Pandoravirus : la fonte de l’Arctique libère des germes anciens – à quel point devrions-nous nous inquiéter ?

Par Paul Hunter pour The Conversation

Les scientifiques ont récemment ressuscité plusieurs gros virus qui avaient été enfouis dans le sol sibérien gelé (pergélisol) pendant des dizaines de milliers d’années.

Le plus jeune virus à avoir été ressuscité avait 27 000 ans. Et le plus ancien – un Pandoravirus – avait environ 48 500 ans. Il s’agit du virus le plus ancien à avoir été ressuscité.

Alors que la planète continue de se réchauffer, la fonte du pergélisol libère de la matière organique gelée depuis des millénaires, notamment des bactéries et des virus, dont certains peuvent encore se reproduire.

Ce dernier travail a été réalisé par un groupe de scientifiques de France, d’Allemagne et de Russie ; ils ont réussi à réanimer 13 virus – avec des noms aussi exotiques que Pandoravirus et Pacmanvirus – tirés de sept échantillons de pergélisol sibérien.

En supposant que les échantillons n’aient pas été contaminés lors de l’extraction (toujours difficile à garantir), ceux-ci représenteraient en effet des virus viables qui ne s’étaient auparavant répliqués qu’il y a des dizaines de milliers d’années.

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Ce n’est pas la première fois qu’un virus viable est détecté dans des échantillons de pergélisol. Des études antérieures ont rapporté la détection d’un pithovirus et d’un mollivirus.

Dans leur prépublication (une étude qui n’a pas encore été examinée par d’autres scientifiques), les auteurs déclarent qu’il est “légitime de s’interroger sur le risque que des particules virales anciennes restent infectieuses et se remettent en circulation par le dégel d’anciennes couches de pergélisol”. Alors, que savons-nous jusqu’à présent sur le risque de ces soi-disant « virus zombies » ?

Tous les virus cultivés jusqu’à présent à partir de tels échantillons sont des virus géants à ADN qui n’affectent que les amibes. Ils sont loin des virus qui affectent les mammifères, encore moins les humains, et il est très peu probable qu’ils présentent un danger pour les humains.

Cependant, un tel grand virus infectant les amibes, appelé Acanthamoeba polyphaga mimivirus, a été lié à la pneumonie chez l’homme. Mais cette association est encore loin d’être avérée. Il ne semble donc pas que les virus cultivés à partir d’échantillons de pergélisol constituent une menace pour la santé publique.

Un sujet de préoccupation plus pertinent est qu’à mesure que le pergélisol dégèle, il pourrait libérer les corps de personnes décédées depuis longtemps qui pourraient être mortes d’une maladie infectieuse et ainsi relâcher cette infection dans le monde.

La seule infection humaine qui a été éradiquée dans le monde est la variole et la réintroduction de la variole, en particulier dans les endroits difficiles d’accès, pourrait être une catastrophe mondiale. Des preuves d’infection par la variole ont été détectées dans des corps provenant de sépultures dans le pergélisol, mais “seulement des séquences de gènes partielles”, donc des fragments de virus cassés qui ne pouvaient infecter personne. Le virus de la variole survit cependant bien lorsqu’il est congelé à -20°C, mais encore quelques décennies et non des siècles.

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Au cours des deux dernières décennies, des scientifiques ont exhumé les corps de personnes décédées de la grippe espagnole et enterrées dans un sol touché par le pergélisol en Alaska et à Svalbard, en Norvège. Le virus de la grippe a pu être séquencé mais pas cultivé à partir des tissus de ces personnes décédées. Les virus de la grippe peuvent survivre congelés pendant au moins un an lorsqu’ils sont congelés, mais probablement pas plusieurs décennies.

Les bactéries pourraient être plus problématiques

Cependant, d’autres types d’agents pathogènes, tels que les bactéries, pourraient poser problème. Au fil des ans, il y a eu plusieurs épidémies d’anthrax (une maladie bactérienne qui affecte le bétail et les humains) affectant les rennes en Sibérie.

Il y a eu une épidémie particulièrement importante en 2016 qui a entraîné la mort de 2 350 rennes. Cette épidémie a coïncidé avec un été particulièrement chaud, ce qui a conduit à suggérer que l’anthrax libéré par la fonte du pergélisol pourrait avoir déclenché l’épidémie.

Les épidémies identifiées d’anthrax affectant les rennes en Sibérie remontent à 1848. Lors de ces épidémies, les humains étaient également souvent affectés par la consommation de rennes morts. Mais d’autres ont mis en évidence des théories alternatives pour ces épidémies qui ne reposent pas nécessairement sur le dégel du pergélisol, comme l’arrêt de la vaccination contre l’anthrax et la surpopulation de rennes.

Même si le dégel du pergélisol déclenchait des épidémies d’anthrax qui avaient de graves effets sur la population locale, l’infection par l’anthrax des herbivores est répandue dans le monde et il est peu probable que de telles épidémies locales déclenchent une pandémie.

Une autre préoccupation est de savoir si des organismes résistants aux antimicrobiens pourraient être libérés dans l’environnement lors de la fonte du pergélisol. Il existe de bonnes preuves issues de plusieurs études que des gènes de résistance aux antimicrobiens peuvent être détectés dans des échantillons de pergélisol.

Les gènes de résistance sont le matériel génétique qui permet aux bactéries de devenir résistantes aux antibiotiques et qui peuvent se propager d’une bactérie à une autre. Cela ne devrait pas être surprenant car de nombreux gènes de résistance aux antimicrobiens ont évolué à partir d’organismes du sol antérieurs à l’ère des antimicrobiens.

Cependant, l’environnement, en particulier les rivières, est déjà fortement contaminé par des organismes résistants aux antimicrobiens et des gènes de résistance. Il est donc douteux que les bactéries résistantes aux antimicrobiens dégelées du pergélisol contribuent grandement à la déjà grande abondance de gènes de résistance aux antimicrobiens déjà présents dans notre environnement.

(Paul Hunter est avec l’Université d’East Anglia)