Opportunité de recherche : Poste de chercheur en biologie moléculaire des bactéries pathogènes à l’INRAE

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

• Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe Mollicutes (UMR 1332) dont les travaux sont consacrés aux bactéries pathogènes d’animaux (mycoplasmes) et pathogènes de plantes (phytoplasmes, spiroplasmes). Mycoplasmes, spiroplasmes et phytoplasmes appartiennent à la classe Mollicutes un groupe de bactéries dites « minimales », dépourvues de paroi et possédant de très petits génomes. L’objectif général de l’équipe est de produire des connaissances fondamentales sur la biologie et l’évolution de ces bactéries et plus particulièrement sur les mécanismes moléculaires qui gouvernent les interactions avec leurs hôtes eucaryotes. Ces connaissances sont la base de développements appliqués visant à contrôler les maladies provoquées par ces bactéries, notamment sur les ruminants (mycoplasmes du groupe mycoides) et sur la vigne (phytoplasme de la Flavescence Dorée). L’équipe Mollicutes compte de 13 chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs permanents, 9 techniciens, et 9 doctorants et chercheurs post-doctorants.

À partir du mois d’avril 2024, une partie de l’équipe Mollicutes interviendra sur un projet de recherche de grande ampleur financé par le Département de l’Agriculture des États-Unis (USDA). Ce projet intitulé “Interactions hôte-pathogène et stratégies de lutte contre les pathogènes respiratoires bactériens chez les bovins” a démarré en octobre 2021 pour une durée de 5 ans et est coordonné par le Dr Randy Sacco. Certains membres de l’équipe Mollicutes ont été sollicités pour rejoindre le groupe travaillant sur l’objectif 4 du projet qui vise à étudier les maladies respiratoires bovines causées par les mycoplasmes. Les principales missions de ce groupe sont (i) d’identifier les facteurs de virulence qui contribuent au caractère pathogène de ces micro-organismes, (ii) de comprendre et caractériser les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l’installation de la maladie et (iii) de développer des stratégies de lutte adaptées comme des souches présentant un potentiel vaccinal.

L’équipe Mollicutes apportera à ce projet ses connaissances et son savoir-faire sur les mycoplasmes et plus particulièrement sur l’édition de génomes de mycoplasmes. L’équipe développe, en effet, depuis plusieurs années des programmes mobilisant des techniques permettant de modifier les génomes de mycoplasmes de manière ciblée et à grande échelle. Parmi elles, des techniques dites de biologie de synthèse ainsi que de nombreux outils basés sur le système d’édition CRISPR-Cas9. L’expansion récente de ces techniques/outils à des mycoplasmes pathogènes d’animaux a grandement facilité la construction de mutants d’intérêt tant pour la recherche fondamentale que pour la recherche appliquée. Cependant, tous les outils développés ne sont pas encore fonctionnels pour toutes les espèces ou sous-espèces. C’est le cas notamment de Mycoplasme mycoïde sous-espèce. mycoïdes ( Mmmm ), un pathogène majeur du bétail et l’une des espèces ciblées dans le projet USDA.

• Au sein de ce projet, vous serez en charge (i) du développement d’outils d’édition permettant de modifier Mmmm au niveau génétique; (ii) de la production / caractérisation de mutants Mmmm d’intérêt; (iii) de l’identification des déterminants de virulence et (iv) du développement de souches vaccinales potentielles ou de systèmes biologiques permettant d’exprimer des protéines bactériennes ( Mmmm ) (et / ou virales) à sa surface.

(i) Travail en laboratoire de confinement L2 ;

(ii) Comptes rendus réguliers aux collaborateurs américains (à l’oral et / ou à l’écrit);

(iii) Possible séjour d’une à deux semaines aux États-Unis.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Titulaire d’un doctorat en biologie (ou équivalent)
• Connaissances souhaitées : Biologie moléculaire, microbiologie, biochimie, bio-informatique
• Expérience appréciée : Bactériologie, édition de génomes
• Aptitudes recherchées : (i) Autonomie, aptitudes organisationnelles, rigueur ; (ii) Aptitudes relationnelles ; (iii) Capacités de communication orale et écrite et (iv) Bonne maîtrise de l’anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

– jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
– d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
– de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
– d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
– de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
– d’activités sportives et culturelles ;
– d’une restauration collective.

Modalités pour postuler

J’envoie mon CV et ma lettre de motivation