Santé publique France met en place une surveillance intégrée des infections respiratoires aiguës (IRA) à partir d’octobre 2023

Santé publique France mettra en place à partir d’octobre 2023 une surveillance intégrée des infections respiratoires aiguës (IRA). La Covid, la grippe et la bronchiolite feront désormais l’objet d’un seul bulletin hebdomadaire, alimenté – pour la Covid – par la surveillance des eaux usées.

Caroline Semaille, directrice générale de Santé publique France, a déclaré que cette surveillance intégrée permettra de “mieux mesurer le fardeau de ces maladies hivernales sur la santé publique et le système de soins”, après un hiver 2022-2023 marqué par une triple épidémie et les années de Covid…

Cette surveillance “multi-sources” s’appuie sur un vaste réseau de partenaires (médecine de ville, hôpital, établissements médicosociaux)… Elle s’ajoute à la surveillance virologique, notamment celle des eaux usées avec le nouveau système Sum’Eau, qui succède à Obépine. Tous sont “des systèmes complémentaires, autant de pièces du puzzle permettant de mieux appréhender la situation”, a précisé Caroline Semaille.

Un bulletin IRA intégré

Au lieu des trois bulletins hebdomadaires diffusés chaque semaine l’hiver dernier (grippe, bronchiolite et Covid), SPF publiera désormais un seul bulletin IRA, regroupant les données provenant de différentes sources, complétées par les indicateurs de l’agence et les points de situation basés sur l’expertise des épidémiologistes. Cela commencera à partir de la semaine 41, selon Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses de Santé publique France. Le bulletin national pourra être complété par des points régionaux.

“Les données de surveillance virologique, dans la continuité de Si-Dep, devraient bientôt inclure les tests de grippe et VRS, indique Bruno Coignard, dans le cadre des travaux en cours avec le ministère pour pérenniser et étendre cet outil Si-Dep” (lire notre article). Il en va de même pour la surveillance génomique qui concerne actuellement uniquement la Covid mais qui pourrait être étendue à d’autres agents pathogènes grâce au consortium Emergen.

Sum’Eau, une expérimentation intégrée

Ce dispositif national a été initié lors de l’épidémie de la Covid 19 sous l’impulsion de la DGS (ministère de la Santé) et de la direction de l’eau et de la biodiversité (ministère de l’Écologie) avec le soutien technique et scientifique des agences sanitaires (Santé publique France, Anses). Les objectifs de surveillance des eaux usées, qui présente l’avantage de ne pas dépendre d’une stratégie de dépistage ou de recours aux soins, sont de détecter précocement la présence du génome du Sars-CoV-2 dans la population générale et de suivre les tendances de la circulation virale au sein de la population.

Damien Mouly, responsable de la coordination nationale du projet Sum’Eau pour SPF et responsable de la cellule Occitanie, explique que la surveillance des eaux usées permet de détecter toutes les personnes infectées et excrétant le virus, rapportées à la population générale.

Actuellement, douze stations de traitement des eaux usées sont mobilisées, avant une extension prévue progressive pour atteindre une centaine de stations. Les échantillons sont envoyés chaque semaine au Laboratoire d’hydrologie de Nancy, laboratoire national de référence pour l’analyse des eaux usées. Les résultats sont transmis à Santé publique France afin de produire des indicateurs permettant d’estimer la circulation du virus sur le territoire et d’observer les tendances.

Ces indicateurs seront publiés dans le Point épidémiologique national sur les IRA à partir du 11 octobre 2023 et seront mis à disposition en open data (sur data.gouv.fr).

“Les virus surveillés sont actuellement le Sars-CoV-2, le suivi d’autres agents pathogènes fait partie de la stratégie de déploiement”, selon Damien Mouly, en accord avec les recommandations européennes. La recherche pourrait également se concentrer sur les variants. “Le dispositif suscite beaucoup d’attentes, mais il se met en place de manière progressive”, a-t-il tenu à préciser. Il est imprudent de penser qu’il répondra à toutes les questions liées à la surveillance épidémiologique. En tant que tel, il ne fournit aucune information sur l’âge, le sexe ou la localisation précise des personnes contaminées, ni de données cliniques…

Après Obépine

“Nous bénéficions des connaissances acquises par la recherche, que ce soit avec le réseau Obépine ou d’autres”, a souligné Damien Mouly, mais les objectifs de surveillance et de recherche peuvent différer. Obépine, ou Observatoire épidémiologique dans les eaux usées, a mis en réseau plusieurs laboratoires de recherche intéressés par la surveillance de l’épidémie. Un GIP a été créé, réunissant dix structures de recherche – l’Inserm, le CNRS, Eau de Paris, l’École pratique des hautes études, l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Institut de recherche biomédicale des armées, Sorbonne Université, Université Clermont Auvergne, Université de Lorraine et Université Paris Cité.

Obépine a été associée aux travaux de réflexion liés à Sum’Eau, selon SPF. “Il y a une complémentarité entre la recherche et la surveillance, à l’instar du consortium Emergen entre les travaux menés par Santé publique France et ceux de l’ANRS Maladies infectieuses émergentes”, a précisé Bruno Coignard. Nos données peuvent aider les équipes de recherche et les développements des équipes de recherche font progresser nos méth
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2023-10-06 17:06:40