FIGURE 5
Cours de temps pour χ1 angle, x2 angle de His161 et valeur de l’axe GF pendant la simulation MD. (UN) Tracé typique pour la simulation MD sur le complexe F1/sWT. La valeur de l’axe GF exprime le degré de forme F dans la conformation globale de la molécule et correspond à l’angle de flatteur ; les valeurs d’angle moyennes de la forme F et de la forme G sont respectivement de 15° et 4,5° (Oda et al., 2019). χ positif et négatif1 les valeurs d’angle indiquent respectivement gauche-plus, confirmation inversée et gauche-moins, confirmation non inversée. χ1 l’angle est de ∼69° (conformation retournée). χ2 l’angle exprime la rotation du cycle imidazole de His161 et est maintenu à ∼−71°. (B) Tracé typique pour la simulation MD sur le complexe F1/A108G avec Nd1-His161 protoné (δ-tautomère). La simulation a montré le cycle imidazole inversé immédiatement après le début de la simulation MD (flèche rouge) et a ensuite maintenu l’orientation à l’envers ; χ2 l’angle est ∼−87° pour 1–10 ns et est ∼96° pour 20–300 ns. Cependant, le χ1 l’angle est maintenu à ∼−73° (conformation non inversée). (C) Tracé typique pour la simulation MD sur le complexe F1/A108G avec Ne2-His161 protoné (ε-tautomère). Le x1 l’angle est ∼−63° à 20–120 ns/260–290 ns (conformation non inversée) et ∼43° à 120–220 ns (conformation inversée). Le χ2 l’angle dans la conformation inversée est d’environ 105 ° (à l’envers), dont la valeur est différente de celle de la forme F de WT. (D) Site actif de A108G dans le complexe F1/A108G avec Nd1-His161 protoné (δ-tautomère). Structure cristalline raffinée à l’envers H161 (vert) et structure MD après 300 ns (cyan). Les deux structures ont été jumelées par les atomes de la chaîne principale de Gly108, Pro109, Gln137, Asp154, His161 et Arg177. (E) Instantanés de la simulation MD sur le complexe F1/A108G avec Ne2-His161 protoné (ε-tautomère) à 10 ns (flèche verte dans le panneau C) et 180 ns (flèche cyan dans le panneau C). Les deux structures ont été appariées par l’atome de la chaîne principale de Gly108, Pro109, Gln137, Asp154, His161 et Arg177. Au cours de la simulation MD, la chaîne latérale flexible d’Arg177 s’est fréquemment dissociée du site de liaison. La chaîne latérale de Arg177 semblait occasionnellement restreindre la fluctuation du cycle de His161. La flèche rouge montre la correspondance entre deux états et n’est pas le sens de rotation du retournement. (F) Conformations de Pro109 et His161 observées dans la simulation MD sur A108G (ε-tautomère). Des chaînes latérales de Pro109 (cyan : ϕ = −65° et φ = 143°, magenta : ϕ = −83° et φ = 175°, où ϕ et φ sont les angles dièdres de G108) ont été dessinées sur la structure cristalline de A108G (A108G_AMPPNP, vert : ϕ = −75° et φ = 153°). Les structures ont été alignées à l’aide du Cuns des résidus 108–110 et 160–162. Les chaînes latérales de Pro109 et His161 dans le cristal ne se heurtent pas. Cependant, lorsque la chaîne latérale de His161, χ2s’inverse dans la conformation non retournée (jaune ; χ1 = −77,8° et χ2 = 83,4°), ce qui a été très rarement observé dans les simulations MD, les deux chaînes latérales (jaune et magenta) se heurtent.
