NEW YORK – Un projet de recherche au Canada a aidé à diagnostiquer plus d’une douzaine de patients autochtones atteints de maladies génétiques qu’ils n’étaient auparavant que soupçonnés d’avoir.
Les patients ont appris qu’ils souffraient de ces maladies génétiques en participant à l’étude de diagnostic de précision, dans le cadre de laquelle les chercheurs espèrent mieux identifier les maladies monogéniques apparues dans l’enfance chez les patients autochtones qui n’ont pas été diagnostiqués après les tests cliniques disponibles. L’étude fait partie d’un effort plus large visant à améliorer l’équité en matière de soins de santé parmi les populations autochtones du Canada, surnommé le projet des génomes silencieux.
L’étude de diagnostic de précision, qui a débuté en 2018, a recruté près de 90 familles. Sur les 70 familles qui ont reçu des analyses génomiques, environ un quart ont reçu des diagnostics probables ou définitifs d’une maladie génétique, a déclaré Anna Lehman, co-responsable de l’étude et professeure agrégée de génétique médicale à l’Université de la Colombie-Britannique.
Pour s’inscrire, les participants doivent déclarer eux-mêmes avoir une ascendance autochtone – Premières Nations, Métis ou Inuit – et être référés par un médecin spécialiste traitant leur état, comme un généticien ou un pédiatre. Les patients peuvent s’inscrire par l’intermédiaire d’un réseau de centres de santé génétique dans une douzaine de villes au Canada, et les participants soumettent un échantillon de sang pour le séquençage du génome entier.
À partir de là, les chercheurs identifient les variantes grâce à un processus en trois étapes. Tout d’abord, un analyste génomique hiérarchise les variants potentiellement significatifs sur le plan clinique à partir des données de séquençage. Un généticien médical examine ensuite les variantes signalées et sélectionne un sous-ensemble à présenter à un comité de variantes composé du médecin référent du patient, de l’investigateur principal du site d’inscription, de généticiens médicaux et de conseillers en génétique. Le comité examine s’il existe suffisamment de preuves pour lier les variantes au trouble d’un patient.
Le comité se concentre sur la classification des variantes pathogènes et pathogènes probables qui causent l’état d’un patient, mais dans certains cas, le comité a signalé des variantes d’importance incertaine, où il estimait « qu’il y avait une possibilité importante que [a variant] pourrait être la cause” de l’état d’un patient mais manquait de preuves suffisantes pour faire un appel plus définitif, a déclaré Lehman. “Cela a nécessité une discussion de groupe pour parvenir à un consensus, plutôt que d’avoir des critères spécifiques pour prendre ces décisions”, a-t-elle expliqué.
Lorsque les chercheurs identifient des variants génétiques potentiellement pathogènes, les résultats sont renvoyés au médecin traitant du patient, qui est principalement responsable de partager les résultats avec la famille. Dans les cas où le médecin traitant n’est pas un généticien, un conseiller en génétique de l’équipe de l’étude aide également à communiquer les résultats. Lorsque cela est possible, les organisateurs de l’étude de diagnostic de précision coordonnent les tests génétiques de confirmation pour les participants, dont le coût a été couvert par l’étude, a déclaré Lehman.
Pour l’anecdote, “les familles ont exprimé leur soulagement de mettre fin à leur odyssée diagnostique”, a-t-elle ajouté.
Le projet global Silent Genomes, également lancé en 2018, est né d’un désir d’améliorer la précision et les diagnostics génomiques pour les patients autochtones atteints de maladies rares. Le projet est financé par Génome Canada, Génome Colombie-Britannique, les Instituts de recherche en santé du Canada, Illumina, la Fondation Michael Smith pour la recherche en santé, la BC Children’s Hospital Foundation et la Provincial Health Services Authority de la Colombie-Britannique.
Ce projet s’inscrit dans la mission de Génome Canada d’aborder les disparités dans la mise en œuvre de la médecine de précision. “Nous sommes très engagés… [to] l’impératif absolu que la bonne science et la bonne biomédecine doivent être fondées sur un programme d’équité », a déclaré Pari Johnston, vice-présidente des politiques et des affaires publiques à Génome Canada, lors d’un sommet organisé par la Coalition pour la médecine personnalisée à la fin de l’année dernière.
Génome Canada, un organisme sans but lucratif indépendant et financé par le gouvernement fédéral, se concentre sur le développement de la capacité de recherche en génomique au pays et coordonne un réseau de centres de génomique. « Compte tenu de la discrimination historique et continue du Canada à l’égard de nos peuples des Premières Nations, métis et inuits, les bailleurs de fonds comme nous ont une responsabilité particulière pour faire progresser la diversité, l’équité et la vérité et la réconciliation autochtones dans notre travail de médecine de précision », a déclaré Johnston.
Reconnaissant que les groupes autochtones doivent souvent surmonter d’importants obstacles géographiques pour participer à la recherche, les chercheurs ont veillé à ce que les patients puissent s’inscrire et donner leur consentement pour l’étude de diagnostic de précision par téléphone. Ils n’ont pas non plus limité l’admissibilité des patients en fonction des objectifs de découverte de gènes et ont fait participer la plupart des cliniques de génomique au Canada à l’étude. “Nous avons abaissé les obstacles à la participation de toutes les manières possibles”, a déclaré Lehman. “Nous voulions avant tout nous assurer que tout enfant qui… pourrait bénéficier de ce test y aurait accès.”
Le Silent Genomes Project a également recruté un comité directeur composé entièrement d’intervenants autochtones de partout au Canada, y compris ceux ayant des antécédents familiaux de maladies rares, pour une surveillance culturelle et des conseils afin de fournir un accès équitable aux diagnostics cliniques. Et chaque membre de l’équipe de soins qui interagit avec les participants à l’étude doit suivre un programme sur la fourniture de conseils génétiques aux patients autochtones, qui comprend un cours en ligne créé par des leaders de la santé autochtones, appelé le programme de sécurité culturelle autochtone San’yas, et un ensemble de lectures obligatoires. Trente fournisseurs de soins de santé en génétique à travers le Canada ont terminé le programme grâce à leur participation à l’étude de diagnostic de précision.
Grâce à cette étude, les chercheurs ont déjà identifié au moins une condition qui a une incidence élevée dans une population autochtone, dont la connaissance pourrait être utile pour diagnostiquer les patients à l’avenir, selon Lehman. Elle a refusé de nommer la maladie et la variante génétique, car son groupe en est aux dernières étapes de la publication de cette découverte dans une revue.
Dans l’ensemble, les populations autochtones ont tendance à être sous-représentées dans les bases de données de variantes, selon Lehman. Cette disparité entraîne un manque de connaissances sur la prévalence de diverses conditions dans ces groupes et rend moins probable que les patients d’ascendance autochtone reçoivent des résultats de tests génétiques exploitables.
Pour remédier à cette disparité dans la recherche, des efforts sont en cours dans le cadre du projet Silent Genomes pour développer une bibliothèque de fréquences alléliques, appelée bibliothèque de variantes de fond autochtones (IBVL), qui peut être utilisée comme référence pour la variation génétique dans les populations autochtones à utiliser pour soins cliniques. Une telle ressource peut aider les chercheurs à déterminer quelles variantes sont courantes chez les Autochtones en bonne santé et donc peu susceptibles d’être responsables de maladies rares. Les chercheurs visent à inclure les données d’au moins 1 500 Canadiens autochtones dans la bibliothèque, selon le site Web du Silent Genomes Project.
L’IBVL montrera des fréquences de variantes au niveau de la population, qui pourront ensuite être utilisées pour faciliter les diagnostics cliniques. Par exemple, à mesure que des informations sur la fréquence des variants sont découvertes dans le cadre du programme IBVL, Lehman espère les utiliser pour classer plus définitivement les variants de signification incertaine observés chez les participants à l’étude de diagnostic de précision.
“Lorsque nous savons à quel point une variante est fréquente, nous pouvons avoir confiance à la fois pour décider qu’elle est effectivement rare … ou pour décider qu’elle est trop courante pour causer un phénotype extrêmement rare et grave”, a-t-elle déclaré.
