Dans une étude récente publiée dans Microbe à lancette, les chercheurs comparent le potentiel des tests de génotypage par réaction en chaîne par polymérase-transcriptase inverse (RT-PCR) en temps réel avec le séquençage du génome entier (WGS) pour une surveillance à haut débit, précise et rapide du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV -2) variantes.
Étude: Tests de génotypage RT-PCR pour identifier les variantes du SRAS-CoV-2 en Angleterre en 2021 : une étude de conception et d’évaluation rétrospective, Crédit d’image : tilialucida/Shutterstock.com
Arrière-plan
Le génome du SRAS-CoV-2 a muté rapidement au fil du temps, donnant lieu à plusieurs variantes préoccupantes (VOC), qui, à leur tour, ont continuellement modifié la trajectoire épidémiologique de la maladie 2019 (COVID-19) à l’échelle mondiale.
Le WGS reste la référence en matière d’identification et de caractérisation génétique des variantes du SRAS-CoV-2 ; cependant, cette approche s’est avérée moins efficace pour lancer une réponse rapide de santé publique, compte tenu de son délai d’exécution d’une à deux semaines et d’autres limitations techniques, logistiques et financières.
À ce jour, le potentiel d’une surveillance à haut débit des variantes du SRAS-CoV-2 a été sous-étudié. En fait, la plupart des études antérieures se concentraient uniquement sur le développement et l’utilisation d’efforts de surveillance auprès de groupes de population spécifiques.
Les tests de génotypage RT-PCR pour la surveillance du SRAS-CoV-2 au niveau de la population pourraient compléter le WGS en offrant une évolutivité accrue à moindre coût, une plus grande précision et un rythme rapide.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont développé des algorithmes de décision pour surveiller et évaluer le génotypage dans le système de surveillance de deuxième génération (SGSS) de l’Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni (UKHSA).
Un total de 115 934 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 entre mars et septembre 2021 ont été analysés, dont 2 674 répondaient aux critères pour faire partie d’un panel de tests de génotypage RT-PCR. Trois mesures de la précision de l’attribution des variantes et leurs intervalles de confiance (IC) à 95 % associés ont été évalués pour tous les échantillons afin d’évaluer les changements au fil du temps.
La première mesure était la sensibilité, qui reflétait la proportion d’échantillons présentant des variantes identifiées par le WGS, qui était également correctement classée par l’algorithme de décision. La deuxième mesure était la spécificité, définie comme la proportion d’échantillons que WGS n’a pas classés comme variantes mais classés par l’algorithme de décision.
La troisième et dernière mesure était une valeur prédictive positive [PPV], qui reflète la proportion d’échantillons pour lesquels WGS a confirmé la classification de l’algorithme de décision. La rapidité des résultats, le coût et la capacité accrue des tests RT-PCR par rapport au WGS ont également été déterminés.
Pour évaluer l’opportunité de la surveillance des variantes, les chercheurs ont calculé le temps entre la date de prélèvement de l’échantillon RT-PCR-positif et la disponibilité des résultats de génotypage et du WGS pour les résultats des variantes appariées. Ces données ont été présentées sous forme de décalages temporels moyen (SD) et médian (IQR) et stratifiées par semaine pour explorer les changements dans l’actualité.
Résultats de l’étude
Les tests de génotypage RT-PCR ont permis une caractérisation rapide et améliorée des modèles de transmission et des facteurs de risque du SRAS-CoV-2. Ces tests étaient associés à un degré élevé de précision, étant moins gourmands en ressources que le WGS, des délais d’exécution plus courts et une plus grande flexibilité d’adaptation.
L’algorithme de décision d’avril avait des sensibilités et des VPP de 0,99, 1 et 0,91 (IC à 95 %) pour les variantes Alpha, Beta et Gamma du SRAS-CoV-2, respectivement, avec des spécificités de 0,97, 1,00 et 1,00, respectivement, pour l’affectation de variantes.
L’algorithme de décision ultérieur est resté précis pour l’attribution des variantes, avec des sensibilités de 0,91, 0,98 et 0,93 pour les variantes virales Beta, Delta et Gamma, respectivement. Ces variantes étaient associées à des VPP de 0,83, 1,00 et 0,78, respectivement, et à des spécificités de 1,00, 0,96 et 1,00, respectivement.
Lors de l’émergence de nouveaux variants, ces tests ont aidé les professionnels de la protection de la santé de première ligne à relier rapidement les cas les uns aux autres et à des locaux spécifiques, facilitant ainsi une action rapide de santé publique pour prévenir une transmission ultérieure. Les tests de génotypage ont également rapidement mis en évidence les cas de voyage à l’origine de l’importation, facilitant finalement la domination du Delta VOC.
Les taux de cas Delta ont doublé tous les 4,5 jours dans certaines régions du Royaume-Uni au cours de la période d’étude. Les tests de génotypage ont non seulement contribué à l’identification rapide des variants, mais ont également permis une évaluation plus rapide de leur pouvoir infectieux, de leur transmissibilité et de leur gravité que le WGS.
Les tests de génotypage RT-PCR ont rapporté une attribution probable de variantes en moyenne trois jours après la date de prélèvement de l’échantillon, contre neuf jours pris par WGS. De plus, la flexibilité des tests de génotypage RT-PCR a permis de multiplier par neuf le nombre d’échantillons testés, passant de 5 000 à 45 000.
Il est important de noter que maximiser les avantages d’une approche de génotypage nécessite de prioriser efficacement les échantillons qui bénéficieraient le plus de l’attribution de variantes.
Conclusions
Les tests de génotypage RT-PCR ont démontré le potentiel d’une surveillance à haut débit des variantes du SRAS-CoV-2 pour compléter le WGS, en particulier lorsque les variantes ne changent pas rapidement. Compte tenu de leur vitesse plus élevée, de leur flexibilité et de leur coût relativement faible, ces tests pourraient guider la modélisation de maladies spécifiques aux variantes et la gestion différentielle des cas en fonction des variantes à l’échelle mondiale. Cette approche de dépistage pourrait également éclairer l’action et les politiques de santé publique, notamment les restrictions de voyage et le moment des programmes de vaccination.
Référence du journal :
- Bray, N., Sopwith, W., Edmunds, M., et coll. (2024). Tests de génotypage RT-PCR pour identifier les variantes du SRAS-CoV-2 en Angleterre en 2021 : une étude de conception et d’évaluation rétrospective. Microbe lancette. est ce que je:10.1016/S2666-5247(23)00320-8
2024-01-25 07:43:00
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