Manifestations tomodensitométriques pulmonaires du COVID-19 chez les patients vaccinés et non vaccinés

Conception de l’étude et population étudiée

La population d’étude de cette étude de cohorte rétrospective monocentrique était composée de patients infectés par le COVID-19 qui avaient été hospitalisés dans un hôpital de soins maximaux. Le statut vaccinal a servi d’exposition d’intérêt, et les manifestations pulmonaires CT-graphic de l’infection au COVID-19 ont servi de variables de résultat. L’enregistrement régulier des antécédents de vaccination des patients hospitalisés sur le site de l’étude a commencé en juillet 2021. Les patients recevant un scanner thoracique effectué dans la fenêtre de temps de l’étude entre le 1er juillet 2021 et le 14 février 2022 ont été inclus consécutivement dans l’étude.

Les critères d’inclusion étaient une infection COVID-19 confirmée avec au moins un test RT-PCR positif d’écouvillon nasal ou de gorge et au moins un examen CT du thorax pendant l’hospitalisation. Les critères d’exclusion étaient les données manquantes sur le statut vaccinal, le statut vaccinal partiel, le SDRA et les patients de moins de 18 ans.

Déclarations éthiques

L’étude a été approuvée par le comité d’éthique de la recherche institutionnelle de la faculté de médecine de l’université Albert-Ludwig de Fribourg (22-1046-rétro). L’exigence de consentement éclairé a été levée par le comité d’éthique de la faculté de médecine de l’Université Albert-Ludwig de Fribourg en raison de la nature rétrospective de l’étude (22-1046-rétro). Les exigences de la déclaration d’Helsinki sur la recherche humaine ont été respectées.

Statut vaccinal

Le statut vaccinal a été divisé en trois catégories : non vacciné, partiellement vacciné et complètement vacciné. Les patients avec une vaccination manquante explicitement enregistrée contre le COVID-19 et un résultat positif au test RT-PCR COVID-19 ont été définis comme « non vaccinés ». Les patients ayant un dossier d’une seule dose de vaccin ou diagnostiqués avec une infection au COVID-19 moins de 14 jours après la réception de la deuxième dose de vaccin ont été classés comme partiellement vaccinés. Les patients avec un résultat positif au test COVID-19 RT-PCR/l’apparition des symptômes au moins 14 jours après la réception de la deuxième dose de vaccin ont été définis comme entièrement vaccinés. Les patients sans dossier de vaccination manquante ou reçue, et les patients avec des informations manquantes sur la dernière date de vaccination ont été classés comme ayant un « statut vaccinal inconnu » et exclus de la cohorte de l’étude. En ce qui concerne la catégorisation, aucune différence n’a été faite entre les différents vaccins (vaccin ChAdOx1 nCoV-19-AstraZeneca, vaccin BNT162b2-Pfizer-BioNTech, vaccin ARNm-1273-Moderna), à une exception près. Les patients qui avaient reçu le vaccin Ad26.COV2.S-Johnson & Johnson-Janssen comme premier vaccin, avaient besoin d’une deuxième dose avec un vaccin à ARNm au moins 14 jours avant un résultat positif au test COVID-19 RT-PCR/l’apparition des symptômes.

Collecte de données-paramètres démographiques et cliniques

Après identification de la cohorte d’étude dans le système d’information électronique hospitalier et le système d’information radiologique du site d’étude, des données démographiques et cliniques ont été extraites des dossiers électroniques des patients.

Statut vaccinal, informations générales (âge et sexe), paramètres d’infection (variante du virus, apparition des symptômes), symptômes (dyspnée, toux, fièvre), conditions préexistantes (IMC, maladies préexistantes), traitement de l’infection au COVID-19 ( traitement pharmacologique, toute forme d’oxygénothérapie comme la canule nasale à oxygène, la ventilation non invasive, l’oxygénothérapie à haut débit, et l’intubation, les soins intensifs), et les complications (surinfection pulmonaire, embolie de l’artère pulmonaire, exitus letalis, durée d’hospitalisation) ont été enregistré.

Examen CT

Sur le site de l’étude, les patients infectés par le COVID-19 n’ont reçu un examen CT qu’en cas de conséquences thérapeutiques, par exemple une suspicion de surinfection pulmonaire ou d’embolie pulmonaire, ou à l’admission en cas de constellation clinique peu claire. Tous les patients ont reçu une tomodensitométrie haute résolution à l’aide de Siemens Somatom Definition Flash (Siemens Healthineers, Erlangen, Allemagne). Seul le premier scanner acquis a été évalué dans les cas avec des scanners de suivi. Pour l’acquisition, nous avons utilisé la modulation de courant du tube CARE Dose4D à une référence de qualité mAs de 100mAs et un réglage automatique de la tension du tube avec CARE kV à une référence de 120 kV avec une collimation de 128 × 0,6 mm. L’application de l’agent de contraste intraveineux dépendait de la question clinique à laquelle il fallait répondre : des scintigraphies natives étaient réalisées pour l’étendue de l’infection et la suspicion de surinfection pulmonaire, CT-angiographie pulmonaire (bolus déclenché avec la région d’intérêt placée dans le tronc pulmonaire) a été acquise en suspectant une embolie pulmonaire. La phase veineuse a été acquise lorsque la surinfection avec d’autres foyers infectieux possibles a été suspectée. Comme le moment de l’examen tomodensitométrique variait en fonction du moment de l’infection, les patients ont été divisés en quatre catégories, dans lesquelles les tomodensitogrammes étaient liés à l’apparition des symptômes : stade précoce (scanner 0 à 5 jours après l’apparition des symptômes), stade progressif ( Tomodensitométrie 5 à 8 jours après l’apparition des symptômes), stade maximal (tomodensitométrie 9 à 13 jours après l’apparition des symptômes) et stade tardif (tomodensitométrie ≥ 14 jours après l’apparition des symptômes)³⁰.

Analyse CT

Les images CT ont été examinées avec le système d’archivage et de communication d’images (PACS). Tous les tomodensitogrammes ont été analysés dans une vue reconstruite axiale avec une résolution d’image de 1 mm d’épaisseur de tranche et dans la fenêtre pulmonaire (W : 1500 L : -600). Les images CT ont été évaluées par deux lecteurs indépendants et aveugles (PA ; radiologue certifié par le conseil avec huit ans d’expérience ; EA, stagiaire en radiologie avec trois ans d’expérience). PA a effectué une analyse d’image de l’ensemble de la cohorte de l’étude, et pour la variabilité inter- et intra-lecteur, EA a effectué une analyse d’image pour la variabilité inter-lecteur). Les lecteurs n’étaient pas informés des données cliniques, du statut vaccinal, de la variante du virus et du stade de l’infection.

Analyse qualitative des modèles et notation

Pour chaque tomodensitométrie, le schéma de pneumonie a été classé sur la base de la déclaration de consensus d’experts RSNA comme typique, indéterminé, atypique et négatif pour la pneumonie⁵. Les systèmes de classification CO-RADS et COV-RADS, qui suggèrent que le niveau de suspicion de pneumonie COVID-19 de très faible ou de catégorie 1 à très élevé ou de catégorie 5, ont également été notés^15,16.

L’atteinte pulmonaire a été évaluée qualitativement en fonction de l’étendue de l’atteinte pulmonaire (lobe unique, multilobaire unilatéral et bilatéral) et de la distribution axiale et craniocaudale de la pneumonie. Le schéma prédominant de pneumonie (GGO, consolidation, mixte ou fibrotique) a été analysé. Une note supplémentaire a été faite sur la morphologie de ces caractéristiques (arrondies, sous-pleurales, non arrondies et non sous-pleurales). La présence d’un pavage fou, d’une réticulation, d’une bronchectasie, d’un épaississement de la paroi bronchique et de nodules a été documentée. La présence de cavitation, de pneumonie lobaire, de bronchoaérogramme, de signe vacuolaire, de pneumonie organisée, de signe de halo inversé, d’emphysème et de calcification coronarienne a été notée.

Notation semi-quantitative

L’étendue générale de la pneumonie a été notée de manière semi-quantitative sur la base des systèmes de notation décrits précédemment avec chaque lobe du poumon noté séparément. Pour résumer, le volume d’atteinte de chaque lobe était coté 1 quand moins d’1/3 du parenchyme était atteint, un score de 2 était donné pour une atteinte de 1/3 à 2/3 du volume lobaire et 3 quand plus de 2 /3ème du volume lobaire a été affecté, le score maximum possible pour les deux poumons étant de 15^34,35. De même, l’étendue totale du GGO et de la consolidation a été enregistrée.

Variabilité inter et intralecteur

La variabilité inter et intralecteur a été évaluée dans un sous-ensemble aléatoire de 30 patients. L’analyse d’imagerie a été réalisée avec un intervalle de temps d’au moins trois mois pour éviter les biais de rappel. La variabilité inter- et intralecteur a été évaluée en ce qui concerne les différents systèmes de notation des modifications pulmonaires (score RSNA, score CO-RAD, score COV-RAD) et pour la notation semi-quantitative des manifestations pulmonaires CT-graphic.

analyses statistiques

Les paramètres démographiques et cliniques et les données qualitatives et semi-quantitatives de l’évaluation du scanner thoracique en fonction du statut vaccinal sont présentés sous forme de moyenne arithmétique et d’écart-type (ET) pour les variables continues et de nombres et de pourcentages pour les variables catégorielles. Dans l’ensemble, les différences dans les variables continues ont été évaluées par le test t et les différences dans les variables catégorielles par le test exact de Fisher.

Une régression logistique multiple avec comme résultat les manifestations pulmonaires CT-graphic a été calculée avec un ajustement par étapes pour déterminer les associations entre le statut vaccinal et les manifestations pulmonaires CT-graphic. Le modèle 1 a été ajusté en fonction de l’âge et des maladies préexistantes, le modèle 2 a été en outre ajusté en fonction de la variante du virus et le modèle 3 a été en outre ajusté en fonction du stade de l’infection. Les risques relatifs (RR) avec les intervalles de confiance (IC) à 95 % correspondants ont été calculés sur la base du rapport de cotes et de l’incidence du résultat dans le groupe non vacciné selon la méthode de Zhang et Yu³⁶ (réf : Vacciné).

Si nécessaire, des QQ-plots ont été utilisés pour tester la normalité, les tests de Levene pour l’homogénéité des variances, les coefficients de corrélation pour vérifier la multicolinéarité, une vérification visuelle de la linéarité des variables indépendantes, et le journal des cotes et la distance de Cook pour vérifier les fortes valeurs aberrantes influentes. Parce que les patients ont été sélectionnés au hasard, l’indépendance a été supposée. Le non-respect des hypothèses paramétriques a conduit à l’utilisation des tests Wilcoxon Rank-Sum et Signed-Rank.

L’estimation de fiabilité alpha de Krippendorff a été utilisée pour évaluer la variabilité inter et intralecteur. La valeur alpha de Krippendorff α ≥ 0,667 indique une fiabilité acceptable, et la valeur alpha de Krippendorff α ≥ 0,800 indique une fiabilité élevée.

Toutes les analyses ont été réalisées avec R 4.2.0³⁷. P‐les valeurs < 0,05 sont considérées comme dénotant une signification statistique.