Dans le cadre de son programme visant à accroître les capacités et le soutien à la génomique des agents pathogènes en Afrique, les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies ont organisé leur première formation en conservation de données, un pilier de la science moderne des données.
Addis-Abeba, le 21 juinS’appuyant sur le lancement de la première plateforme africaine de partage de données sur les agents pathogènes en 2023, les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies (Africa CDC) ont organisé un atelier de trois jours sur la conservation des données du 18 au 20 juin 2024 à Addis-Abeba, en Éthiopie.
L’atelier organisé en collaboration avec le National Center for Biotechnology Information (NCBI), National Library of Medicine, États-Unis, a attiré des participants de laboratoires de santé publique de 20 États membres.
L’atelier, qui fait partie intégrante de la plateforme africaine de partage et d’archives de données sur les agents pathogènes du CDC Afrique, également connue sous le nom d’Agari, est le premier proposé par le CDC Afrique qui vise à accélérer la vérification et la validation des données avant leur partage à des fins de santé publique. Cette plate-forme continentale est destinée à être utilisée par les institutions nationales de santé publique, les laboratoires nationaux de référence, les institutions de recherche et universitaires de toute l’Afrique pour télécharger, gérer et partager la séquence d’agents pathogènes et les métadonnées associées afin de répondre efficacement aux menaces pour la santé publique dans les États membres de manière coordonnée. .
La conservation des données est essentielle à la mise en place et à l’utilisation réussie d’Agari, car elle garantit l’exactitude et la convivialité des données de santé publique introduites dans le système, a déclaré le professeur Alan Christoffels, directeur de l’Institut national sud-africain de bioinformatique et conseiller principal en génomique et bioinformatique au CDC Afrique. Il est difficile de trouver des conservateurs de données qualifiés et des formations en conservation de données en Afrique, a noté Christoffels.
« Idéalement, nous devrions développer une communauté de conservateurs de données en Afrique pour soutenir des données reproductibles à des fins de santé publique et de partage des bénéfices », a-t-il déclaré.
Cet atelier a constitué les premières étapes pour construire une telle communauté et renforcer la collaboration avec le NCBI. La formation comprenait une série de conférences, combinées à des séances pratiques prolongées. Le programme comprenait l’exploration des meilleures pratiques établies en matière de conservation des données et d’outils de conservation des données sur le Web et familiariserait les participants avec les processus étape par étape de nettoyage, de formatage et de partage des données avec des référentiels nationaux, régionaux et mondiaux.
“C’est incroyable de savoir que je sous-utilise les outils disponibles sur la plateforme”, a déclaré Olusola Anuoluwapo, chef de l’unité de génomique au Centre nigérian de contrôle et de prévention des maladies à Abuja.
Anuoluwapo, qui a participé à l’atelier sur les travaux sur le séquençage génomique des agents pathogènes intéressés par le Nigeria, utilise la plateforme NCBI depuis quelques années, même en tant qu’étudiant de premier cycle.
“Un message à retenir pour nous est que nous collectons beaucoup d’échantillons sur le terrain, que nous les analysons et les publions et que nous oublions les métadonnées qui rendent nos échantillons ou nos efforts vains et que nous ne pouvons donc pas relier nos résultats à leur origine. ” dit-elle.
Anuoluwapo a ajouté que la base de données NCBI dispose de nombreux outils qui peuvent aider à minimiser le temps d’exécution en matière d’analyse des données et de leur mise à disposition.
Tholwana Pelokgosi, qui gère les données biologiques au Laboratoire public national du Botswana, a déclaré que l’atelier lui avait permis d’acquérir des connaissances sur les bases de données NCBI telles que la banque de gènes et Pubmed. « Comprendre ces ressources m’aidera à mieux rationaliser la récupération et l’analyse des données », a-t-elle déclaré.
“On nous a appris qu’il est essentiel de garantir que les données soumises sont de bonne qualité ou qu’elles répondent aux normes et formats requis afin qu’elles soient facilement accessibles et qu’il y ait une cohérence et une fiabilité de bonne valeur pour la communauté scientifique”, Pelokgosi dit.
L’atelier fait suite aux recommandations du groupe de travail technique sur la conservation des données de l’Alliance de santé publique pour l’épidémiologie génomique (PHA4GE) visant à développer les contrôles de qualité initiaux pour les données à déposer dans Agari. L’équipe comprenait des membres du SANBI, de PHA4GE, de l’Instituto Nacional De Saúde du Mozambique, de l’Institut Pasteur du Maroc du Maroc, de l’Institut national de santé publique d’Ouganda et de l’Institut Pasteur de Dakar du Sénégal.
Le groupe a également développé une procédure opérationnelle standard (SOP) pour standardiser les métadonnées dans la plateforme Agari. Le SOP était basé sur le travail effectué par PHA4G, une coalition mondiale travaillant à l’établissement de normes de données.
«Cet atelier fait partie du plan Africa PGI visant à former 100 conservateurs de données chaque année pour accélérer et garantir la qualité des données génomiques en Afrique.» déclare le Dr Harris Onywera, scientifique en données bioinformatiques au CDC Afrique.
À propos du CDC Afrique
À propos du CDC Afrique : Les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies (CDC Afrique) est l’agence continentale autonome de santé publique de l’Union africaine qui aide les États membres à renforcer les systèmes de santé et à améliorer la surveillance, les interventions d’urgence ainsi que la prévention et le contrôle des maladies. Pour en savoir plus : http://www.africacdc.orgContact médias Margaret Edwin, Directrice de la Division de la Communication et de l’Information Publique : Africa CDC Tél : +251 986 632 878 | Courriel : [email protected]
2024-06-23 10:27:31
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