2024-05-01 16:46:01
Dans une étude récente publiée dans la revue eMédecineCliniqueles chercheurs évaluent la relation entre la colonisation des voies urinaires, le microbiote intestinal et les infections récurrentes des voies urinaires (rUTI).
Étude: Corrélations du microbiome intestinal avec les infections récurrentes des voies urinaires : une étude longitudinale et multicentrique. Crédit d’image : mi_viri/Shutterstock.com
Quelles sont les causes des infections urinaires ?
On estime que 250 millions de personnes dans le monde sont touchées par des infections des voies urinaires (IVU). Aux États-Unis, 60 % des femmes et 13,7 % des hommes souffrent d’une infection urinaire au cours de leur vie.
De plus, 24 % des femmes touchées connaissent un épisode récurrent dans les six mois. Les infections urinaires sont le plus souvent causées par des causes uropathogènes. Escherichia coli (UPEC).
Chez les personnes en bonne santé, le microbiote intestinal commensal peut fournir une résistance à la colonisation en modulant l’immunité de l’hôte ou par exclusion compétitive. Une exposition répétée aux antimicrobiens dans les infections urinaires peut augmenter la susceptibilité à la colonisation par UPEC.
Une étude récente a révélé une richesse microbiologique intestinale appauvrie chez les femmes atteintes d’UTIr ; cependant, le rôle de l’UPEC dans le microbiome et les facteurs contribuant à la récidive restent flous.
À propos de l’étude
La présente étude a examiné la relation entre le microbiote intestinal, la colonisation des voies urinaires et les infections urinaires. Patients présentant une infection urinaire symptomatique et une culture d’urine positive pour Entérobactériennes ont été incluses.
Les individus ont été exclus s’ils portaient des dispositifs intra-abdominaux, plus d’un organisme dans l’urine, des cas récurrents. Clostridiodes difficile infection, perturbation de la muqueuse intestinale, grossesse, maladie du côlon irritable et calculs rénaux. Les cultures d’urine présentant une croissance insuffisante selon les normes cliniques ont également été exclues.
Les patients ont été interrogés pour collecter des données sur les symptômes, le traitement et les antécédents médicaux. Les patients ont fourni des échantillons d’urine et de selles au moment du recrutement, à la fin du traitement et à plusieurs moments après le traitement. Les patients ont été autorisés à poursuivre l’étude après leur premier épisode récurrent.
Les échantillons de selles traitées ont été répartis sur une gélose sélective spécifique à l’organisme résistant aux antibiotiques identifié par le patient. L’ADN métagénomique a été extrait pour préparer des bibliothèques de séquençage.
Les bibliothèques ont été regroupées et séquencées jusqu’à une profondeur de cinq millions de lectures, les lectures résultantes étant débarrassées des adaptateurs et dépourvues de toute contamination humaine. Des tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) ont également été effectués.
L’association entre la résistance et la colonisation des voies urinaires a été évaluée à l’aide de la régression logistique à biais réduit de Firth. Un épisode d’infection urinaire était classé comme colonisé par UPEC si le même E. coli la lignée a été récupérée à partir d’échantillons ou tous les isolats des échantillons appartenaient à la même lignée. Des modèles statistiques univariés et multivariés ont été utilisés pour explorer la relation entre la colonisation uropathogène et le risque d’UTIr.
Résultats de l’étude
Au total, 125 patients ont été inclus dans l’étude, dont 47 ont eu une infection urinaire dans les six mois. Douze patients ont eu une deuxième récidive, tandis que sept ont eu une troisième récidive.
Environ 93 % des participants à l’étude étaient des femmes et environ 93 % des épisodes d’infections urinaires étaient causés par E. coli. La durée médiane de suivi était de 155 jours. Environ 5 % des patients étaient hospitalisés au moment de l’inscription. Une urine trouble et des douleurs/brûlures pendant la miction étaient les symptômes les plus courants.
La nitrofurantoïne, la céphalosporine et la pénicilline étaient les plus couramment utilisées pour traiter les infections urinaires. Au total, 644 échantillons de selles provenant de 106 patients ont été séquencés, dont 331 et 313 échantillons ont été obtenus respectivement auprès de patients avec et sans récidive.
Les échantillons d’inscription ont été regroupés avec les échantillons rUTI publiés d’une autre étude sous le nom « UTI ». Des échantillons provenant d’adultes en bonne santé ont été utilisés à des fins de comparaison.
Les échantillons d’UTI présentaient une richesse en espèces inférieure à celle des échantillons sains. De plus, la composition du microbiote au niveau des espèces n’était pas significativement différente entre les échantillons sains et les échantillons UTI.
Onze taxons intestinaux au niveau du genre étaient différentiellement abondants entre les échantillons sains et les échantillons UTI, alors que neuf étaient épuisés dans les échantillons UTI. Les échantillons d’infection urinaire présentaient une abondance significativement plus élevée de gènes de résistance aux antimicrobiens.
Les microbiomes intestinaux du premier épisode d’IVU ont été comparés pour explorer les différences entre les échantillons rUTI et non-rUTI. Cette analyse n’a identifié aucune différence dans la diversité et la richesse de Shannon entre ces groupes.
De plus, la richesse en espèces était plus faible pendant le traitement mais augmentait significativement entre sept et 14 jours après le traitement. À cette époque, les microbiomes intestinaux des patients colonisés des voies urinaires étaient également distincts de ceux des patients non colonisés.
La structure taxonomique du microbiome intestinal ne différait pas à d’autres moments. Paraprevotella xylaniphila et E. coli étaient les seuls taxons intestinaux significativement enrichis chez les patients colonisés des voies urinaires.
Gastro-intestinal E. coli issus de lignées colonisées par les voies urinaires présentaient une résistance à 11 des 23 médicaments testés et présentaient un score AST élevé. Les scores AST n’étaient pas élevés pour les isolats urinaires correspondants provenant de lignées colonisant les voies urinaires.
Conclusions
La présente étude n’a pas identifié de caractéristiques cliniques spécifiques ou indépendantes associées aux rUTI. Bien que le microbiome intestinal des patients atteints d’infection urinaire soit distinct de celui des individus en bonne santé, aucune différence significative dans la composition du microbiome intestinal n’a été observée entre les patients atteints d’infection urinaire avec et sans épisode récurrent.
De plus, les sujets colonisés par les voies urinaires présentaient une plus grande abondance de E. coli aux moments post-traitement. La colonisation des voies urinaires était également associée à une plus grande résistance parmi les isolats intestinaux, mais pas parmi les isolats urinaires.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude suggèrent que l’habitation croisée de l’UPEC pourrait être un mécanisme essentiel pour l’UTI. Par conséquent, les populations UPEC dans l’intestin et les voies urinaires doivent être prises en compte pour le traitement et lors du développement de nouveaux traitements.
Référence du journal :
- Choi, J., Thänert, R., Reske, KA, et autres. (2024). Corrélations du microbiome intestinal avec les infections récurrentes des voies urinaires : une étude longitudinale et multicentrique. eMédecineClinique. doi:10.1016/j.eclinm.2024.102490
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