Une base de données consultable est désormais prête à aider à étudier la maladie d’Alzheimer.
Les chercheurs en neurosciences et en informatique biomédicale du Wexner Medical Center et du College of Medicine de l’Ohio State University ont créé un référentiel complet et convivial.
La base de données gratuite – connue sous le nom de ssREAD – est décrite dans un manuscrit publié en ligne dans Communications naturelles.
La maladie d’Alzheimer est la cause la plus fréquente de démence, représentant jusqu’à 80 % des cas. On estime que 6,7 millions d’Américains âgés de 65 ans et plus vivent aujourd’hui avec la démence d’Alzheimer, selon le rapport 2023 des faits et chiffres sur la maladie d’Alzheimer de l’Alzheimer’s Association.
Cette base de données permettra d’étudier la pathologie de la maladie d’Alzheimer. La pathologie examine la cause, le développement, les changements structurels/fonctionnels et l’histoire naturelle associés aux maladies.
Les signatures moléculaires sous-jacentes à la pathologie de la maladie d’Alzheimer ont été de plus en plus explorées par le biais du séquençage d’ARN unicellulaire et mononucléaire (scRNA-seq et snRNA-seq) et de la transcriptomique spatiale.
Ces technologies ont jeté un nouvel éclairage sur l’exploration de la pathogenèse de la maladie d’Alzheimer et de la différence entre les sexes aux niveaux cellulaire et moléculaire. Notre référentiel ssREAD offre un spectre plus large d’ensembles de données liés à la maladie d’Alzheimer, avec un pipeline analytique optimisé et une convivialité améliorée.
Hongjun « Harry » Fu, PhD, auteur co-correspondant de l’étude, professeur adjoint de neurosciences à l’Ohio State
Ensembles de données
La base de données comprend 277 ensembles de données intégrés provenant de 67 études scRNA-seq et snRNA-seq liées à la maladie d’Alzheimer, totalisant 7 332 202 cellules. Le référentiel comprend également 381 échantillons de transcriptomique spatiale provenant de 85 études sur l’homme et la souris.
- Annotations détaillées incluant les types de cellules et les couches spatiales
- Expressions génétiques différentielles et analyse d’enrichissement fonctionnel
- Gènes spatialement variables et déconvolution avec des ensembles de données unicellulaires
Visualisations interactives
Serveur Web convivial pour fournir des interprétations d’analyse complètes et les filtres prennent en charge plusieurs sélections
- Nuages de points pour les clusters, les types de cellules et les couches spatiales
- Graphiques de fonctionnalités et graphiques en violon pour le profil d’expression génique
- Analyse d’enrichissement des ensembles de gènes en temps réel
« Nous comblons l’écart pour les chercheurs en créant cette base de données spécialisée. L’intégration de ces divers ensembles de données et conditions sera inestimable pour les chercheurs qui étudient le paysage complexe de la maladie d’Alzheimer », a déclaré Qin Ma, PhD, professeur au département d’informatique biomédicale de l’État de l’Ohio.
Source:
Centre médical Wexner de l’Université d’État de l’Ohio
2024-06-06 14:48:00
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