Des micro-organismes tels que les bactéries et les virus sont présents dans les milieux aquatiques tels que les eaux côtières, les rivières et les lacs, en quantité et diversité variables, parfois très élevées. Certains de ces micro-organismes peuvent être dangereux pour l’homme et causer des maladies, non seulement chez les baigneurs, mais aussi chez les consommateurs de coquillages. En effet, les bivalves tels que les huîtres, les moules et les palourdes se nourrissent de plancton, filtrant et concentrant ainsi les bactéries et les virus présents dans l’eau. La plupart de ces micro-organismes pathogènes sont d’origine fécale, provenant du tube digestif de l’homme et des animaux, tels que les salmonelles, les Campylobacter, certains Escherichia coli pathogènes, ou des virus entériques humains tels que les norovirus, connus pour être responsables d’infections alimentaires. En 2021, 8,3 % des toxico-infections alimentaires collectives (TIAC) déclarées étaient dues à la consommation de coquillages, dont les virus entériques étaient soupçonnés d’être responsables de 75 %. Ces micro-organismes pathogènes sont souvent introduits dans les eaux côtières par les rejets anthropiques en amont, et ont été retrouvés dans des zones côtières et leurs bassins versants en France, par exemple.
Le risque de contamination des eaux côtières par ces micro-organismes pathogènes ne peut pas être évalué par une recherche directe en raison de leur grande diversité, de leur faible concentration et du coût et temps nécessaires pour les analyses. Par conséquent, une alternative internationale a été adoptée pour évaluer la qualité sanitaire des eaux de surface et des lots de coquillages. Elle consiste à rechercher et quantifier des indicateurs bactériens de contamination fécale tels que les E. coli et les entérocoques intestinaux par culture, qui indiquent la présence d’une pollution fécale et donc la possible présence de micro-organismes pathogènes. Selon la réglementation européenne, le classement des zones de baignade (pendant la saison balnéaire), des zones conchylicoles (zones d’élevage des coquillages suivies toute l’année) et des zones de pêche à pied repose sur la recherche et la quantification de ces indicateurs dans l’eau ou les coquillages. Des concentrations élevées de ces indicateurs peuvent entraîner des déclassements ou des fermetures de ces différentes zones, ainsi que la nécessité de purifier les coquillages provenant des zones conchylicoles ou de les replacer avant leur commercialisation.
Pour identifier et hiérarchiser les sources de contamination fécale dans le but d’améliorer la qualité sanitaire des eaux et des coquillages, des méthodes de suivis des sources microbiennes (MST ou traçage des sources microbiennes, TSM) sont utilisées. À l’Ifremer, on utilise une approche basée sur la recherche de marqueurs microbiologiques ciblant l’ADN de bactéries par amplification génique, tels que des marqueurs Porc, Ruminant, Oiseaux sauvages et Phoque. Pour valider ces marqueurs, des séquences de bactéries spécifiquement présentes chez les porcs ont été identifiées, et des amorces de PCR ont été conçues pour cibler ces séquences. De plus, la persistance de ces marqueurs dans l’eau a été vérifiée par rapport à l’indicateur E. coli. D’autres méthodes telles que l’utilisation de marqueurs mitochondriaux, de virus entériques et de composés chimiques ingérés peuvent également être utilisées. L’approche MST continue de s’enrichir avec de nouveaux marqueurs et le développement de nouvelles méthodes pour mieux cibler les agents recherchés.
En conclusion, pour une utilisation efficace des marqueurs et une identification précise des sources de contamination fécale, il est crucial de bien connaître la zone d’étude, de prendre en compte les facteurs tels que la pluviométrie qui peuvent aggraver les pollutions, et de remonter aux rivières identifiées comme sources potentielles de contamination.
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2023-08-17 23:55:24
