Le système de classification des lipides LIPID MAPS utilisé par BioDolphin. Crédit: Chimie des communications (2024). DOI : 10.1038/s42004-024-01384-z
De la lutte contre le cancer et les infections au stockage de l’énergie, les interactions lipides-protéines sont essentielles aux processus biologiques des cellules. Mais les mécanismes qui sous-tendent ces interactions ont toujours été difficiles à cartographier et à comprendre.
Une étude menée par Georgia Tech présente une nouvelle ressource pour aider les chercheurs à comprendre la structure et la fonction de ces interactions, appelées assemblages, aux niveaux moléculaire et fonctionnel. Le travail est publié dans Chimie des communications.
Appelée BioDolphin – abréviation de Biological Database of Lipid-Protein Highly Inclusive Interactions –, la ressource est la première base de données complète et annotée sur les interactions protéine-lipide. Intégré dans un serveur Web convivialBioDolphin est accessible gratuitement à tous. Les utilisateurs peuvent facilement visualiser et télécharger les données d’interaction et analyser systématiquement les assemblages lipides-protéines.
“Comprendre les interactions lipides-protéines est crucial pour faire progresser notre compréhension de la santé humaine et du traitement des maladies”, déclare l’auteur correspondant de l’étude, Andrew McShan. “BioDolphin est la première ressource à collecter ce type d’informations sur toutes sortes de protéines, pas seulement celles trouvées dans les membranes. Et parce qu’elles sont accessibles au public, ces informations sont désormais à la portée des chercheurs.”
“BioDolphin en tant que base de données complète des interactions de liaison lipides-protéines” est dirigé par McShan, professeur adjoint à l’École de chimie et de biochimie de Georgia Tech, aux côtés du premier auteur Li-Yen (Zoey) Yang, doctorat en bioinformatique. étudiant; Yunan Luo, professeur adjoint à l’École des sciences informatiques et de l’ingénierie ; et Kaike Ping, titulaire d’un doctorat. étudiant à Virginia Tech.
Plonger dans les données accessibles
Base de données organisée avec des informations richement annotées, BioDolphin contient plus de 127 000 interactions de liaison lipides-protéines. Et tandis que la plupart des bases de données d’assemblages lipides-protéines se sont concentrées uniquement sur un type spécifique de protéines – les protéines membranaires – BioDolphin va au-delà de cela.
“BioDolphin nous permet de définir globalement les caractéristiques structurelles des assemblages lipides-protéines dans les huit classes différentes de composés lipidiques afin de comprendre leur fonction cellulaire et leurs rôles dans la maladie”, explique McShan, ajoutant que la base de données fournit également des informations sur l’annotation lipide-protéine appariée. , affinités de liaison expérimentales, interactions intermoléculaires et structures atomiques dans un large éventail d’interactions lipides-protéines, le tout accessible à toute personne disposant d’une connexion Internet.
Un modèle moléculaire pour la recherche et l’enseignement
“Dans le passé, ces recherches étaient limitées car les lipides sont notoirement difficiles à étudier en laboratoire”, explique McShan. “BioDolphin change le paradigme. C’est la première fois que quelqu’un collecte, annote et analyse l’univers structurel connu des interactions lipides-protéines dans tous les organismes.”
C’est un domaine en développement rapide. McShan a récemment reçu une prestigieuse subvention Curci pour la recherche de pointe sur le cancer dans le domaine des immunothérapies et des vaccins universels à base de lipides.
Au-delà des applications de recherche, l’équipe espère que BioDolphin constituera une ressource pour les étudiants en biochimie.
“La base de données peut servir d’outil aux enseignants et aux étudiants qui étudient ces interactions protéines-lipides, un sujet souvent sous-développé dans les cours de biologie et de biochimie”, explique McShan. “J’espère que BioDolphin est une ressource précieuse pour les chercheurs d’aujourd’hui et qu’il pourra également constituer un élément de base pour les chercheurs de demain.”
Plus d’informations :
Li-Yen Yang et al, BioDolphin en tant que base de données complète des interactions de liaison lipides-protéines, Chimie des communications (2024). DOI : 10.1038/s42004-024-01384-z
Fourni par l’Institut de technologie de Géorgie
Citation: Une base de données en accès libre cartographie les interactions protéines-lipides pour la recherche et l’éducation (6 janvier 2025) récupérée le 8 janvier 2025 sur
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