antibiotique, elle devient résistante à presque toute la classe de cet antibiotique. Parmi les médicaments qui viennent d’entrer sur le marché, il existe des innovations intéressantes, par exemple celui qui utilise des canaux de fer pour pénétrer dans la cellule bactérienne et n’est donc pas affecté par les stratégies avec lesquelles les bactéries expulsent les menaces.
Existe-t-il d’autres voies prometteuses en dehors des antibiotiques ?
Tout d’abord, les vaccins : si nous en créions capables de neutraliser ces bactéries, nous n’aurions pas besoin d’utiliser d’antibiotiques et le développement de résistances serait ralenti. Il existe ensuite les thérapies « phagiques », qui font appel à certains virus bactériophages (inoffensifs pour l’homme), capables de tuer les bactéries. Et nous essayons d’utiliser, notamment dans des situations particulièrement difficiles, ces virus, peut-être conçus et dirigés contre des bactéries spécifiques. Et l’utilisation des « bonnes bactéries », ou microbiote intestinal, suscite beaucoup d’intérêt.
L’intelligence artificielle jouera-t-elle un rôle ?
Il pourra aider le médecin à comprendre quels patients ont une infection résistante aux antibiotiques et à prédire d’éventuelles complications. L’IA pourrait également aider à étouffer de petites épidémies dans les hôpitaux causées par des bactéries multirésistantes. La frontière la plus avancée est l’utilisation de l’IA pour accélérer la découverte de nouveaux médicaments : comme l’ont récemment fait des chercheurs du MIT, en identifiant une molécule efficace contre un pathogène multirésistant présent dans les hôpitaux, leAcinétobactérie étudiants.
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