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Affiliations des auteurs : Wildlife Health Laboratory, Séoul, Corée du Sud (AY Cho, Y.-R. Seo, D.-Y. Lee, D.-H. Lee) ; Laboratoire des maladies aviaires, Séoul (AY Cho, Y.-R. Seo, C.-S. Song) ; Institut national de contrôle et de prévention des maladies de la faune, Gwangju, Corée du Sud (Y.-J. Si, D.-J. Kim, D. Kim, D. Lee, Y. Son, H. Jeong) ; Centre de recherche sur les maladies zoonotiques de l’Université Konkuk, Séoul (C.-S. Song, D.-H. Lee)
Les infections causées par les virus de la grippe aviaire hautement pathogènes (HPAIV) ont entraîné des pertes économiques majeures dans l’industrie avicole et constituent une menace sérieuse pour la santé publique. La lignée A/Goose/Guangdong/1/1996 (gs/GD) du H5 HPAIV a émergé en Chine en 1996 et s’est divisée en 10 clades (0 à 9) et sous-clades d’hémagglutinine (HA) génétiquement indépendants (1). La lignée gs/GD du H5 HPAIV a provoqué des épidémies dans le monde entier, infectant toute une gamme d’animaux sauvages, de volailles et d’humains (1). Clade 2.3.4.4 H5Nx HPAIV contenant plusieurs sous-types de neuraminidase (NA) (2) a dominé les épidémies dans le monde à partir de 2014 et s’est ensuite divisé en sous-clades 2.3.4.4a–h (3). Actuellement, le clade 2.3.4.4b H5N1 HPAIV est prédominant à l’échelle mondiale après avoir provoqué des épidémies en Europe à l’automne 2020 et en Afrique, dans les Amériques, en Asie et en Antarctique (4–7).
Entre octobre 2022 et mars 2023, un total de 16 génotypes différents du H5N1 2.3.4.4b HPAIV ont provoqué des épidémies en Corée du Sud, dont 174 cas chez des oiseaux sauvages (8). Sur la base des données de surveillance disponibles, aucune nouvelle incursion de virus n’a eu lieu en Corée du Sud au cours de l’été et de l’automne 2023. La surveillance nationale du HPAIV a commencé en Corée du Sud à l’automne 2023. Nous avons isolé 3 HPAIV H5N6 à partir de carcasses d’oiseaux sauvages trouvés en Corée du Sud au cours de l’automne 2023. Décembre 2023 (A/Whooper Swan/Corée/23WC075/2023[H5N6]A/Cygne chanteur/Corée/23WC116/2023[H5N6]et A/Bean goose/Corée/23WC111/2023[H5N6]) (Tableau 1 en annexe). Nous avons effectué le séquençage de nouvelle génération des isolats et partagé publiquement les séquences complètes du génome. Nous avons effectué une analyse phylogénétique comparative pour déduire l’origine et l’évolution des virus.
Tous les isolats H5N6 ont été identifiés comme HPAIV sur la base de la présence de plusieurs acides aminés basiques au site de clivage protéolytique HA (REKRRKR/GLF). Enquêtes BLAST de la base de données GISAID (https://www.gisaid.org) a indiqué que les 8 gènes partageaient l’identité de séquence nucléotidique la plus élevée (99,77 % à 100 %) avec un virus clade 2.3.4.4b H5N6 identifié chez un faucon pèlerin en 2023 au Japon (A/peregrine falcon/Saga/4112A002/2023[H5N6]), hébergeant la même constellation génomique que les virus H5N6 en Corée du Sud (Tableau). Le gène HA s’est regroupé avec le génotype majeur a du clade H5N1 2.3.4.4b HPAIV qui a circulé entre 2022 et 2023 en Corée du Sud (8). Le gène NA du virus H5N6 s’est regroupé avec le H5N6 HPAIV de Chine, précédemment isolé chez la volaille et l’homme en 2018, mais d’autres gènes internes étaient génétiquement distincts. Les gènes de la polymérase basique 1 et de la protéine matricielle se sont également regroupés avec les HPAIV H5N1 de 2022 à 2023 de Corée du Sud. Les gènes de la polymérase basique 2, de la polymérase acide, des nucléoprotéines et des gènes non structuraux regroupés avec des virus de la grippe aviaire faiblement pathogènes en Eurasie (figure 2 en annexe).
Chiffre
Chiffre. Exploration des ancêtres les plus communs pour de nouveaux isolats réassortis hautement pathogènes de la grippe aviaire A(H5N6) clade 2.3.4.4 b récupérés sur des oiseaux sauvages, Corée du Sud. A) Arbre de crédibilité maximale des clades de virus…
La période estimée jusqu’à l’ancêtre commun le plus récent (tMRCA) de chaque gène des virus H5N6 et A/peregrine falcon/Saga/4112A002/2023(H5N6) variait de février à novembre 2023 (figure ; tableau 2 en annexe). Sur la base du chevauchement entre les intervalles de densité postérieure les plus élevés de 95 % de tMRCA, nous supposons que les nouveaux virus réassortants H5N6 sont apparus vers août-octobre 2023 et ont été introduits au Japon et en Corée du Sud. L’arbre de crédibilité maximale du clade du gène NA a révélé que les virus H5N6 des oiseaux sauvages du Japon et de Corée du Sud partageaient un ancêtre commun avec le cas d’infection humaine par le virus H5N6 (A/Changsha/1/2022) de Chine. Depuis 2014, un total de 90 cas humains d’infection par le virus H5N6 ont été signalés en Chinew ; la plupart des infections ont été signalées après 2021 (9; https://iris.who.int/handle/10665/375483). La tMRCA des virus H5N6 d’oiseaux sauvages du Japon et de Corée et du virus d’infection humaine H5N6 de Chine est estimée au 12 juin 2022 (densité postérieure la plus élevée de 95 % entre le 7 décembre 2021 et le 10 novembre 2022) (Figure ; Tableau 2 en annexe ). L’HPAIV H5N6 ancestral circulant en Chine a potentiellement fait don du gène NA au virus clade 2.3.4.4b H5N1 fin 2022. Le gène N6 de l’HPAIV H5N6 actuel et ancestral possédait une délétion de tige potentiellement acquise lors de la circulation des virus chez les volailles domestiques (dix).
Les virus H5N6 possédaient des marqueurs moléculaires T188, V210, Q222 et G224 dans l’HA, qui sont associés à une affinité de liaison pour les récepteurs de l’acide sialique α-2,3. Nous avons observé des mutations S133A et T156A dans HA, connues pour être associées à une liaison accrue aux récepteurs de l’acide sialique α-2,6. Nous avons observé L89V dans la polymérase basique 2, mais pas Q591K, E627K et D701N. Nous avons également observé D622G dans la polymérase basique 1, N30D et I43M dans la protéine muscarinique 1 et P42S dans la protéine non structurale 1, qui sont associés à une virulence accrue chez la souris (dix).
Des rapports antérieurs suggèrent que les génomes du clade 2.3.4.4b évoluent à travers de fréquents réassortiments génomiques, formant des constellations génomiques transitoires et diverses, sans schéma apparent d’association de segments génétiques (8). La détection des HPAIV H5N6 chez les oiseaux sauvages en Corée du Sud et au Japon au cours de la saison d’hivernage 2023-2024 et notre analyse phylogénétique suggèrent que les HPAIV H5N6 descendent très probablement du clade 2.3.4.4b des virus H5N1 circulant entre 2022 et 2023, et ont évolué à partir d’un réassortiment avec d’autres virus de faible intensité. pathogénicité des virus de la grippe aviaire et des HPAIV, et ont été introduits en Corée du Sud et au Japon par des oiseaux sauvages au cours de la saison de migration automnale. Une surveillance génomique renforcée des HPAIV chez les oiseaux sauvages est nécessaire pour la détection précoce et la surveillance de l’évolution et de la propagation ultérieures des virus.
M. Cho est doctorant à la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Konkuk. Ses intérêts de recherche comprennent l’épidémiologie moléculaire et le développement de vaccins contre les maladies aviaires.
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2024-05-04 01:48:49
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