Quiconque a passé du temps dans une unité de soins intensifs néonatals (UNSI) sait que c’est intense.
Pour les petits bébés soignés dans ces services, toute infection pourrait s’avérer mortelle. Un grand soin est pris pour empêcher la propagation d’agents pathogènes, mais des épidémies continuent de se produire.
Traditionnellement, la détection des épidémies au sein d’une USIN était réactive – uniquement lorsque plusieurs bébés tombaient malades en même temps.
Nos recherches fait progresser l’utilisation des technologies de séquençage du génome entier pour détecter précocement les épidémies et éradiquer les bactéries avant qu’elles ne menacent davantage de bébés.
De réactif à proactif
La surveillance des épidémies à l’USIN implique généralement de surveiller les taux de maladie et d’identifier les pics et les tendances à long terme qui peuvent indiquer qu’un agent pathogène circule dans le service.
Lorsqu’une épidémie potentielle est identifiée, les bactéries peuvent être cultivées et séquencées rétrospectivement pour déterminer si elles peuvent être liées à une source partagée ou à une transmission dans le service.
L’Hôpital régional de Wellington a modifié son approche en matière de surveillance des infections à l’USIN. Plutôt que d’attendre que les nourrissons tombent malades, ils utilisent la même technologie de séquençage que celle que nous avons développée à l’Institut des sciences et de la recherche environnementales (RSE) pour le suivi des contacts génomiques pendant la pandémie de COVID.
Les nourrissons de l’unité subissent des prélèvements diagnostiques sur écouvillon dans le cadre de la pratique de routine. Si des bactéries clés sont cultivées à partir de ces échantillons, elles sont séquencées rapidement pour identifier d’éventuels événements de transmission en temps quasi réel. Cela nous permet de surveiller la situation de près et de réagir rapidement aux épidémies émergentes.
Le séquençage du génome permet aux équipes des USIN de surveiller les bactéries infectieuses avant que les bébés ne tombent malades.
Getty Images
Étant donné que tous les nourrissons porteurs d’une souche bactérienne particulière ne souffriront pas d’une infection grave, cette approche proactive permet de détecter une épidémie avant qu’un bébé ne tombe malade.
Ce niveau de détail permet une surveillance précise des infections et des décisions rapides et éclairées sur le contrôle des épidémies.
Une étude de cas
Ce changement a été récemment testé lorsque la surveillance génomique proactive a montré deux nourrissons à l’USIN avaient des infections oculaires causée par le même organisme, une souche rare de maladie résistante à la méthicilline Staphylocoque doré (SARM).
Le SARM est connu pour sa résistance aux antibiotiques courants, ce qui le rend particulièrement dangereux dans les hôpitaux.
Le séquençage sur place a montré que les deux cas étaient probablement liés. Les priorités étaient de déterminer si d’autres nourrissons étaient touchés et de limiter le plus rapidement possible la propagation de l’agent pathogène. Le dépistage des nourrissons à l’USIN a révélé que six autres étaient porteurs de la même souche de SARM (mais aucun ne présentait une maladie grave).
Cela signifiait que ces nourrissons pouvaient être isolés rapidement et que l’épidémie était contenue avant que d’autres ne développent une infection significative. L’expérience de l’ESR en tant que traceur de contact génomique a permis d’établir comment ces infections se sont propagées dans l’unité.
Une réponse à une épidémie nécessite des ressources et implique plusieurs étapes, depuis la confirmation initiale de l’infection et de sa voie de transmission jusqu’à la communication avec les parents.
Cette approche proactive de la surveillance des infections fournit un système d’alerte précoce. Cela signifie que l’équipe de l’USIN peut être sûre qu’une épidémie est en cours et agir rapidement pour la contenir.
SARM en Nouvelle-Zélande
La puissance du séquençage du génome s’étend au-delà du contrôle immédiat de l’épidémie.
En comparant les données génomiques générées en laboratoire à celles collectées dans le cadre de projets de surveillance nationaux, notre équipe a pu montrer que la souche à l’origine des infections oculaires pourrait avoir émergé au début des années 1990.
Cette souche a lentement accumulé les gènes nécessaires pour échapper aux antibiotiques de premier choix, renforçant ainsi le risque de bactéries résistantes aux antibiotiques à Aotearoa en Nouvelle-Zélande.
Les données suggèrent que les bactéries provenant d’un tank à lait de vache et de bébés hospitalisés pourraient avoir partagé un ancêtre commun à un moment donné.
Objectif futur
Alors que nous continuons à découvrir le monde complexe des microbes, des outils tels que le séquençage du génome entier offrent de l’espoir dans la lutte en cours contre les maladies infectieuses. Le travail à l’USIN de l’Hôpital régional de Wellington n’est qu’un début.
De la protection de nos nouveau-nés les plus vulnérables à la découverte de liens improbables entre les animaux de ferme et les patients hospitalisés, la technologie génomique change la façon dont nous combattons les maladies infectieuses.
À mesure que cette technologie continue d’évoluer, elle promet de jouer un rôle de plus en plus crucial dans la protection de la santé publique, une séquence d’ADN à la fois.
Face à la résistance croissante aux antibiotiques et aux pathogènes émergents, cette approche proactive du contrôle des infections basée sur la génomique pourrait bien être notre meilleure défense.
Nous tenons à remercier les contributions de Max Bloomfield et des équipes d’Awanui Labs, ainsi que d’Emma Voss et de l’équipe de Livestock Improvement Corporation.
#séquençage #génome #développé #pour #tracer #COVID #protège #désormais #les #bébés #soins #intensifs #contre #les #maladies #infectieuses
