Un nouveau test sanguin révolutionne la détection précoce du cancer chez les patients atteints du syndrome de Li-Fraumeni

Dans une étude publiée dans Découverte du cancerdes chercheurs du Canada ont testé l’utilisation d’un test de biopsie liquide multimodal basé sur l’ADN acellulaire (cfDNA) pour la détection précoce du cancer chez les patients atteints du syndrome de Li-Fraumeni.

Les chercheurs ont découvert que le test montrait une sensibilité de détection accrue par rapport aux tests unimodaux et pouvait également détecter des signaux liés au cancer avant le diagnostic conventionnel du cancer.

Arrière-plan

Le syndrome de Li-Fraumeni (LFS) est une maladie héréditaire causée par des mutations germinales du gène suppresseur de tumeur. TP53 (abréviation de protéine tumorale 53), qui augmente le risque du porteur de développer au moins un type de cancer jusqu’à 100 %.

Étant donné que la détection précoce est associée à de meilleurs résultats chez les patients atteints de cancer, un risque élevé de cancer nécessite une surveillance fréquente sous la forme de tests diagnostiques, d’examens et d’imagerie. Cependant, il existe plusieurs obstacles physiques, économiques, mentaux et logistiques à une surveillance intensive des patients LFS.

La biopsie liquide est apparue comme une solution prometteuse et relativement moins invasive qui permet la détection précise des signatures génétiques liées au cancer, telles que l’ADN tumoral circulant (ADNct) dans les échantillons de sang, éliminant ainsi les obstacles logistiques aux tests.

Pour remédier au manque de données sur l’utilisation du cfDNA dans les groupes à haut risque de cancer tels que les patients LFS, les chercheurs de la présente étude ont développé une approche multimodale basée sur le cfDNA pour détecter un large éventail de signaux liés au cancer chez les patients.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, 193 échantillons de sang veineux (154 négatifs pour le cancer et 39 positifs pour le cancer) ont été collectés rétrospectivement auprès de 89 personnes atteintes d’un cancer. TP53 mutation (TP53m) dans la tranche d’âge de 1 à 67 ans.

Les porteurs ont été classés comme suit : ceux qui n’ont jamais eu de cancer (LFS-H, n = 42), ceux qui ont des antécédents de cancer et qui se sont rétablis d’un cancer (LFS-PC, n = 21) et ceux qui ont un cancer actif (LFS-AC, n = 26). Vers 18 ans TP53m-les porteurs étaient des « phénoconvertisseurs », qui passaient d’un état cancer négatif à un état cancer positif ou qui souffraient de plusieurs cancers.

La période médiane de suivi clinique de l’étude était de 48,1 mois. Conformément à la littérature antérieure, la présente cohorte de TP53m-les porteuses présentaient une plus grande prévalence de cancer du sein que les autres types.

L’ADN et les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) ont été extraits d’échantillons de sang. L’ADN génomique a été extrait des PBMC et des bibliothèques d’ADN ont été préparées pour le séquençage de panel cible (TS), le séquençage superficiel du génome entier (sWGS) et le séquençage d’immunoprécipitation d’ADN méthylé acellulaire (cfMeDIP-seq).

Des outils bioinformatiques tels que ConsensusCruncher, Genome Analysis Toolkit, MuTect2 et MedRemix ont été utilisés pour l’analyse ciblée des mutations par séquençage et l’analyse du méthylome acellulaire.

Diverses mesures de l’ADNc ont été déterminées, notamment somatiques TP53mnombre de copies, fraction tumorale, score de fragmentation à l’échelle du génome, TP53 score de fragmentation, score de méthylation pan-cancer, score de méthylation spécifique au LFS et score de méthylation LFS-cancer du sein. Les sensibilités et spécificités des tests individuels et intégrés ont été estimées.

Résultats et discussion

Par rapport aux témoins sains, une plus grande proportion de fragments d’ADN courts (<150 pb) a été observée chez TP53m-porteurs, qui ont encore augmenté chez les patients atteints de cancer TP53m-porteurs par rapport aux porteurs négatifs pour le cancer.

Lorsque les analyses génomiques, fragmentomiques et épigénomiques de 38 échantillons positifs pour le cancer ont été intégrées, un signal associé au cancer a pu être détecté dans 81,6 % des échantillons, offrant ainsi une amélioration de la sensibilité de 31,6 % à 55,8 % par rapport à l’analyse unimodale.

L’amélioration de la sensibilité de détection était plus significative dans les échantillons de cancer à un stade avancé que dans ceux à un stade précoce. Alors que le taux de faux positifs était de 18,3 % dans les échantillons, seuls 2 échantillons sur 57 se sont révélés faux négatifs.

Quand on est sans cancer TP53m Les porteurs ont été analysés, la valeur prédictive négative s’est avérée être de 95,4 %, soit une amélioration de 16,6 à 34,6 % par rapport à l’analyse unimodale. Un signal lié au cancer a pu être détecté chez 35,6 % des patients à un stade cliniquement sans cancer. Cependant, un suivi ciblé est nécessaire pour déterminer les véritables faux positifs parmi ceux-ci.

Lorsque des cas individuels d’EPA ont été analysés, l’analyse multimodale s’est révélée aussi sensible, voire même supérieure aux approches de dépistage clinique conventionnelles. Ainsi, selon l’étude, l’incorporation du diagnostic basé sur la cfDA peut compléter les modalités de diagnostic et de gestion existantes du cancer, en particulier dans les populations à haut risque.

Compte tenu de la nature relativement moins invasive de ces tests intégrés, ils pourraient permettre d’augmenter la fréquence des tests chez les patients à haut risque. Cependant, l’étude est limitée par sa conception rétrospective et le faible taux d’adoption de cfMeDIP-seq en milieu clinique par rapport aux méthodes TS et sWGS.

Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour valider cliniquement cette méthode basée sur le cfDNA chez les patients LFS afin d’améliorer les résultats.

Conclusion

En conclusion, l’approche intégrée cfDNA utilisée dans cette étude peut montrer une détection plus précoce du cancer chez les patients LFS, avec une sensibilité améliorée par rapport à l’imagerie conventionnelle.

L’utilisation de tests multimodaux accessibles en conjonction avec des modalités de dépistage conventionnelles pourrait potentiellement augmenter la sensibilité, la spécificité et la robustesse de la détection du cancer afin d’optimiser les soins prodigués aux patients à haut risque de cancer.