Klebsiella pneumoniae est une espèce courante de bactérie présente dans notre corps – et peut même se cacher actuellement dans votre intestin, votre bouche ou votre nez. Mais c’est aussi une bactérie notoirement nocive qui peut nous rendre très malade.
C’est la cause la plus fréquente de pneumonie nosocomiale aux États-Unis et la deuxième cause d’infections des voies urinaires dans le monde, après Escherichia coli (E coli). S’il infecte les plaies ou pénètre dans la circulation sanguine, K pneumoniae peut provoquer des infections du sang et une septicémie.
Alors, comment K pneumoniae peut-elle vivre de manière inoffensive parmi le reste du microbiome de certains d’entre nous, tout en provoquant des maladies chez d’autres ? Comprendre cela peut être la clé pour prévenir les infections.
Les scientifiques ne savent pas exactement quelle proportion de la population est porteuse de K pneumoniae dans le cadre de leur microbiome intestinal normal. Les tentatives passées ont eu des résultats très variables.
Par exemple, une enquête auprès de personnes en bonne santé a détecté K pneumoniae dans près de 4 % des échantillons de selles. Pourtant, d’autres études montrent que K pneumoniae est sensiblement plus fréquente parmi certains groupes, notamment les patients hospitalisés, les personnes vivant dans des pays à faible revenu et, en particulier, parmi les personnes ayant voyagé en Asie.
K pneumoniae est ce qu’on appelle un agent pathogène opportuniste. Cela signifie que lorsqu’elle est transportée dans l’intestin, le nez ou la bouche dans le cadre du microbiote normal, K pneumoniae ne devrait causer aucun problème de santé, à moins que le système immunitaire d’une personne ne soit compromis en raison d’une infection ou d’une maladie. Notre microbiome peut donc agir comme un réservoir de K pneumoniae, à partir duquel il peut se propager à d’autres parties du corps et provoquer une infection.
Une étude portant sur 498 patients en soins intensifs dans un hôpital australien a révélé que la moitié des infections à K pneumoniae étaient causées par la propre souche de K pneumoniae du patient qui vivait déjà dans son intestin ou sa gorge.
On pense que K pneumoniae peut se propager de l’intestin à d’autres parties du corps via des dispositifs médicaux tels que des ventilateurs. Ce type de translocation de l’intestin aux poumons a récemment été observé chez d’autres espèces de bactéries responsables de la pneumonie, telles que Pseudomonas aeruginosa.
Les interventions chirurgicales peuvent également permettre la propagation de K pneumoniae vers des sites où elle peut provoquer une infection.
Arrêter la propagation
Malheureusement, certaines souches de K pneumoniae ont développé des niveaux élevés de résistance aux médicaments. Cela signifie que certains médicaments autrefois utilisés pour traiter les infections à K pneumoniae ne fonctionnent plus.
Il est particulièrement préoccupant de constater que certaines souches de K pneumoniae développent une résistance au groupe d’antibiotiques appelés carbapénèmes, qui ne sont généralement utilisés qu’en dernier recours lorsque les autres antibiotiques n’ont pas fonctionné. Et cette résistance se généralise de plus en plus au sein de la population.
Il est urgent de développer des alternatives aux antibiotiques afin de prévenir ou de traiter les cas de pneumonie à K pharmacorésistante. Les recherches de notre laboratoire se concentrent sur l’exploitation du microbiome intestinal comme solution potentielle.
Étant donné que le port de K pneumoniae dans l’intestin est un facteur de risque connu d’infection ultérieure, une manière d’éviter cela pourrait consister à manipuler le microbiome. Cela pourrait être réalisé en utilisant des probiotiques contenant des espèces de bactéries bénéfiques pour limiter K pneumoniae dans l’intestin. Une telle solution pourrait être particulièrement importante pour les personnes hospitalisées ou dans les maisons de retraite, où K pneumoniae est plus répandue et où le risque d’infection est le plus élevé.
On sait depuis longtemps que le microbiome offre à un hôte un certain degré de protection naturelle contre les infections via une propriété connue sous le nom de résistance à la colonisation. C’est à ce moment-là que les bactéries intestinales résidentes supplantent les espèces entrantes, y compris les agents pathogènes potentiels, et les empêchent de s’établir dans l’intestin.
Mais les microbiomes varient considérablement et certaines personnes portent des communautés microbiennes plus protectrices que d’autres.
Mes collègues et moi voulions comprendre pourquoi certaines communautés intestinales peuvent résister à la croissance de bactéries nocives alors que d’autres ne le peuvent pas. En laboratoire, nous avons combiné les bactéries intestinales humaines en communautés contenant différentes diversités et compositions d’espèces bactériennes. Nous avons ensuite testé ces communautés avec K pneumoniae (ainsi que d’autres bactéries nocives, telles que Salmonella).
Nous avons constaté que divers microbiomes intestinaux étaient plus protecteurs contre la colonisation par K pneumoniae. Nous avons montré que cette protection était due au fait que les bactéries intestinales résidentes consommaient les nutriments nécessaires à la croissance des microbes envahisseurs. Cela nous a amenés à développer un moyen de prédire des combinaisons de bactéries intestinales capables de résister à la croissance d’espèces bactériennes indésirables telles que K pneumoniae.
Nous commençons tout juste à comprendre le rôle que jouent les microbes dans notre santé. Certains de ces microbes, comme K pneumoniae, peuvent même être à la fois nocifs et inoffensifs. L’étude des interactions entre les membres du microbiote intestinal est un domaine de recherche essentiel pour les scientifiques du microbiome, car elle pourrait conduire à de nouvelles façons de prévenir ou de traiter les infections.
2024-03-30 14:10:28
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