Mireia Vallès-Colomer, microbiologiste : « Sans bactéries, notre vie n’est pas possible » | Santé et bien-être

Le microbiome est sur toutes les lèvres. Littéralement. Il existe en effet un monde de micro-organismes qui peuplent la cavité buccale, l’intestin, le vagin… et qui remplissent des fonctions essentielles pour l’organisme. La communauté scientifique sait que des millions de bactéries, virus, champignons ou levures coexistent en harmonie dans le corps et travaillent pour la vie, mais ils ne savent pas exactement comment ils le font, ni jusqu’où leur influence s’étend. Beaucoup reste à découvrir, admet Mireia Vallès Colomer (33 ans, Vic, Barcelone), microbiologiste et chercheuse postdoctorale au Laboratoire de métagénomique computationnelle de l’Université de Trente (Italie) et experte dans l’étude de l’impact du microbiome intestinal sur santé : « Il est passé de l’ignorer complètement à être la solution à tout. Je crois que la vérité est au milieu : elle peut nous aider avec de nombreuses maladies, mais à elle seule elle ne sera pas la solution”, avance la chercheuse dans un entretien en visioconférence avec EL PAÍS, quelques jours avant de participer à un colloque sur la microbiome organisé par IrsiCaixa à Barcelone.

Vallès Colomer, titulaire d’une maîtrise en sciences moléculaires et d’un doctorat en biomédecine, a vu l’essor fulgurant du microbiome comme objet d’étude ces dernières années, comment les yeux de la communauté scientifique se sont posés sur cet écosystème de microbes pour chercher des réponses à des dizaines de maladies. Elle l’a fait aussi : la chercheuse a ouvert un fil conducteur entre les problèmes de santé mentale et le microbiome intestinal en découvrant différentes compositions bactériennes entre les personnes souffrant de dépression et les personnes en bonne santé. Vallès Colomer a également publié l’an dernier une étude qui révélait que les bactéries se transmettent entre les personnes par le biais d’interactions sociales : deux cohabitants se partagent 12 % des souches dans leurs intestins et jusqu’à 32 % dans leur bouche.

Demander. L’étude du microbiome est partout, évoquée dans des articles scientifiques en tous genres. Mais, normalement au conditionnel : pourrait jouent un rôle dans la santé et la maladie. Que savent-ils vraiment de cet écosystème de micro-organismes qui peuplent l’intestin ?

Répondre. En une dizaine d’années, le domaine s’est énormément développé et nous avons beaucoup appris. Notre gros problème est que nous avons toujours des associations. Autrement dit, ce sont des études descriptives : on voit que si on compare des personnes atteintes d’une maladie et d’autres saines, il y a ces différences, mais ce qui est difficile, c’est d’établir la causalité. Des altérations du microbiome pourraient être une cause ou une conséquence de la maladie. Ou pas du tout, il se pourrait que les personnes atteintes de cette maladie mangent différemment et que leur microbiome change à cause de ces différences de régime alimentaire.

P Comment le microbiome médie-t-il la santé et la maladie ?

R Nous savons, et c’est la preuve la plus évidente, que sans les bactéries, notre vie n’est pas possible. À l’intérieur de notre corps, ils nous aident à la digestion : les fibres sont super importantes pour la santé, mais nous ne pouvons pas les digérer, elles sont digérées par les bactéries que nous avons dans nos intestins. Ils produisent également des vitamines, de nombreux micronutriments essentiels et maintiennent notre système immunitaire sous contrôle, le forment et aussi, étant là, nous protègent des agents pathogènes.

P Que se passe-t-il lorsque la maladie apparaît ? Les experts parlent d’une dysbiose, d’un déséquilibre de cet écosystème, mais qu’est-ce que cela signifie ?

R La dysbiose est une altération du microbiome par rapport à la composition normale, bien que la composition normale soit également une très grande définition car deux personnes en bonne santé ont des compositions différentes. Souvent, ce qui se passe, c’est qu’il y a une boucle : vous avez un microbiome avec de nombreuses maladies, moins diversifié, moins résistant aux stimuli externes, et cela contient déjà moins d’inflammation : plus d’inflammation est créée, par le système immunitaire ou, dans de nombreux cas, parce qu’un agent pathogène arrive. Et tout cela modifie la composition du microbiome et fait que les espèces pathogènes, qui sont souvent déjà là, mais à des niveaux super bas et ne nous font rien, ont les conditions qui favorisent le plus leur survie.

P En 2019, vous avez participé à une étude qui a identifié deux genres de bactéries, la Coprococoque et les Dialiste, qui étaient rares chez les personnes souffrant de dépression. Qu’est-ce que cela signifie?

R C’est une association : on voit que ces personnes ont des niveaux inférieurs au reste de la population. Nous allons voir quelles sont les propriétés de ces bactéries et nous constatons que beaucoup d’entre elles sont productrices de butyrate, qui est la principale source d’énergie des colonocytes, les cellules de l’intestin, et qui diminue également les niveaux d’inflammation. Ce qui se passe sûrement, c’est que ces personnes ont un microbiome plus pro-inflammatoire. Au sein d’un genre de bactéries, il peut y avoir des souches très différentes les unes des autres et c’est pourquoi nous développons maintenant des méthodes plus précises, car peut-être que le problème n’est pas tout un genre de bactéries, mais seulement certaines souches.

P Comment fonctionne l’axe intestin-cerveau ? Comment dialoguent-ils ?

R C’est important et on voit plusieurs mécanismes qui sont liés. Une partie passe par les voies nerveuses, c’est-à-dire le nerf vague : des neurones qui se produisent dans l’intestin et atteignent le cerveau. Un autre mécanisme est l’inflammation, qui est également liée au cortisol, qui est l’hormone du stress. Et le troisième est la production directe de nombreux neurotransmetteurs dans l’intestin : une très grande partie de la sérotonine, de la dopamine et du gaba dans notre corps est produite dans l’intestin, pas dans le cerveau, et il y a une partie qui peut voyager dans l’organisme général. circulation et de là vers le cerveau. Mais il y a des molécules qui n’en ont pas et même ainsi, elles peuvent avoir une fonction.

P Se concentrait-il au mauvais endroit en concentrant historiquement l’attention sur le cerveau pour traiter les problèmes de santé mentale ? Faut-il regarder un peu plus bas, dans l’intestin ?

R Je ne dirais pas que c’est faux ou qu’il faut simplement baisser le regard, mais plutôt élargir la Zoom et étudier tout le corps, pas seulement se concentrer sur le cerveau. On sait que le principal problème est peut-être là, mais il n’y a pas que là. Et cela est lié au fait que les traitements de la dépression ne fonctionnent pas bien et que nous pourrions peut-être développer des thérapies pour améliorer la composition du microbiome. Au final, ce dont nous avons besoin, c’est d’une médecine plus globale.

P Dans quelle mesure le microbiome influence-t-il la santé mentale ? Quel est le niveau d’intensité de cette relation et quelles pathologies touche-t-elle ?

R L’intensité est très claire et, en réalité, elle n’a pas besoin d’être à un niveau scientifique. Vous savez que toutes les personnes, lorsqu’elles ont des moments d’anxiété, ont aussi des problèmes gastro-intestinaux. Et lorsque vous mangez moins bien pour une raison quelconque, votre niveau de stress monte en flèche. Ce que nous essayons de comprendre, c’est le mécanisme.

P Les hypothèses que vous soulevez dans la dépression s’étendent-elles à d’autres problèmes de santé mentale ou neurologique, comme l’autisme ?

R Dans le cas spécifique de l’autisme, ce que nous constatons, c’est qu’il existe de nombreux articles publiés, mais avec des résultats différents. Et il y a un nouvel article de l’année dernière sur l’autisme qui examine mieux les habitudes alimentaires des enfants et voit que bon nombre de ces perturbations peuvent en fait s’expliquer par les comportements alimentaires. Alors peut-être que les différences que nous voyons dans le microbiome ne sont pas seulement dues à la maladie, mais aux enfants qui mangent différemment. Dans d’autres maladies, telles que la maladie de Parkinson ou la maladie d’Alzheimer, il existe des schémas clairs. Presque pour toutes les maladies auxquelles nous pouvons penser, vous tombez sur un article qui vous montre qu’il existe des différences dans le microbiome ; mais l’important est de voir s’il s’agit vraiment de signes de la maladie ou du traitement, ou s’il s’agit de habitudes alimentaires ou d’autre chose.

P Qu’entend-on par un microbiome sain si chaque personne en bonne santé a un microbiome différent ?

R La grande diversité. Il se peut que les bactéries qui s’y trouvent soient différentes entre deux personnes, mais les deux personnes vont avoir une grande diversité de microbes.

P Dans l’une de ses études, il a révélé que les interactions sociales façonnent en quelque sorte notre microbiome. Cela veut-il dire que tout colle, même nos bactéries ?

R Oui, dans une certaine mesure, oui. Lorsque le bébé naît, il naît presque stérile et reçoit toutes ses bactéries de sa mère. Mais ce que nous voyons, c’est que les bébés manquent de nombreuses bactéries adultes typiques, ce qui signifie que nous devons les acquérir tôt ou tard. La nouveauté de l’article de cette année est que chez les adultes il y a aussi beaucoup de partage et ce n’est pas une mauvaise chose. Dois-je être plus hygiénique ? Pas pour nous. Un microbiome plus diversifié est une chose positive. Plus d’interaction avec plus de personnes est une chose qui enrichira votre microbiome.

P Comment se fait ce transfert de microbes ? Vivre avec une personne a-t-il la même influence que d’aller à une fête avec 200 ?

R Il est important pour le microbiote intestinal que l’interaction soit prolongée. Si vous rencontrez une personne au supermarché ou plusieurs dans la discothèque, vous n’échangerez peut-être rien. Des interactions sociales de qualité sont nécessaires.

Nous savons que la greffe de selles est une solution d’urgence, pas définitive »

P Si nous nous enrichissons avec les micro-organismes des autres, pouvons-nous également propager une dysbiose et, par conséquent, des maladies non transmissibles peuvent le devenir ?

R C’est une hypothèse que nous émettons : il se pourrait que les maladies non transmissible devenu transmissible grâce au microbiome. Mais ceci est une hypothèse. Nous avons fait la première étude chez des personnes en bonne santé et nous avons vu qu’il y a beaucoup de transmission. Nous pensons que, puisqu’il existe une diversité chez les personnes en bonne santé, ces bactéries gagneront une communauté dysbiotique avec moins de bactéries et moins de résistance à la colonisation. Nous ne pensons pas que vivre avec des personnes atteintes de dysbiose soit un problème, mais l’inverse : ce sera positif. Mais tout cela n’est qu’une hypothèse car nous n’avons pas encore d’études sur la transmission microbienne chez les personnes atteintes de maladies.

P Le microbiome est beaucoup étudié, mais il n’existe pas de grands traitements efficaces. Il semble qu’il n’est pas facile de le manipuler ou de le modifier.

R Non, ce n’est pas facile. Nous pensons que nous devons suivre une perspective de médecine personnalisée : nous ne pouvons donner aucun probiotique pour toute altération du microbiome. Et sur le marché, presque toutes les formulations sont très similaires. Pour les probiotiques, la solution sera quelque chose de beaucoup plus personnalisé et complexe. Et la greffe de selles est approuvée pour l’infection par Clostridioides difficile, Mais nous ne pensons pas non plus que ce soit la solution ultime : si vous trouvez une formulation bactérienne qui fonctionne, ce sera beaucoup plus précis que de donner les selles d’une personne en bonne santé. La transplantation de selles est étudiée pour plus de maladies, il existe des tests de dépression, mais nous essayons toujours de comprendre ce qui fait un bon donneur, il y a encore beaucoup de questions et nous savons que c’est une solution d’urgence, pas définitive.

P Que doit savoir la population pour prendre soin de son microbiome ?

R Le plus simple est clairement de manger, de manger plus sain : il y a beaucoup de modes ici, mais, au final, manger plus de fibres et moins d’aliments transformés va beaucoup nous aider, ainsi qu’un mode de vie actif. Et être en relation avec plus de personnes est également associé à une meilleure qualité de vie, une meilleure santé mentale.

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